SAXSdb — 7asa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rqc2 homolog RqcH

Bacillus subtilis (strain 168)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	Uncharacterized protein YabO × 1 （P37557） tRNA-Ala-1-1 × 1 23S rRNA × 1 50S ribosomal protein L11 × 1 （Q06796）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RQCH_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–570； UniProt 1–570

Uncharacterized protein YabO

物种未注明

UniProt P37557

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	Rqc2 homolog RqcH × 1 （O34693） tRNA-Ala-1-1 × 1 23S rRNA × 1 50S ribosomal protein L11 × 1 （Q06796）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YABO_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

50S ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt Q06796

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 2	Rqc2 homolog RqcH × 1 （O34693） Uncharacterized protein YabO × 1 （P37557） tRNA-Ala-1-1 × 1 23S rRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_BACSU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7asa
沉积日期 deposition_date	2020-10-27
结构标题 title	Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state B, multibody refinement focussed on RqcH. Ribosomal 50S subunit with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO
关键词 keywords	50S, tRNA, RQC, RqcH, peptidyl-tRNA, translation, RqcP, YabO, alanine tailing; TRANSLATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7asa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7asa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7asa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.87 Å
Rg（电子密度）	48.46 Å
总 Rg	48.60 Å
原子数	8104
残基数	866
排除体积	134540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7asa__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rqc2 homolog RqcH
分子量 formula_weight	68341.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	8104

MSFDGMFTYGMTHELNEKIMGGRITKIHQPYKHDVIFHIRAKGKNQKLLLSAHPSYSRVHITAQAYENPSEPPMFCMLLRKHIEGGFIEKIEQAGLDRIMIFHIKSRNEIGDETVRKLYVEIMGRHSNIILTDAAENVIIDGLKHLSPSMNSYRTVLPGQDYKLPPAQDKISPLEASEDDILRHLSFQEGRLDKQIVDHFSGVSPLFAKEAVHRAGLANKVTLPKALLALFAEVKEHRFIPNITTVNGKEYFYLLELTHLKGEARRFDSLSELLDRFYFGKAERDRVKQQAQDLERFVVNERKKNANKIKKLEKTLEYSENAKEFQLYGELLTANLYMLKKGDKQAEVINYYDEESPTITIPLNPNKTPSENAQAYFTKYQKAKNSVAVVEEQIRLAQEEIEYFDQLIQQLSSASPRDISEIREELVEGKYLRPKQQKGQKKQKPHNPVLETYESTSGLTILVGKNNRQNEYLTTRVAARDDIWLHTKDIPGSHVVIRSSEPDEQTIMEAATIAAYFSKAKDSSSVPVDYTKIRHVKKPNGAKPGFVTYDSQHTVFVTPDADTVIKLKKSGSGGDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis (strain 168)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein YabO
分子量 formula_weight	9737.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MRLDKFLKVSRLIKRRTLAKEVADQGRISINGNQAKASSDVKPGDELTVRFGQKLVTVQVNELKDTTKKEEAANMYTILKEEKLGE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	tRNA-Ala-1-1
分子量 formula_weight	24491.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

GGGGCCUUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCAGCGGUUCGAUCCCGCUAGGCUCCACCA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	23S rRNA
分子量 formula_weight	949010.9 kDa
突变 mutation	Discontinuous sequence
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

