7bge

Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine (head only)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS2_STAA8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

30S ribosomal protein S3

物种未注明

UniProt Q2FW12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS3_STAA8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

30S ribosomal protein S7

物种未注明

UniProt P48940

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS7_STAA8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt Q2FW39

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS9_STAA8
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 i； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

30S ribosomal protein S10

物种未注明

UniProt Q931G5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS10_STAAM
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 j； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

30S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt Q2FW30

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS13_STAA8
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 m； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

30S ribosomal protein S14 type Z

物种未注明

UniProt Q2FW19

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q2FW10）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS14Z_STAA8
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 n； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

30S ribosomal protein S19

物种未注明

UniProt Q2FW10

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （Q2FZ25） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q2FW12） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P48940） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q2FW39） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q931G5） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q2FW30） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （Q2FW19）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS19_STAA8
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 s； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bge
沉积日期 deposition_date	2021-01-06
结构标题 title	Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine (head only)
关键词 keywords	Pathogen, small ribosomal subunit, spermidine, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bge__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bge__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bge__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.47 Å
Rg（电子密度）	39.70 Å
总 Rg	39.97 Å
原子数	16988
残基数	1344
排除体积	266620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bge__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	503218.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	a
原子数 atom_count	16988

UUUUCUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGCGAACGGACGAGAAGCUUGCUUCUCUGAUGUUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGAUAACCUACCUAUAAGACUGGGAUAACUUCGGGAAACCGUAGCUAAUACCGGAUAAUAUUUUGAACCGCAUGGUUCAAAAGUGAAAGACGGUCUUGCUGUCACUUAUAGAUGGAUCCGCGCUGCAUUAGCUAGUUGGUAAGGUAACGGCUUACCAAGGCAACGAUGCAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUCUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUAUUAGGGAAGAACAUAUGUGUAAGUAACUGUGCACAUCUUGACGGUACCUAAUCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUGGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGCGCGUAGGCGGUUUUUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAGGGUCAUUGGAAACUGGAAAACUUGAGUGCAGAAGAGGAAAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUUUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAUGUGCGAAAGCGUGGGGAUCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAAAUCUUGACAUCCUUUGACAACUCUAGAGAUAGAGCCUUCCCCUUCGGGGGACAAAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAAGCUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAAGUUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGAUUUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAAUACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUCAAGCAAAUCCCAUAAAGUUGUUCUCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAGAUCAGCAUGCUACGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCUAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	29136.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MAVISMKQLLEAGVHFGHQTRRWNPKMKKYIFTERNGIYIIDLQKTVKKVDEAYNFLKQVSEDGGQVLFVGTKKQAQESVKSEAERAGQFYINQRWLGGLLTNYKTISKRIKRISEIEKMEEDGLFEVLPKKEVVELKKEYDRLIKFLGGIRDMKSMPQALFVVDPRKERNAIAEARKLNIPIVGIVDTNCDPDEIDYVIPANDDAIRAVKLLTAKMADAILEGQQGVSNEEVAAEQNIDLDEKEKSEETEATEE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S3
分子量 formula_weight	24143.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MGQKINPIGLRVGIIRDWEAKWYAEKDFASLLHEDLKIRKFIDNELKEASVSHVEIERAANRINIAIHTGKPGMVIGKGGSEIEKLRNKLNALTDKKVHINVIEIKKVDLDARLVAENIARQLENRASFRRVQKQAITRAMKLGAKGIKTQVSGRLGGADIARAEQYSEGTVPLHTLRADIDYAHAEADTTYGKLGVKVWIYRGEVLPTKNTSGGGK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	17826.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MPRKGSVPKRDVLPDPIHNSKLVTKLINKIMLDGKRGTAQRILYSAFDLVEQRSGRDALEVFEEAINNIMPVLEVKARRVGGSNYQVPVEVRPERRTTLGLRWLVNYARLRGEKTMEDRLANEILDAANNTGGAVKKREDTHKMAEANKAFAHYRW

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	14857.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MTLAQVEYRGTGRRKNSVARVRLVPGEGNITVNNRDVREYLPFESLILDLNQPFDVTETKGNYDVLVNVHGGGFTGQAQAIRHGIARALLEADPEYRGSLKRAGLLTRDPRMKERKKPGLKAARRSPQFSKR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	11600.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MAKQKIRIRLKAYDHRVIDQSAEKIVETAKRSGADVSGPIPLPTEKSVYTIIRAVHMYKDSREQFEQRTHKRLIDIVNPTPKTVDALMGLNLPSGVDIEIKL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	13747.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MARIAGVDIPREKRVVISLTYIYGIGTSTAQKILEEANVSADTRVKDLTDDELGRIREVVDGYKVEGDLRRETNLNIKRLMEISSYRGIRHRRGLPVRGQKTKNNARTRKGPVKTVANKKK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S14 type Z
分子量 formula_weight	7317.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MAKTSMVAKQQKKQKYAVREYTRCERCGRPHSVYRKFKLCRICFRELAYKGQIPGVRKASW

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19
分子量 formula_weight	10639.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

MARSIKKGPFVDEHLMKKVEAQEGSEKKQVIKTWSRRSTIFPNFIGHTFAVYDGRKHVPVYVTEDMVGHKLGEFAPTRTFKGHVADDKKTRR

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	529602

Staphylococcus aureus 30S ribosomal subunit in presence of spermidine (head only)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S14 type Z

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bge__assembly_1__model_1

7bge__assembly_1__model_1 | I(q)

7bge__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer