7d7c

CryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 157.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

UniProt U9ZUN7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–329 链 B; UniProt 1–329 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A0A080FHH4) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (D7Y6A2) DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 U9ZUN7_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329 作者链 B; PDB构建体 1–329; UniProt 1–329

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli 1-392-07_S4_C3

UniProt A0A080FHH4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–1342 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (U9ZUN7) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (D7Y6A2) DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A080FHH4_ECOLX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1342; UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt D7Y6A2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明:heptameric(7) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–1407 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (U9ZUN7) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (A0A080FHH4) DNA (template strand) × 1 gp55 × 1 DNA (nontemplate strand) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D7Y6A2_ECOLX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1407; UniProt 1–1407

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7d7c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7d7c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7d7c
沉积日期 deposition_date2020-10-03
结构标题 titleCryoEM structure of gp55-dependent RNA polymerase-promoter open complex
关键词 keywordsTranscription, RNA polymerase; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.88
零角强度 I(0) i02147890000.00
分子量 molecular_weight374610.0 kDa
排除体积 excluded_volume464710 ų
包络体积 envelope_volume688240 ų
水化壳体积 shell_volume112630 ų
包络直径 envelope_diameter166.4
壳层 Rg shell_rg56.36
包络 Rg envelope_rg48.28
形状 Rg shape_rg48.88
总 Rg total_rg49.13
总原子数 total_atoms26249
残基数 n_residues3273
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax157.2
Rg (实空间) rg_real49.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real2.1030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2149000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7086
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.0
偏度 Skewness skewness0.320
峰度 Kurtosis kurtosis-0.186
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.6450
最高正则化参数 α highest_alpha351600000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 0.926; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.798

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7d7cA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id7d7cB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id7d7cD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)