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7b6i

Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z1373445602

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P22188

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 CITRIC ACID × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 4-(3-fluoranylpyridin-2-yl)-1-methyl-piperazin-2-one × 1 ISOPROPYL ALCOHOL × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1e8c 1e8c 7b53 7b53 7b60 7b60 7b61 7b61 7b68 7b68 7b6i 7b6i

共 32 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MURE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–496； UniProt 1–495 作者链 B； PDB构建体 2–496； UniProt 1–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7b6i
沉积日期 deposition_date2020-12-07
结构标题 titleCrystal structure of MurE from E.coli in complex with Z1373445602
关键词 keywords;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2, 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, BIOSYNTHETIC PROTEIN, fragment screening ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7b6i__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7b6i__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7b6i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）26.79 Å
Rg（电子密度）25.95 Å
总 Rg26.67 Å
原子数3606
残基数476
排除体积63883 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7b6i__assembly_1__model_1 monomer （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 7b6i__assembly_2__model_1 monomer （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id7b6iA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MurE/MurF, N-terminal domain
结构域编号 domain_id7b6iA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mur-like, catalytic domain
结构域编号 domain_id7b6iA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Mur ligase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7b6iB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1390 — Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MurE/MurF, N-terminal domain
结构域编号 domain_id7b6iB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mur-like, catalytic domain
结构域编号 domain_id7b6iB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Mur ligase, C-terminal domain
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7. 引用文献 (1)