GGUUAAGUUAGAAAGGGCGCACGGUGGAUGCCUUGGCACUAGGAGCCGAUGAAGGACGGGACGAACACCGAUAUGCUUCGGGGAGCUGUAAGCAAGCUUUGAUCCGGAGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCACCACUCGUAAUGGAGUGGUAUCCAUAUCUGAAUUCAUAGGAUAUGAGAAGGCAGACCCGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCGGAGGAAGAGAAAGCAAAUGCGAUUCCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAACGGGAUCAGCCCAAACCAAGAGGCUUGCCUCUUGGGGUUGUAGGACACUCUGUACGGAGUUACAAAGGAACGAGGUAGAUGAAGAGGUCUGGAAAGGCCCGCCAUAGGAGGUAACAGCCCUGUAGUCAAAACUUCGUUCUCUCCUGAGUGGAUCCUGAGUACGGCGGAACACGUGAAAUUCCGUCGGAAUCCGGGAGGACCAUCUCCCAAGGCUAAAUACUCCCUAGUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGCACCCCGGAAGGGGAGUGAAAGAGAUCCUGAAACCGUGUGCCUACAAGUAGUCAGAGCCCGUUAACGGGUGAUGGCGUGCCUUUUGUAGAAUGAACCGGCGAGUUACGAUCUCGUGCAAGGUUAAGCAGAAGAUGCGGAGCCGCAGCGAAAGCGAGUCUGAAUAGGGCGCAUGAGUACGUGGUCGUAGACCCGAAACCAGGUGAUCUACCCAUGUCCAGGGUGAAGUUCAGGUAACACUGAAUGGAGGCCCGAACCCACGCACGUUGAAAAGUGCGGGGAUGAGGUGUGGGUAGGGGUGAAAUGCCAAUCGAACCUGGAGAUAGCUGGUUCUCUCCGAAAUAGCUUUAGGGCUAGCCUCAAGGUAAGAGUCUUGGAGGUAGAGCACUGAUUGGACUAGGGGCCCCUACCGGGUUACCGAAUUCAGUCAAACUCCGAAUGCCAAUGACUUAUCCUUGGGAGUCAGACUGCGAGUGAUAAGAUCCGUAGUCGAAAGGGAAACAGCCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUAUACGUUAAGUGGAAAAGGAUGUGGAGUUGCUUAGACAACCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCAUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACUCUGCGCCGAAAAUGUACCGGGGCUAAACGUAUCACCGAAGCUGCGGACUGUUCUUCGAACAGUGGUAGGAGAGCGUUCUAAGGGCUGUGAAGCCAGACCGGAAGGACUGGUGGAGCGCUUAGAAGUGAGAAUGCCGGUAUGAGUAGCGAAAGAGGGGUGAGAAUCCCCUCCACCGAAUGCCUAAGGUUUCCUGAGGAAGGCUCGUCCGCUCAGGGUUAGUCGGGACCUAAGCCGAGGCCGAAAGGCGUAGGCGAUGGACAACAGGUUGAUAUUCCUGUACCACCUCCUCACCAUUUGAGCAAUGGGGGGACGCAGGAGGAUAGGGUAAGCGCGGUAUUGGAUAUCCGCGUCCAAGCAGUUAGGCUGGGAAAUAGGCAAAUCCGUUUCCCAUAAGGCUGAGCUGUGAUGGCGAGCGAAAUAUAGUAGCGAAGUUCCUGAUUCCACACUGCCAAGAAAAGCCUCUAGCGAGGUGAGAGGUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUAGGCGAGGAGAGAAUCCUAAGGUGAUCGAGAGAACUCUCGUUAAGGAACUCGGCAAAAUGACCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCUGUUAGGGUGCAAGCCCGAGAGAGCCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUAGCAAAAACACAGGUCUCUGCGAAGCCGUAAGGCGAAGUAUAGGGGCUGACGCCUGCCCGGUGCUGGAAGGUUAAGAGGAGCGCUUAGCGUAAGCGAAGGUGCGAAUUGAAGCCCCAGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAUCUGGGCACUGUCUCAACGAGAGACUCGGUGAAAUUAUAGUACCUGUGAAGAUGCAGGUUACCCGCGACAGGACGGAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGAUAUUGAAUGUUGGUACAGCUUGUACAGGAUAGGUAGGAGCCUUGGAAACCGGAGCGCCAGCUUCGGUGGAGGCAUCGGUGGGAUACUACCCUGGCUGUAUUGACCUUCUAACCCGCCGCCCUUAUCGGGCGGGGAGACAGUGUCAGGUGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUUCCCUCAGAAUGGUUGGAAAUCAUUCGCAGAGUGUAAAGGCACAAGGGAGCUUGACUGCGAGACCUACAAGUCGAGCAGGGACGAAAGUCGGGCUUAGUGAUCCGGUGGUUCCGCAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGCUACCCCGGGGAUAACAGGCUUAUCUCCCCCAAGAGUCCACAUCGACGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCGCAUCCUGGGGCUGUAGUCGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGUACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCCGUCGCGGGCGCAGGAAAUUUGAGAGGAGCUGUCCUUAGUACGAGAGGACCGGGAUGGACGCACCGCUGGUGUACCAGUUGUUCUGCCAAGGGCAUCGCUGGGUAGCUAUGUGCGGACGGGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCAUGAAGCCCCCCUCAAGAUGAGAUUUCCCAUUCCGCAAGGAAGUAAGAUCCCUGAAAGAUGAUCAGGUUGAUAGGUCUGAGGUGGAAGUGUGGCGACACAUGGAGCUGACAGAUACUAAUCGAUCGAGGACUUAACC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	14951.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAKKVVKVVKLQIPAGKANPAPPVGPALGQAGVNIMGFCKEFNARTADQAGLIIPVEISVYEDRSFTFITKTPPAAVLLKKAAGIESGSGEPNRNKVATVKRDKVREIAETKMPDLNAADVEAAMRMVEGTARSMGIVIED

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7asa001
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	310 — ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain

结构域编号 domain_id	7asaK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1550 — Ribosomal protein L11, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7asaK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74210

Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state B, multibody refinement focussed on RqcH. Ribosomal 50S subunit with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rqc2 homolog RqcH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein YabO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7asa__assembly_1__model_1

7asa__assembly_1__model_1 | I(q)

7asa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Bacillus subtilis ribosome-associated quality control complex state B, multibody refinement focussed on RqcH. Ribosomal 50S subunit with P-tRNA, RqcH, and RqcP/YabO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rqc2 homolog RqcH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein YabO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7asa__assembly_1__model_1

7asa__assembly_1__model_1 | I(q)

7asa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)