SAXSdb — 7b9s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EccE5

Mycobacterium xenopi RIVM700367

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	EccD5 × 12 （I0RSS8） EccC5 × 6 （I0RZI0） EccB5 × 6 （I0RZH9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I0RST0_MYCXE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400 作者链 E； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400 作者链 H； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400 作者链 M； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400 作者链 R； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400 作者链 Y； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400

EccD5

Mycobacterium xenopi RIVM700367

UniProt I0RSS8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	EccE5 × 6 （I0RST0） EccC5 × 6 （I0RZI0） EccB5 × 6 （I0RZH9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I0RSS8_MYCXE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 5； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 D； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 G； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 I； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 L； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 N； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 Q； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 S； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 W； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 X； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502 作者链 Z； PDB构建体 1–502； UniProt 1–502

EccC5

Mycobacterium xenopi RIVM700367

UniProt I0RZI0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	EccE5 × 6 （I0RST0） EccD5 × 12 （I0RSS8） EccB5 × 6 （I0RZH9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I0RZI0_MYCXE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–1392； UniProt 1–1392 作者链 C； PDB构建体 1–1392； UniProt 1–1392 作者链 F； PDB构建体 1–1392； UniProt 1–1392 作者链 K； PDB构建体 1–1392； UniProt 1–1392 作者链 P； PDB构建体 1–1392； UniProt 1–1392 作者链 V； PDB构建体 1–1392； UniProt 1–1392

EccB5

Mycobacterium xenopi RIVM700367

UniProt I0RZH9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	EccE5 × 6 （I0RST0） EccD5 × 12 （I0RSS8） EccC5 × 6 （I0RZI0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I0RZH9_MYCXE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506 作者链 A； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506 作者链 B； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506 作者链 J； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506 作者链 O； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506 作者链 T； PDB构建体 1–506； UniProt 1–506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7b9s
沉积日期 deposition_date	2020-12-14
结构标题 title	Structure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System hexameric pore complex
关键词 keywords	Mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7b9s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7b9s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7b9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	81.29 Å
Rg（电子密度）	80.75 Å
总 Rg	80.61 Å
原子数	72030
残基数	9426
排除体积	1302200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7b9s__assembly_1__model_1`	30-meric （30）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EccE5
分子量 formula_weight	44469.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H,M,R,Y,4
原子数 atom_count	72030

MRAQRRFGLDLSWPRLTGVFLIDVAVLALVSHLPDAWQANHIAWWTGVGVAVLVTIVAVVTYRRTPLACALVARVLDRFVDPEMTLTEGCTPALDHQRRFGHDVVGIREYQGQLVAVVTVEGHEEAPSGRHRNRDAAPAWLPVEAVAARLRQFDVRLDAIDIVSVGTRRTSGRDDVSDVGVDDTGPVDARQPLDEHHTWLVLRMDPQRNVAAVAARDSVAATLAAATERLAHDLNGRRWTARPLTSSEIDDMDATVLAGLQPAHVRPRRRRLKYKQPEGYKEFVTSFWVSPRDITSETLERLWLPDTEATAVTVRLRPRHGGVEVSAWVRYHSSRRLRRSVWGGLNRLTGRQLDAVCASMPVPTRRPRLVVPARELHDGEELAVLVGQAPAPSPSPAAAR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium xenopi RIVM700367
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1150591
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EccD5
分子量 formula_weight	53399.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,D,I,G,N,L,S,Q,Z,W,5,3

MTAIVEAPQPGAEAIASPQAAVVAIMAADVQIAVVLDAHAPISVMIDPLLKVVNTRLRELGVAPLEAKGRGRWMLCLVDGTPLRPNLSLTEQEVYDGDRLWLKFLEDTEHRSEVIEHISTAVATNLSKRFAPIDPVVAVQVGATMVAVGVLLGSALLGWWRWQHESWLPAPFAAVIAVLVLTVATMILARSKTVPDRRVGDILLLSGLVPLAVAIAATAPGPVGAPHAVLGFGVFGVAAMLVMRFTGRRLGVYTALVTLCAAATAAGLARMVLLTSAVTLLTCVLLACVLMYHGAPALSRWLSGIRLPVFPSATSRWVFEARPDLPTTVVVSGGGQPTLEGPASVRDVLLRAERARSFLTGLLVGLGVLTVVCLAGLCDPHAGRRWLPLLLAAFTFGFLILRGRSYVDRWQAITLAATAVLIIAAVAVRYVLVSGSPAVLSAGVAVLVLLPAAGLTAAAVVPNTIYSPLFRKIVEWIEYLCLMPIFPLALWLMNVYEAIRYR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium xenopi RIVM700367
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1150591
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	EccC5
分子量 formula_weight	152946.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,K,P,V,2

