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7cdb

Structure of GABARAPL1 in complex with GABA(A) receptor gamma 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1

Mus musculus

UniProt Q8R3R8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–117 未记录 CIT CITRIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, and 30% PEG 4000 分辨率 1.95 Å R-free 0.232
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–117 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 （P22723） CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, and 30% PEG 4000 分辨率 1.95 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7CDB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5YIP Crystal Structure of AnkG LIR/GABARAPL1 complex 提交 2017-10-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–117（117 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；289 K；35% w/v Pentaerythritol ethoxylate 797 (15/4 EO/OH), 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6)
分辨率 1.85 Å R-free 0.222

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRL1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–123； UniProt 1–117 作者链 B； PDB构建体 7–123； UniProt 1–117

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

Mus musculus

UniProt P22723

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 406–423 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 × 1 （Q8R3R8） CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, and 30% PEG 4000 分辨率 1.95 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7CDB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8FOI Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2022-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 Y4B allopregnanolone × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
8G4N Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroids 提交 2023-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 Y4B allopregnanolone × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 D12 DODECANE × 17 OCT N-OCTANE × 17 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.67 Å
8G4O Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with didesethylflurazepam and endogenous GABA 提交 2023-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 YNL (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G4X Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.56 Å
8G5F Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA and allopregnanolone 提交 2023-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 2 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8G5G Native GABA-A receptor from the mouse brain, meta-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 Y4B allopregnanolone × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 R5R Zolpidem × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8G5H Native GABA-A receptor from the mouse brain, ortho-alpha1-alpha3-beta2-gamma2 subtype, in complex with GABA, Zolpidem, and endogenous neurosteroid 提交 2023-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 D 1–474（474 aa）
未记录 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 R5R Zolpidem × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y4B allopregnanolone × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRG2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–18； UniProt 406–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7cdb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7cdb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7cdb
沉积日期 deposition_date2020-06-19
结构标题 titleStructure of GABARAPL1 in complex with GABA(A) receptor gamma 2
关键词 keywordsProtein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.20 Å
零角强度 I(0) i015386100.00
分子量 molecular_weight30205.0 kDa
排除体积 excluded_volume37999 ų
包络体积 envelope_volume45121 ų
水化壳体积 shell_volume18917 ų
包络直径 envelope_diameter71.2 Å
壳层 Rg shell_rg26.12 Å
包络 Rg envelope_rg20.34 Å
形状 Rg shape_rg20.17 Å
总 Rg total_rg21.14 Å
总原子数 total_atoms2141
残基数 n_residues259
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.9 Å
Rg (实空间) rg_real21.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15390000.0000
解质量估计 total_estimate0.8963
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.3 Å
偏度 Skewness skewness0.257
峰度 Kurtosis kurtosis-0.523
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha3097000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd7cdba1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd7cdba2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd7cdbb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd7cdbb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)