SAXSdb — 7a4u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum chaperone BiP

Cricetulus griseus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–549	突变：T229A, V461F	GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5, 0.2 M trisodium citrate dihydrate, 20% PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7A4U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5O4P Crystal structure of AMPylated GRP78 提交 2017-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–549（522 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 1.86 Å R-free 0.212
5O4P Crystal structure of AMPylated GRP78 提交 2017-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–549（522 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 1.86 Å R-free 0.212
6EOB Crystal structure of AMPylated GRP78 in apo form (Crystal form 1) 提交 2017-10-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–549（522 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG1000, 0.1M NaKHPO4, PH6.2, 0.1M NaCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.280
6EOC Crystal structure of AMPylated GRP78 in apo form (Crystal form 2) 提交 2017-10-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–549（522 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；5% PEG1000, 0.1M Na2HPO4-Citrate, ph4.2, 0.2M LI2SO4	分辨率 1.67 Å R-free 0.249
6EOE Crystal structure of AMPylated GRP78 with nucleotide 提交 2017-10-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–549（522 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5%PEG1000, 0.1M Na2HPO4-Citrate, PH4.2, 0.2M Li2SO4	分辨率 1.71 Å R-free 0.246
6EOF Crystal structure of AMPylated GRP78 in ADP state 提交 2017-10-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–549（522 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；293 K；9% PEG1000, 0.1M Na2HPO4-Citrate, ph4.4, 0.2M Li2SO4	分辨率 1.59 Å R-free 0.225
6H9U Crystal structure of the BiP NBD and MANF SAP complex 提交 2018-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–413（386 aa）	未记录	MLT D-MALATE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.92 M sodium malonate	分辨率 1.57 Å R-free 0.204
6HA7 Crystal structure of the BiP NBD and MANF complex 提交 2018-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–413（386 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.256
6HA7 Crystal structure of the BiP NBD and MANF complex 提交 2018-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–413（386 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；7% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl pH7.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.256
6HAB Crystal structure of BiP V461F (apo) 提交 2018-08-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–549（522 aa）	突变：V461F	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；8% PEG1000, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 2.08 Å R-free 0.271
6ZYH Crystal structure of GRP78 (70kDa heat shock protein 5 / BiP) ATPase domain in complex with ADP and calcium 提交 2020-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–406（379 aa）链 B 28–406（379 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；26% PEG6000, 0.2M CaCl2, 0.1MNaOAc Ph5	分辨率 1.88 Å R-free 0.225
7A4V Crystal structure of lid-truncated ADP-bound BiP in an oligomeric state 提交 2020-08-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–549（522 aa）	突变：T229A, V461F	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 4 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.2 M potassium citrate tribasic monohydrate, 20% PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.226
7B7Z DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 1) 提交 2020-12-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–549（522 aa）	突变：T229A, V461F	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5 10% PEG 4000 0.2 M NaCl	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
7B80 DeAMPylation complex of monomeric FICD and AMPylated BiP (state 2) 提交 2020-12-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–549（522 aa）	突变：T229A, V461F	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.1 M Tris pH 8.0 25% PEG 400	分辨率 1.87 Å R-free 0.228

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BIP_CRIGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–523； UniProt 28–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7a4u
沉积日期 deposition_date	2020-08-20
结构标题 title	Crystal structure of lid-truncated apo BiP in an oligomeric state
关键词 keywords	ER, Endoplasmic reticulum, Hsp70, GRP78, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.59 Å
零角强度 I(0) i0	51337600.00
分子量 molecular_weight	56898.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71434 Å³
包络体积 envelope_volume	99140 Å³
水化壳体积 shell_volume	26705 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.85 Å
包络 Rg envelope_rg	36.76 Å
形状 Rg shape_rg	36.60 Å
总 Rg total_rg	36.51 Å
总原子数 total_atoms	4005
残基数 n_residues	523
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6550
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.689
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.450
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6154000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.251; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.156; Smooth: 0.603

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endoplasmic reticulum chaperone BiP
分子量 formula_weight	57543.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.10
突变 mutation	T229A, V461F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4432

SGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFFEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSTASDNQPTFTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFA

来源 Source

来源生物 organism	Cricetulus griseus
通用名 common_name	Chinese hamster
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10029
宿主生物 host_organism	Escherichia coli M15

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7a4uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	7a4uA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.333 Å
晶胞边长 b length_b	51.289 Å
晶胞边长 c length_c	119.716 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	58.910 Å
R 因子 r_factor	0.1864
R_work r_work	0.1848
R_free r_free	0.2170

fit	/app/data/saxs_computation/a4/7a4u/7a4u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a4/7a4u/7a4u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a4/7a4u/7a4u.dat

Crystal structure of lid-truncated apo BiP in an oligomeric state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoplasmic reticulum chaperone BiP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction