SAXSdb — 7cqd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964

Aquifex aeolicus VF5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1 Light chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1 Light chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y1964_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–123； UniProt 115–235 作者链 A； PDB构建体 138–194； UniProt 236–292 作者链 B； PDB构建体 3–123； UniProt 115–235 作者链 B； PDB构建体 138–194； UniProt 236–292

Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964

Aquifex aeolicus VF5

UniProt Q86YL7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1 Light chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1 Light chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDPN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 124–137； UniProt 38–51 作者链 B； PDB构建体 124–137； UniProt 38–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7cqd
沉积日期 deposition_date	2020-08-10
结构标题 title	The NZ-1 Fab complexed with the PDZ tandem fragment of A. aeolicus S2P homolog with the PA14 tag inserted between the residues 235 and 236
关键词 keywords	soluble domain, Fab complex, MEMBRANE PROTEIN, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7cqd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7cqd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7cqd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.89 Å
Rg（电子密度）	28.93 Å
总 Rg	29.52 Å
原子数	3951
残基数	519
排除体积	70147 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7cqd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7cqd__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1
分子量 formula_weight	23409.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I
原子数 atom_count	7901

EVQLVESGGGLVQPGRSLKLSCAASGFTFSNYGMAWVRQTPTKGLEWIASISAGGDKTYYGDSVKGRFSISRDNAKTTHYLQMDSLRSEDTATYYCAKTSRVYFDYWGQGVMVTVSSAETTAPSVYPLAPGTALKSNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGALSSGVHTFPAVLQSGLYTLTSSVTVPSSTWSSQAVTCNVAHPASSTKVDKKIVPREC

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of antigen binding fragment, Fab of NZ-1
分子量 formula_weight	23347.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

QFVLTQPNSVSTNLGSTVKLSCKRSTGNIGSNYVNWYQQHEGRSPTTMIYRDDKRPDGVPDRFSGSIDRSSNSALLTINNVQTEDEADYFCHSYSSGIVFGGGTKLTVLGQPKSTPTLTVFPPSTEELQGNKATLVCLISDFYPSDVEVAWKANGAPISQGVDTANPTKQGNKYIASSFLRLTAEQWRSRNSFTCQVTHEGNTVEKSLSPAECV

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964
分子量 formula_weight	21324.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GSEVPKYLKEPVVVGYVQRDSIAQKIGIKPGDKIIKINGYEVRTWEDLRDALIRLSLDGVKETTLFLERNGEVLHLTIKVPNVQKGEELGIAPLVKPVVGGVKKGSPADQVGIKPGDLILEVNEGGVAMPGAEDDVVGKKINTWYELVEEVRKSQGKAIKLKILRNGKMIEKELIPAKDPKTGTYFIGLFPKTE

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus VF5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7cqdH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cqdH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cqdI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cqdI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	81.360 Å
晶胞边长 b length_b	80.175 Å
晶胞边长 c length_c	168.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	38.990 Å
R 因子 r_factor	0.2657
R_work r_work	0.2646
R_free r_free	0.2859

The NZ-1 Fab complexed with the PDZ tandem fragment of A. aeolicus S2P homolog with the PA14 tag inserted between the residues 235 and 236

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7cqd__assembly_2__model_1

7cqd__assembly_2__model_1 | I(q)

7cqd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The NZ-1 Fab complexed with the PDZ tandem fragment of A. aeolicus S2P homolog with the PA14 tag inserted between the residues 235 and 236

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative zinc metalloprotease aq_1964,PA14 from Podoplanin,Putative zinc metalloprotease aq_1964

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7cqd__assembly_2__model_1

7cqd__assembly_2__model_1 | I(q)

7cqd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)