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7dac

Human RIPK3 amyloid fibril revealed by solid-state NMR

Method: SOLID-STATE NMR Dmax: 55.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3

Homo sapiens

UniProt Q9Y572

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 418–518 链 B； UniProt 418–518 链 C； UniProt 418–518 链 D； UniProt 418–518 链 E； UniProt 418–518 未记录 无其他共同聚合物 SOLID-STATE NMR NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成：5 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：5 mg/mL [U-100% 2-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：5 mg/mL [U-100% 1, 3-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：5 mg/mL [U-50% 13C; natural abundance N][natural abandance 13C; U-50% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7DAC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
12KL SSNMR Structure of Anti-necroptosis Viral:Human Functional Hetero-amyloid M45:RIPK3 提交 2026-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 388–518（131 aa）
链 C 388–518（131 aa）
链 E 388–518（131 aa）
链 G 388–518（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 pH 7.4；285 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 5 mM U-13C,15N M45, 5 mM RIPK3, water | water
NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N M45, 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N RIPK3, water | water
NMR样品组成 5 mM U-13C,15N RIPK3, 5 mM M45, water | water
NMR样品组成 5 mM U-13C,15N RIPK3, water | water
NMR样品组成 5 mM U-13C,15N M45, water | water
NMR样品组成 5 mM 1,3-13C-glycerol, 15N M45, 5 mM RIPK3, water | water
NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N M45, 5 mM RIPK3, water | water
NMR样品组成 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM M45, water | water
NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM M45, water | water
NMR样品组成 5 mM 2-13C-glycerol,15N RIPK3, 5 mM 1,3-13C-glycerol,15N M45, water | water
分辨率未提供
5ZCK Structure of the RIP3 core region 提交 2018-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 458–461（4 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 20% (v/v) PEG 200
分辨率 1.27 Å R-free 0.152
7DA4 Cryo-EM structure of amyloid fibril formed by human RIPK3 提交 2020-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 388–518（131 aa） 片段：C-terminal domain
链 B 388–518（131 aa） 片段：C-terminal domain
链 C 388–518（131 aa） 片段：C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.24 Å
7MON Structure of human RIPK3-MLKL complex 提交 2021-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–316（316 aa）
突变：C3S, C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZL1 N-[4-({2-[(cyclopropanecarbonyl)amino]pyridin-4-yl}oxy)-3-fluorophenyl]-1-(4-fluorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；281.15 K；0.2 M ammonium acetate 30%w/v PEG 4000 0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.260
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–315（314 aa）
突变：C3S, C110A ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 3.23 Å R-free 0.285
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–315（314 aa）
突变：C3S, C110A ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 3.23 Å R-free 0.285
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–315（314 aa）
突变：C3S, C110A ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 3.23 Å R-free 0.285
7MX3 Crystal structure of human RIPK3 complexed with GSK'843 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 2–315（314 aa）
突变：C3S, C110A ZOV 3-(1,3-benzothiazol-5-yl)-7-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)thieno[3,2-c]pyridin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281.15 K；0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 3.23 Å R-free 0.285
8Z94 Cryo-EM structure of RIPK1 RHIM PFFs cross seeded RIPK3 RHIM amyloid fibril 提交 2024-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 388–518（131 aa）
链 B 388–518（131 aa）
链 C 388–518（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.56 Å
9LFU Crystal structure of human RIP3 kinase domain complexed with LK01003 提交 2025-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–315（314 aa）
突变：C3S, C110A A1D97 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 22.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.319
9LFU Crystal structure of human RIP3 kinase domain complexed with LK01003 提交 2025-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–315（314 aa）
突变：C3S, C110A A1D97 2-cyclopentyl-~{N}-(6-propan-2-ylsulfonylquinolin-4-yl)-1,3-benzothiazol-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 22.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5
分辨率 2.93 Å R-free 0.319

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RIPK3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–108； UniProt 418–518 作者链 B； PDB构建体 8–108； UniProt 418–518 作者链 C； PDB构建体 8–108； UniProt 418–518 作者链 D； PDB构建体 8–108； UniProt 418–518 作者链 E； PDB构建体 8–108； UniProt 418–518

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7dac

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7dac
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7dac
沉积日期 deposition_date2020-10-16
结构标题 titleHuman RIPK3 amyloid fibril revealed by solid-state NMR
关键词 keywordsprogrammed necrosis, amyloid, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 methodSOLID-STATE NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.47 Å
零角强度 I(0) i0560581000.00
分子量 molecular_weight191620.0 kDa
排除体积 excluded_volume236660 ų
包络体积 envelope_volume35619 ų
水化壳体积 shell_volume17271 ų
包络直径 envelope_diameter63.5 Å
壳层 Rg shell_rg23.60 Å
包络 Rg envelope_rg17.84 Å
形状 Rg shape_rg15.50 Å
总 Rg total_rg15.57 Å
总原子数 total_atoms26520
残基数 n_residues1740
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.4 Å
Rg (实空间) rg_real15.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal560600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7408
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.297
峰度 Kurtosis kurtosis-0.092
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha667500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.566; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)