SAXSdb — 7d8a

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 14

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 278–487	片段：PHF14-PZP	Gene for histone H3 (germline gene) × 1 （V9H1G0） ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 18% PEG4000, 12% isopropanol .	分辨率 2.00 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7D8A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7D86 Crystal Structure of zebrafishPHF14-PZP 提交 2020-10-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 278–487（210 aa）片段：PHF14-PZP	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25 % v/v PEG 3350	分辨率 1.84 Å R-free 0.225
7D87 Crystal Structure of zebrafish PHF14-PZP in complex with H3(1-25) 提交 2020-10-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 278–487（210 aa）片段：PHF14-PZP	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M Carboxylic acids,0.1 M Buffer System 2, 37.50% % v/v MPD_P1K_P3350 (morpheus).	分辨率 2.11 Å R-free 0.204

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A286Y9D1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–210； UniProt 278–487

Gene for histone H3 (germline gene)

Homo sapiens

UniProt V9H1G0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–13	片段：H3(1-13)	PHD finger protein 14 × 1 （A0A286Y9D1） ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 18% PEG4000, 12% isopropanol .	分辨率 2.00 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7D8A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5SZB Structure of human Dpf3 double-PHD domain bound to histone H3 tail peptide with acetylated K14 提交 2016-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–19（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 4% MPD	分辨率 1.20 Å R-free 0.155
5SZB Structure of human Dpf3 double-PHD domain bound to histone H3 tail peptide with acetylated K14 提交 2016-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 2–19（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 4% MPD	分辨率 1.20 Å R-free 0.155
5SZC Structure of human Dpf3 double-PHD domain bound to histone H3 tail peptide with monomethylated K4 and acetylated K14 提交 2016-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–19（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 4% MPD	分辨率 1.19 Å R-free 0.167
5Z93 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K9bhb peptide 提交 2018-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 7–16（10 aa）片段：UNP residues 7-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 1000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
5Z94 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide 提交 2018-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–16（15 aa）片段：UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
5Z94 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide 提交 2018-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–16（15 aa）片段：UNP residues 2-16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
7D87 Crystal Structure of zebrafish PHF14-PZP in complex with H3(1-25) 提交 2020-10-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–26（25 aa）片段：histone H3(1-25)	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M Carboxylic acids,0.1 M Buffer System 2, 37.50% % v/v MPD_P1K_P3350 (morpheus).	分辨率 2.11 Å R-free 0.204
8DS8 Crystal structure of human TNRC18 BAH domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2022-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–24（23 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 0.2 M Magnesium Acetate, 16-20% PEG 8000	分辨率 1.84 Å R-free 0.235
8DS8 Crystal structure of human TNRC18 BAH domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2022-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–24（23 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 0.2 M Magnesium Acetate, 16-20% PEG 8000	分辨率 1.84 Å R-free 0.235
8F8Z PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–25（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 3.30 Å R-free 0.256
8F8Z PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with H3 Histone N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2–25（24 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 3.30 Å R-free 0.256
8UNI LSD1-CoREST with N-formyl-FAD in complex with H3K4M histone tail 提交 2023-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–22（21 aa）片段：residues 1-21 (2-22 Uniprot numbering)	突变：K4M	HUF [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 M Sodium Potassium Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.252
8UOM LSD1-CoREST with N-formyl-FAD in complex with H3dimeK4 histone tail 提交 2023-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–22（21 aa）片段：residues 1-21 (2-22 Uniprot numbering)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HUF [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.2 Na/K Tartrate, 100 mM ADA pH 6.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.240

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V9H1G0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–12； UniProt 2–13

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7d8a
沉积日期 deposition_date	2020-10-07
结构标题 title	Crystal Structure of H3(1-13)/PHF14-PZP fusion protein
关键词 keywords	H3(1-13)/PHF14-PZP, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.48 Å
零角强度 I(0) i0	11953200.00
分子量 molecular_weight	23618.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28601 Å³
包络体积 envelope_volume	34639 Å³
水化壳体积 shell_volume	16807 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.6 Å
壳层 Rg shell_rg	23.42 Å
包络 Rg envelope_rg	17.88 Å
形状 Rg shape_rg	17.50 Å
总 Rg total_rg	18.32 Å
总原子数 total_atoms	1622
残基数 n_residues	210
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8518
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.109
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1692000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.995

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 14
分子量 formula_weight	23262.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1737

SSQRMEHILICCVCLGDNSEDADEIIQCDNCGVTVHEGCYGVDGESDSIMSSASENSTEPWFCDACKNGVSPSCELCPSQDGIFKETDAGRWVHVVCALYVPGVAFGDIDKLRPVTLTEMNYSKYGAKECSLCEDTRFARTGVCISCDAGMCRSFFHVTCAQREGLLSEAAAEEDIADPFFAYCKQHADRFDRKWKRKNYLALQSYCKVS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Gene for histone H3 (germline gene)
分子量 formula_weight	1740.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ARTKQTARKSTGGSGSGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	115

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.781 Å
晶胞边长 b length_b	150.423 Å
晶胞边长 c length_c	81.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.710 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1774
R_free r_free	0.2123

fit	/app/data/saxs_computation/d8/7d8a/7d8a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d8/7d8a/7d8a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d8/7d8a/7d8a.dat

Crystal Structure of H3(1-13)/PHF14-PZP fusion protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gene for histone H3 (germline gene)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)