SAXSdb — 7c8a

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

Aeropyrum pernix K1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	1-naphthalen-2-ylethanone × 10 CITRIC ACID × 10 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TDXH_AERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 B； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 C； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 D； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 E； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 F； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 G； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 H； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 I； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 J； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7c8a
沉积日期 deposition_date	2020-05-29
结构标题 title	Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C213S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene(Naph@ApPrx*)
关键词 keywords	Peroxiredoxin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7c8a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7c8a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7c8a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.54 Å
Rg（电子密度）	50.58 Å
总 Rg	50.82 Å
原子数	19940
残基数	2440
排除体积	355060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7c8a__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peroxiredoxin
分子量 formula_weight	28651.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.15
突变 mutation	C50S, F80C, C207S, C213S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	20794

MPGSIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVSTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVCSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFSWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEARTHLH

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix K1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-naphthalen-2-ylethanone
分子量 formula_weight	170.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	854

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d7c8aa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ab_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ac_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ad_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ae_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8af_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ag_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ah_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8ai_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d7c8aj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

▶

晶胞边长 a length_a	75.999 Å
晶胞边长 b length_b	103.081 Å
晶胞边长 c length_c	105.029 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.94 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.38 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.244 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1661
R_free r_free	0.2172

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C213S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene(Naph@ApPrx*)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7c8a__assembly_1__model_1

7c8a__assembly_1__model_1 | I(q)

7c8a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C213S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene(Naph@ApPrx*)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peroxiredoxin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7c8a__assembly_1__model_1

7c8a__assembly_1__model_1 | I(q)

7c8a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)