7ag4

Crystal structure of active site mutant of SQ Isomerase (YihS-H248A) from Salmonella enterica in complex with sulfofructose (SF)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sulfoquinovose isomerase

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

UniProt Q8ZKT7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 6-deoxy-6-sulfo-D-fructose × 6 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SQUS_SALTY
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 21–433; UniProt 1–413 作者链 B; PDB构建体 21–433; UniProt 1–413 作者链 C; PDB构建体 21–433; UniProt 1–413 作者链 D; PDB构建体 21–433; UniProt 1–413 作者链 E; PDB构建体 21–433; UniProt 1–413 作者链 F; PDB构建体 21–433; UniProt 1–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ag4
沉积日期 deposition_date2020-09-21
结构标题 titleCrystal structure of active site mutant of SQ Isomerase (YihS-H248A) from Salmonella enterica in complex with sulfofructose (SF)
关键词 keywordssulfofructose, sulfoquinovose, SQ isomerase, sulfoglycolysis, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ag4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ag4__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ag4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)40.56 Å
Rg(电子密度)39.52 Å
总 Rg39.86 Å
原子数20027
残基数2502
排除体积352480 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7ag4__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

结构域编号 domain_idd7ag4a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.3 — N-acylglucosamine (NAG) epimerase
结构域编号 domain_idd7ag4b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.3 — N-acylglucosamine (NAG) epimerase
结构域编号 domain_idd7ag4b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd7ag4c1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.3 — N-acylglucosamine (NAG) epimerase
结构域编号 domain_idd7ag4c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd7ag4d1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.3 — N-acylglucosamine (NAG) epimerase
结构域编号 domain_idd7ag4d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd7ag4e1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.3 — N-acylglucosamine (NAG) epimerase
结构域编号 domain_idd7ag4e2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd7ag4f1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.3 — N-acylglucosamine (NAG) epimerase
结构域编号 domain_idd7ag4f2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id7ag4A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id7ag4B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id7ag4C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id7ag4D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id7ag4E01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id7ag4F01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (1)