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7drt

Human Wntless in complex with Wnt3a

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 118.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Wnt-3a

Homo sapiens

UniProt P56704

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–352 未记录 Protein wntless homolog × 1 （Q5T9L3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7DRT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7URD Human PORCN in complex with LGK974 and WNT3A peptide 提交 2022-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 199–220（22 aa） 片段：residues 199-220
未记录 O50 2-[(2P)-2',3-dimethyl[2,4'-bipyridin]-5-yl]-N-[(5P)-5-(pyrazin-2-yl)pyridin-2-yl]acetamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 AJP Digitonin × 1 OLA OLEIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
7URE Human PORCN in complex with palmitoleoylated WNT3A peptide 提交 2022-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 199–220（22 aa） 片段：residues 199-220
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AJP Digitonin × 1 ZN ZINC ION × 1 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
8TZR Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR 提交 2023-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–352（352 aa）
未记录 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WNT3A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

Protein wntless homolog

Homo sapiens

UniProt Q5T9L3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–541 未记录 Protein Wnt-3a × 1 （P56704） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7DRT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7KC4 Human WLS in complex with WNT8A 提交 2020-10-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–541（541 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 DR9 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
8TZO Structure of human Wnt7a bound to WLS and CALR 提交 2023-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–541（541 aa）
未记录 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TZP Structure of human Wnt7a bound to WLS and RECK 提交 2023-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–541（541 aa）
未记录 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8TZR Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR 提交 2023-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–541（541 aa）
未记录 PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TZS Structure of human WLS 提交 2023-08-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
9Z4H Cryo-EM structure of human Wntless in complex with Wnt5a at 1:1 stoichiometry 提交 2025-11-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.64 Å
9Z4O Cryo-EM structure of human Wntless in its apo state 提交 2025-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.63 Å
9Z67 Cryo-EM structure of human Wntless-Wnt5a 2:2 complex - Composite map 提交 2025-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–541（541 aa）
链 D 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.32 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WLS_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–541； UniProt 1–541

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7drt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7drt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7drt
沉积日期 deposition_date2020-12-29
结构标题 titleHuman Wntless in complex with Wnt3a
关键词 keywordsWnt signaling; Wnt secretion; WLS; Wnt3a; cryo-EM; palmitoleoylation; membrane protein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.01 Å
零角强度 I(0) i0138407000.00
分子量 molecular_weight97407.0 kDa
排除体积 excluded_volume123160 ų
包络体积 envelope_volume165750 ų
水化壳体积 shell_volume40987 ų
包络直径 envelope_diameter125.9 Å
壳层 Rg shell_rg39.74 Å
包络 Rg envelope_rg35.04 Å
形状 Rg shape_rg34.97 Å
总 Rg total_rg35.52 Å
总原子数 total_atoms6839
残基数 n_residues830
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.4 Å
Rg (实空间) rg_real35.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal138400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8498
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.2 Å
偏度 Skewness skewness0.518
峰度 Kurtosis kurtosis-0.287
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21840000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.657
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)