7b2y

Notum complex with ARUK3003910

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

Homo sapiens

UniProt Q6P988

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 81–451 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 SRQ 2,2-bis(fluoranyl)ethyl 4-(2,3-dihydroindol-1-yl)-4-oxidanylidene-butanoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;296 K;1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate 分辨率 1.23 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 140 个其他 PDB 条目、149 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOTUM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–374; UniProt 81–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7b2y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7b2y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7b2y
沉积日期 deposition_date2020-11-28
结构标题 titleNotum complex with ARUK3003910
关键词 keywordsNotum Inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.88
零角强度 I(0) i031959400.00
分子量 molecular_weight41867.0 kDa
排除体积 excluded_volume51628 ų
包络体积 envelope_volume59098 ų
水化壳体积 shell_volume23892 ų
包络直径 envelope_diameter71.7
壳层 Rg shell_rg27.47
包络 Rg envelope_rg20.30
形状 Rg shape_rg19.83
总 Rg total_rg20.94
总原子数 total_atoms2933
残基数 n_residues355
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.2
Rg (实空间) rg_real21.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real3.1960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3340e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.21
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31960000.0000
解质量估计 total_estimate0.8891
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.1
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.454
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5093000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)