7doc

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein

Zika virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Core protein × 1 （A0A142IX72） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Genome polyprotein × 1 （H8XX12） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2R4LVW1_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–39； UniProt 1418–1456 作者链 G； PDB构建体 1–39； UniProt 1418–1456

Core protein

Zika virus

UniProt A0A142IX72

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Core protein × 1 （A0A2R4LVW1） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Genome polyprotein × 1 （Q32ZE1） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine protease subunit NS2B × 1 （Q32ZE1） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A142IX72_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	2, 4, 6
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 1513–1665 作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1514–1665 作者链 F； PDB构建体 1–158； UniProt 1510–1667

Genome polyprotein

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Core protein × 1 （A0A142IX72） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Core protein × 1 （A0A142IX72） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	3, 5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–38； UniProt 1418–1455 作者链 E； PDB构建体 1–39； UniProt 1419–1457

Genome polyprotein

Zika virus

UniProt H8XX12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Core protein × 1 （A0A2R4LVW1） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H8XX12_ZIKV
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–153； UniProt 1514–1666

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7doc
沉积日期 deposition_date	2020-12-14
结构标题 title	Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 5
关键词 keywords	Viral protease, Protease inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7doc__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7doc__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7doc__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.96 Å
Rg（电子密度）	15.76 Å
总 Rg	16.91 Å
原子数	1392
残基数	191
排除体积	24581 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7doc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7doc__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7doc__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7doc__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`7doc__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Core protein
分子量 formula_weight	4347.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	5976

DMYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLVE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Core protein
分子量 formula_weight	16342.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ETTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGK

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	4218.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DMYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLV

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Core protein
分子量 formula_weight	16213.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

TTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGK

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Serine protease subunit NS2B
分子量 formula_weight	4361.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MYIERAGDITWEKDAEVTGNSPRLDVALDESGDFSLVEE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Core protein
分子量 formula_weight	16944.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

KKGETTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKRE

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	16370.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

TTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQLLAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGKR

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
通用名 common_name	ZIKV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE
分子量 formula_weight	810.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XGKRK

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	371

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晶胞边长 a length_a	59.154 Å
晶胞边长 b length_b	59.614 Å
晶胞边长 c length_c	215.073 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.904 Å
最低分辨率 resolution_low	45.630 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2092
R_free r_free	0.2286

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Core protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7doc__assembly_3__model_1

7doc__assembly_3__model_1 | I(q)

7doc__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)