SAXSdb — 7d5c

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2E,4S,5S,6E,8E)-10-[(2S,3R,6S,8R,9S)-3-butyl-9-methyl-2-[(1E,3E)-3-methyl-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-penta-1,3-dienyl]-3-(4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butanoyl)oxy-1,7-dioxaspiro[5.5]undecan-8-yl]-4,8-dimethyl-5-oxidanyl-deca-2,6,8-trienoic acid ; × 1 ;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2S,3S)-2-azanyl-3-methyl-pentanoate ; × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYIC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–984； UniProt 1–984

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7d5c
沉积日期 deposition_date	2020-09-25
结构标题 title	IleRS in complex with a tRNA site inhibitor
关键词 keywords	tRNA synthetase, ligase-inhibitor complex; LIGASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7d5c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7d5c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7d5c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.94 Å
Rg（电子密度）	36.80 Å
总 Rg	37.23 Å
原子数	7538
残基数	919
排除体积	134890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7d5c__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic
分子量 formula_weight	114106.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8273

MSESNAHFSFPKEEEKVLSLWDEIDAFHTSLELTKDKPEFSFFDGPPFATGTPHYGHILASTIKDIVPRYATMTGHHVERRFGWDTHGVPIEHIIDKKLGITGKDDVFKYGLENYNNECRSIVMTYASDWRKTIGRLGRWIDFDNDYKTMYPSFMESTWWAFKQLHEKGQVYRGFKVMPYSTGLTTPLSNFEAQQNYKDVNDPAVTIGFNVIGQEKTQLVAWTTTPWTLPSNLSLCVNADFEYVKIYDETRDRYFILLESLIKTLYKKPKNEKYKIVEKIKGSDLVGLKYEPLFPYFAEQFHETAFRVISDDYVTSDSGTGIVHNAPAFGEEDNAACLKNGVISEDSVLPNAIDDLGRFTKDVPDFEGVYVKDADKLIIKYLTNTGNLLLASQIRHSYPFCWRSDTPLLYRSVPAWFVRVKNIVPQMLDSVMKSHWVPNTIKEKRFANWIANARDWNVSRNRYWGTPIPLWVSDDFEEVVCVGSIKELEELTGVRNITDLHRDVIDKLTIPSKQGKGDLKRIEEVFDCWFESGSMPYASQHYPFENTEKFDERVPANFISEGLDQTRGWFYTLAVLGTHLFGSVPYKNVIVSGIVLAADGRKMSKSLKNYPDPSIVLNKYGADALRLYLINSPVLKAESLKFKEEGVKEVVSKVLLPWWNSFKFLDGQIALLKKMSNIDFQYDDSVKSDNVMDRWILASMQSLVQFIHEEMGQYKLYTVVPKLLNFIDELTNWYIRFNRRRLKGENGVEDCLKALNSLFDALFTFVRAMAPFTPFLSESIYLRLKEYIPEAVLAKYGKDGRSVHFLSYPVVKKEYFDEAIETAVSRMQSVIDLGRNIREKKTISLKTPLKTLVILHSDESYLKDVEALKNYIIEELNVRDVVITSDEAKYGVEYKAVADWPVLGKKLKKDAKKVKDALPSVTSEQVREYLESGKLEVAGIELVKGDLNAIRGLPESAVQAGQETRTDQDVLIIMDTNIYSELKSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2E,4S,5S,6E,8E)-10-[(2S,3R,6S,8R,9S)-3-butyl-9-methyl-2-[(1E,3E)-3-methyl-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-penta-1,3-dienyl]-3-(4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butanoyl)oxy-1,7-dioxaspiro[5.5]undecan-8-yl]-4,8-dimethyl-5-oxidanyl-deca-2,6,8-trienoic acid ;
分子量 formula_weight	660.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2S,3S)-2-azanyl-3-methyl-pentanoate ;
分子量 formula_weight	460.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	673

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7d5cA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	730 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	170.649 Å
晶胞边长 b length_b	64.758 Å
晶胞边长 c length_c	142.229 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.895 Å
最低分辨率 resolution_low	41.580 Å
R 因子 r_factor	0.1775
R_work r_work	0.1766
R_free r_free	0.1943

IleRS in complex with a tRNA site inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7d5c__assembly_1__model_1

7d5c__assembly_1__model_1 | I(q)

7d5c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

IleRS in complex with a tRNA site inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoleucine--tRNA ligase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7d5c__assembly_1__model_1

7d5c__assembly_1__model_1 | I(q)

7d5c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)