7adv

Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ447 (compound 6v)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Human spumaretrovirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;DNA (5'-D(APTPTPGPTPCPAPTPGPGPAPAPTPTPTPCPGPCPA)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(TPGPCPGPAPAPAPTPTPCPCPAPTPGPAPCPA)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 6 ZINC ION × 2 ;4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[2-(2-morpholin-4-ylethylsulfonyl)ethyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide ; × 2 SULFATE ION × 34 GLYCEROL × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_FOAMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–395； UniProt 754–1143 作者链 B； PDB构建体 6–395； UniProt 754–1143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7adv
沉积日期 deposition_date	2020-09-16
结构标题 title	Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ447 (compound 6v)
关键词 keywords	Integrase, Intasome, Protein DNA complex, INSTI, Drug, HIV, Retrovirus, Integration, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7adv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7adv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7adv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.74 Å
Rg（电子密度）	39.60 Å
总 Rg	39.63 Å
原子数	10550
残基数	1170
排除体积	183390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7adv__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	44456.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49,2.7.7.7,3.1.26.4,3.4.23.-,2.7.7.-,3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5458

GPGCNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE

来源 Source

来源生物 organism	Human spumaretrovirus
通用名 common_name	SFVcpz(hu)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPTPCPAPTPGPGPAPAPTPTPTPCPGPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5834.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATTGTCATGGAATTTCGCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPGPAPAPAPTPTPCPCPAPTPGPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5195.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGCGAAATTCCATGACA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[2-(2-morpholin-4-ylethylsulfonyl)ethyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide ;
分子量 formula_weight	551.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7advA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	158.610 Å
晶胞边长 b length_b	158.610 Å
晶胞边长 c length_c	122.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	50.160 Å
R 因子 r_factor	0.1971
R_work r_work	0.1958
R_free r_free	0.2191

Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ447 (compound 6v)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7adv__assembly_1__model_1

7adv__assembly_1__model_1 | I(q)

7adv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ447 (compound 6v)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7adv__assembly_1__model_1

7adv__assembly_1__model_1 | I(q)

7adv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)