SAXSdb — 7bvv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin AHP1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Thioredoxin-2 × 2 （P22803） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AHP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

Thioredoxin-2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P22803

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Peroxiredoxin AHP1 × 2 （P38013） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRX2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–112； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7bvv
沉积日期 deposition_date	2020-04-11
结构标题 title	Crystal structure of sulfonic peroxiredoxin Ahp1 in complex with thioredoxin Trx2
关键词 keywords	peroxiredoxin, thioredoxin, alkyl hydroperoxide reductase, complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7bvv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7bvv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7bvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.46 Å
Rg（电子密度）	26.88 Å
总 Rg	27.64 Å
原子数	4240
残基数	554
排除体积	75939 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7bvv__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxiredoxin AHP1
分子量 formula_weight	19180.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2201

MSDLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thioredoxin-2
分子量 formula_weight	12214.9 kDa
突变 mutation	C34S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGHHHHHHMVTQLKSASEYDSALASGDKLVVVDFFATWCGPSKMIAPMIEKFAEQYSDAAFYKLDVDEVSDVAQKAEVSSMPTLIFYKGGKEVTRVVGANPAAIKQAIASNV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d7bvvb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7bvvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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晶胞边长 a length_a	56.500 Å
晶胞边长 b length_b	132.800 Å
晶胞边长 c length_c	76.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	38.525 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2111
R_free r_free	0.2439

Crystal structure of sulfonic peroxiredoxin Ahp1 in complex with thioredoxin Trx2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin AHP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thioredoxin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bvv__assembly_1__model_1

7bvv__assembly_1__model_1 | I(q)

7bvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of sulfonic peroxiredoxin Ahp1 in complex with thioredoxin Trx2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin AHP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thioredoxin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7bvv__assembly_1__model_1

7bvv__assembly_1__model_1 | I(q)

7bvv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)