SAXSdb — 7bdw

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase ;

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC × 1 （A0A2I7WB16） COENZYME A × 1 N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-ethylcarbamimidoyl)urea × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B1MD73_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A2I7WB16

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase ; × 1 （B1MD73） COENZYME A × 1 N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-ethylcarbamimidoyl)urea × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2I7WB16_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 25–153； UniProt 67–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bdw
沉积日期 deposition_date	2020-12-22
结构标题 title	Crystal structure of mycobacterial PptAb in complex with ACP and compound 8918
关键词 keywords	Pseudomonas aeruginosa, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bdw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bdw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.84 Å
Rg（电子密度）	18.72 Å
总 Rg	19.60 Å
原子数	2282
残基数	293
排除体积	40773 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bdw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase ;
分子量 formula_weight	25432.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2290

MPVTDQLIASVVPELLPSAELYEDPPGLEPLPEEEPLIAKSVAKRRNEFITVRYCARQALSVLGIPEVPILKGDKGQPLWPDGIVGSMTHTEGFRGAVVGRTGEVRSVGIDAEPHDVLPNGVLKSIALPVERDELDALPAGTHWDRLLFCAKETTYKAWFPLTARWLGFEDAHITIDPDGTFTSRILVDGRANDGTVLSAFDGRWIIDKGLILTAIVVPKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
分子量 formula_weight	16791.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAIRAQLDALDAAERPGHLASAIADEIRAVLRSGDPIDHHRPLETLGLDALMGLELRNRLEASLGITLPVALVWAYPTISDLATALCERMDYATPAAAQEISDTEPELSDEEMDLLADLVDASELEAATRGESTSGS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-ethylcarbamimidoyl)urea
分子量 formula_weight	262.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

▶

晶胞边长 a length_a	50.840 Å
晶胞边长 b length_b	63.037 Å
晶胞边长 c length_c	108.566 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	41.130 Å
R 因子 r_factor	0.2163
R_work r_work	0.2119
R_free r_free	0.2554

Crystal structure of mycobacterial PptAb in complex with ACP and compound 8918

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bdw__assembly_1__model_1

7bdw__assembly_1__model_1 | I(q)

7bdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of mycobacterial PptAb in complex with ACP and compound 8918

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bdw__assembly_1__model_1

7bdw__assembly_1__model_1 | I(q)

7bdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)