MKQGFARPTPERAPVVKPENIVLPTPLSVPPPEGKPWWLVVVGVLVVGLLVGMVGMTVASGSRLFLGAGAIFPIFMIGGVAMMMFGGRFGGQQQMSRPKLDAMRAQFMLMLDMLRETAQESADSMDANYRWFHPAPTTLAAAVGSSRMWERQPDGKDLNFGVVRVGVGMTRPEVTWGEPQNMPTDIELEPVTGKALQEFGRYQSVVYNLPKMVSLLVEPWYSLVGEREQVLGLTRAIICQLAFSHGPDHVQMIVVTSDPDRWDWVKWIPHFGDPRRRDAAGNARMVYTSVREFATEQAELFAGRGSFTPRHASSSAETPTPHHVIISDIEDPQWEYVISSEGVDGVTFFDLTGSPLWTGAPQRVLRFTDSAGVIETLPRDRDTWMVIDDNAWFFALADQMSEADAEQFAHQMAHWRLAEAYEEIGQRVVQLGARDILSYYGIDDAGEIDFNTLWSGSGRRDLLSRSRLRIPFGNRADNGELLFLDMKSLDEGGDGPHGVMSGTTGSGKSSLVRTVIASLMLAHPPEELQFVLADLKGGSAVKPFDGVPHVSRIITDLEDDQALMERFLEAMWGEIARRKEICFSAGVDGAKEYNELRARMKARGEDMPPLPMLVVVIDEFYEWFRIMPTAVDVLDSIGRQGRAYWVHLMMASQTIESRAEKLMENMGYRLVLKAQTAGAAQAAGVPNAVNLPSQAGLGYFRKSGDEIIRFQAEYLWRDYRRGSSYDGEEQAPLTHSVDYIRPQLFTTAFAPLEVSVSGPDGQSALPQVVDGEAVNGHRGGDDVDEEEEALRTPKVGTVIIDQLRQIDFEPYRLWHPPLDVPVPIDELVNRFLGRPWQQDYGTAKNLVFPIGIIDRPYKHDQPPWTVDTSGAGANVLILGAGGAGKTTALQTLICAAALTHTPEQVQFYCLAYSGTALTTVANLPHVGGVSGPTDPYGVRRTVAEVLGLVRDRKRSFLEYDVPSMEVFRRRKFGGEPGGVPDDGFGDVYLVIDNYRALAEENEVLIEQVNQIINQGPSFGVHVVATADRESELRPPVRSGFGSRVELRLAAVEDAKLVRSRFAKDVPPKPGRGMVAVNYVRLDSDPQAGLHTLVARPALGSTPDAVFESDSVAAAVRQVAAGEARPVRRLPARFGLDQLRQVAAADRRQGVGAGGIAWAISELDLQPVYLNFADNAHLMVTGRRECGRTTTLATIMSEIGRIYAPGASTAPPTSRPSAQVWLVDPRRQLLTVLGSDYVEKFAYNLDGVAAMMDDLAAALARREPPPGLSAEELLSRSWWSGPEIFLIIDDIQQLPPGFDSPLHKAAPWVTRAADVGLHVFVTRTFGGWSSAGSDPILRALHQANAPLLVMDADPDEGFIRGKMKGGPLPRGRGLLMAEDTGVFVQVAATDLRR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium xenopi RIVM700367
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1150591
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	EccB5
分子量 formula_weight	53226.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,J,O,T,1

MPSEQRGQHRSGYGLGLSTRTQVTGYQFLARRTAMALTRWRVRMEVEPGRRQVLAVVASVSAAGVICLGALLWSFISPSGQMGESPIIADRDSGALYVRVGDTLYPALNLASARLIAGRAENPHKVRSSQIAEQPHGPMVGIPGAPSDISPTSPASSSWLVCDAVTAAQGVGAPASVTVTVIDGTPDLSGRRHVLSGSDAVVLRYGNDTWVIRQGRRSRIDAANRAVLLPLGLTPEQVKQASPMSRALYDALPVGPELAVPKVPDAGKPANFPGAPAPVGAVLVTPQISGPQQYSVVLPDGVQTISPIVAQILQNAGTPAGSMPVVVAPATLARMPVVHGLDLSAYPDSPLNVVNMKENPATCWWWEKTAGEERARTQVVSGPTVPIATSDTNKVVSLVKADNTGREADRVYYGPNYANFVVVTGNDPAASTAESLWLLSKSGVRFGVDNSREARTALGLTSTPSPAPWVALRLLAPGPMLSRADALVRHDTLPTDTNPAELAVPK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium xenopi RIVM700367
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1150591
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	121974

Structure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System hexameric pore complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EccE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EccD5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EccC5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EccB5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b9s__assembly_1__model_1

7b9s__assembly_1__model_1 | I(q)

7b9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the mycobacterial ESX-5 Type VII Secretion System hexameric pore complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EccE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EccD5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EccC5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

EccB5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7b9s__assembly_1__model_1

7b9s__assembly_1__model_1 | I(q)

7b9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)