SAXSdb — 7bn2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 AAA； UniProt 1–364	未记录	Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K and 0.1M NPS buffer system NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4, pH-6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.219
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 BBB； UniProt 1–364	未记录	Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K and 0.1M NPS buffer system NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4, pH-6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7BN2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XZG Clathrin Terminal Domain Complexed with Pitstop 1 提交 2010-11-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-364	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 VH1 2-(4-AMINOBENZYL)-1,3-DIOXO-2,3-DIHYDRO-1H-BENZO[DE]ISOQUINOLINE-5-SULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, PH 8.0.	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
4G55 Clathrin terminal domain complexed with pitstop 2 提交 2012-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 ACT ACETATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VH2 N-[5-[(4-BROMOPHENYL)METHYL]-4-HYDROXY-1,3-THIAZOL-2-YL]NAPHTHALENE-1-SULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.69 Å R-free 0.215
6E4L The structure of the N-terminal domain of human clathrin heavy chain 1 (nTD) in complex with ES9 提交 2018-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 3 HRS 5-bromo-N-(4-nitrophenyl)thiophene-2-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
6QNN CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-E, REFSEQ RESIDUES 661-726, N-TERMINAL 'GPLG' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；20% PEG 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.03 Å R-free 0.284
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
6QNP CLATHRIN HEAVY CHAIN N-TERMINAL DOMAIN BOUND TO GTSE1 LIDL MOTIF 提交 2019-02-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–364（364 aa）片段：;LIDL motifs A-D, REFSEQ RESIDUES 653-719, N-TERMINAL 'GPLGS' ARE NON-NATURAL ;	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；12% PEG 4000, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.1M HEPES pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.291
7BN1 Clathrin heavy chain N-terminal domain complexed with peptide from Protein mu-NS of Reovirus type 1 提交 2021-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K, 0.12M Monosaccharides (D-Glucose; D-Mannose; D-Galactose; L-Fucose; D-Xylose; N-Acetyl-D-Glucosamine) and 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH-7.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.215
7BN1 Clathrin heavy chain N-terminal domain complexed with peptide from Protein mu-NS of Reovirus type 1 提交 2021-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；30% PEG 550 MME; PEG 20K, 0.12M Monosaccharides (D-Glucose; D-Mannose; D-Galactose; L-Fucose; D-Xylose; N-Acetyl-D-Glucosamine) and 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH-7.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.215
7ZX4 Clathrin N-terminal domain in complex with a HURP phospho-peptide 提交 2022-05-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 30 % PEG 6000	分辨率 2.08 Å R-free 0.249
7ZX4 Clathrin N-terminal domain in complex with a HURP phospho-peptide 提交 2022-05-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–364（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；50 mM Tris pH 7.5, 30 % PEG 6000	分辨率 2.08 Å R-free 0.249
9C0Y Clathrin terminal domain complexed with Pitstop 2c 提交 2024-05-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–364（364 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 2 A1ATR N-{(5Z)-4-oxo-5-[(2-phenoxyphenyl)methylidene]-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl}naphthalene-2-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
9C0Z Clathrin terminal domain complexed with pitstop 2d 提交 2024-05-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–364（363 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 A1ATQ ~{N}-[4-oxidanylidene-5-[(2-phenoxyphenyl)methylidene]-1,3-thiazol-2-yl]naphthalene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 0.1 M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.51 Å R-free 0.186

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364 作者链 BBB； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bn2
沉积日期 deposition_date	2021-01-21
结构标题 title	Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
关键词 keywords	CLTC-NTD, Clathrin-Box motif, Non structured protein 3, Eastern Equine Encephalitis Virus, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.92 Å
零角强度 I(0) i0	105841000.00
分子量 molecular_weight	82146.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103130 Å³
包络体积 envelope_volume	128360 Å³
水化壳体积 shell_volume	35805 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.65 Å
包络 Rg envelope_rg	30.92 Å
形状 Rg shape_rg	30.89 Å
总 Rg total_rg	31.50 Å
总原子数 total_atoms	5768
残基数 n_residues	737
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6453
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	104.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.387
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.902

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Clathrin heavy chain 1
分子量 formula_weight	40543.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB
原子数 atom_count	6323

MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVIALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDAKQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGNQPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNRKGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
分子量 formula_weight	1928.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC,DDD

SDHSVDLITFDSVTDIY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	503

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.900 Å
晶胞边长 b length_b	129.119 Å
晶胞边长 c length_c	77.881 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.965 Å
最低分辨率 resolution_low	89.352 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1815
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/bn/7bn2/7bn2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bn/7bn2/7bn2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bn/7bn2/7bn2.dat

Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Clathrin heavy chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)