7ayn

Crystal structure of the lectin domain of the FimH variant Arg98Ala, in complex with Methyl 3-chloro-4-D-mannopyranosyloxy-3-biphenylcarboxylate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 139.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

Escherichia coli K12

UniProt P08191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–179 未记录 SBQ methyl 3-[3-chloranyl-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-phenyl]benzoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;6% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG3350 分辨率 1.42 Å R-free 0.184
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 22–179 未记录 SBQ methyl 3-[3-chloranyl-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-phenyl]benzoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;6% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG3350 分辨率 1.42 Å R-free 0.184
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 22–179 未记录 SBQ methyl 3-[3-chloranyl-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-phenyl]benzoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;6% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG3350 分辨率 1.42 Å R-free 0.184
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 22–179 未记录 SBQ methyl 3-[3-chloranyl-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-phenyl]benzoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;6% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG3350 分辨率 1.42 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMH_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179 作者链 B; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179 作者链 C; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179 作者链 D; PDB构建体 1–158; UniProt 22–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ayn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ayn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ayn
沉积日期 deposition_date2020-11-12
结构标题 titleCrystal structure of the lectin domain of the FimH variant Arg98Ala, in complex with Methyl 3-chloro-4-D-mannopyranosyloxy-3-biphenylcarboxylate
关键词 keywordsadhesin, FimH, UPEC, bladder infection, carbohydrate, lectin, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.66
零角强度 I(0) i071422500.00
分子量 molecular_weight69163.0 kDa
排除体积 excluded_volume86983 ų
包络体积 envelope_volume109140 ų
水化壳体积 shell_volume28016 ų
包络直径 envelope_diameter150.7
壳层 Rg shell_rg36.49
包络 Rg envelope_rg38.88
形状 Rg shape_rg38.63
总 Rg total_rg38.62
总原子数 total_atoms9621
残基数 n_residues632
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.8
Rg (实空间) rg_real38.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.12
I(0) (实空间) i0_real7.1420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.85
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71390000.0000
解质量估计 total_estimate0.6845
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6
偏度 Skewness skewness0.691
峰度 Kurtosis kurtosis-0.003
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4004000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.501; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.397; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd7ayna_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd7aynb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd7aync_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd7aynd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)