7df1

Crystal structure of human CD98 heavy chain extracellular domain in complex with S1-F4 scFv

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4F2 cell-surface antigen heavy chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S1-F4 VH × 1 IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5 × 1 （A0A5C2G3X0）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S1-F4 VH × 1 IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5 × 1 （A0A5C2G3X0）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S1-F4 VH × 1 IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5 × 1 （A0A5C2G3X0）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S1-F4 VH × 1 IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5 × 1 （A0A5C2G3X0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	4F2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–420； UniProt 212–630 作者链 B； PDB构建体 2–420； UniProt 212–630 作者链 C； PDB构建体 2–420； UniProt 212–630 作者链 D； PDB构建体 2–420； UniProt 212–630

IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5

Homo sapiens

UniProt A0A5C2G3X0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	4F2 cell-surface antigen heavy chain × 1 （P08195） S1-F4 VH × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	4F2 cell-surface antigen heavy chain × 1 （P08195） S1-F4 VH × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	4F2 cell-surface antigen heavy chain × 1 （P08195） S1-F4 VH × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	4F2 cell-surface antigen heavy chain × 1 （P08195） S1-F4 VH × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5C2G3X0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 J； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 K； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 L； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7df1
沉积日期 deposition_date	2020-11-06
结构标题 title	Crystal structure of human CD98 heavy chain extracellular domain in complex with S1-F4 scFv
关键词 keywords	Complex, tumor growth, antibody, ANTITUMOR PROTEIN; ANTITUMOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7df1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7df1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7df1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.03 Å
Rg（电子密度）	28.34 Å
总 Rg	29.08 Å
原子数	4955
残基数	635
排除体积	87947 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7df1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7df1__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7df1__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7df1__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子量 formula_weight	46244.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19740

SELPAQKWWHTGALYRIGDLQAFQGHGAGNLAGLKGRLDYLSSLKVKGLVLGPIHKNQKDDVAQTDLLQIDPNFGSKEDFDSLLQSAKKKSIRVILDLTPNYRGENSWFSTQVDTVATKVKDALEFWLQAGVDGFQVRDIENLKDASSFLAEWQNITKGFSEDRLLIAGTNSSDLQQILSLLESNKDLLLTSSYLSDSGSTGEHTKSLVTQYLNATGNRWCSWSLSQARLLTSFLPAQLLRLYQLMLFTLPGTPVFSYGDEIGLDAAALPGQPMEAPVMLWDESSFPDIPGAVSANMTVKGQSEDPGSLLSLFRRLSDQRSKERSLLHGDFHAFSAGPGLFSYIRHWDQNERFLVVLNFGDVGLSAGLQASDLPASASLPAKADLLLSTQPGREEGSPLELERLKLEPHEGLLLRFPYAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S1-F4 VH
分子量 formula_weight	14741.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,E,F,G

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTSYYMHWVRQAPGQGLEWMGIINPSGGSTSYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARGYYDILTGSRPIFFDIWGQGTMVTVSSGGGGSGGGGSGGGGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5
分子量 formula_weight	13581.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,I,J,K

DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYNTPITFGQGTRLEIKAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	7df1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	7df1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	7df1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	7df1B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	7df1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	7df1C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	7df1D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	7df1D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	7df1E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1K01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7df1L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	125.802 Å
晶胞边长 b length_b	165.212 Å
晶胞边长 c length_c	176.191 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.806 Å
最低分辨率 resolution_low	50.044 Å
R 因子 r_factor	0.2177
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2486

Crystal structure of human CD98 heavy chain extracellular domain in complex with S1-F4 scFv

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4F2 cell-surface antigen heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7df1__assembly_1__model_1

7df1__assembly_1__model_1 | I(q)

7df1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human CD98 heavy chain extracellular domain in complex with S1-F4 scFv

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4F2 cell-surface antigen heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IGL c2062_light_IGKV4-1_IGKJ5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7df1__assembly_1__model_1

7df1__assembly_1__model_1 | I(q)

7df1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)