SAXSdb — 7b68

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	4-[(4-methylphenyl)methyl]-1,4-thiazinane 1,1-dioxide × 2 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	4-[(4-methylphenyl)methyl]-1,4-thiazinane 1,1-dioxide × 2 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MURE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–496； UniProt 1–495 作者链 B； PDB构建体 2–496； UniProt 1–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7b68
沉积日期 deposition_date	2020-12-07
结构标题 title	Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z57299526
关键词 keywords	;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2, 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, BIOSYNTHETIC PROTEIN, fragment screening ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7b68__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7b68__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7b68__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.84 Å
Rg（电子密度）	25.99 Å
总 Rg	26.69 Å
原子数	3633
残基数	477
排除体积	64466 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7b68__assembly_1__model_1`	monomer （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7b68__assembly_2__model_1`	monomer （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
分子量 formula_weight	53493.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7769

SMADRNLRDLLAPWVPDAPSRALREMTLDSRVAAAGDLFVAVVGHQADGRRYIPQAIAQGVAAIIAEAKDEATDGEIREMHGVPVIYLSQLNERLSALAGRFYHEPSDNLRLVGVTGTNGKTTTTQLLAQWSQLLGEISAVMGTVGNGLLGKVIPTENTTGSAVDVQHELAGLVDQGATFCAMEVSSHGLVQHRVAALKFAASVFTNLSRDHLDYHGDMEHYEAAKWLLYSEHHCGQAIINADDEVGRRWLAKLPDAVAVSMEDHINPNCHGRWLKATEVNYHDSGATIRFSSSWGDGEIESHLMGAFNVSNLLLALATLLALGYPLADLLKTAARLQPVCGRMEVFTAPGKPTVVVDYAHTPDALEKALQAARLHCAGKLWCVFGCGGDRDKGKRPLMGAIAEEFADVAVVTDDNPRTEEPRAIINDILAGMLDAGHAKVMEGRAEAVTCAVMQAKENDVVLVAGKGHEDYQIVGNQRLDYSDRVTVARLLGVIA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-[(4-methylphenyl)methyl]-1,4-thiazinane 1,1-dioxide
分子量 formula_weight	239.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	271

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	7b68A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MurE/MurF, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7b68A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	7b68A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	7b68B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MurE/MurF, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7b68B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mur-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	7b68B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Mur ligase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	58.283 Å
晶胞边长 b length_b	58.403 Å
晶胞边长 c length_c	73.882 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.08 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.59 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	56.100 Å
R 因子 r_factor	0.2097
R_work r_work	0.2077
R_free r_free	0.2462

Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z57299526

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b68__assembly_2__model_1

7b68__assembly_2__model_1 | I(q)

7b68__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z57299526

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b68__assembly_2__model_1

7b68__assembly_2__model_1 | I(q)

7b68__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)