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7dta

Solution structure of the C-clamp domain from human HDBP1 in complex with DNA

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SLC2A4 regulator

Homo sapiens

UniProt Q9NR83

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 355–387 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*TP*A)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成：0.5 mM [U-13C; U-15N] C-clamp, 0.5 mM HD5-DNA, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7DTA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9Z44 Isoreticular co-crystal 1 with symmetrical expanded duplex (31mer) containing insert sequence CCCGGCCGGA and loaded with C-clamp domain 提交 2025-11-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 355–387（33 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；60mM magnesium acetate, 1.8M lithium sulfate, 50mM MES pH 6.5.The crystal was crosslinked with 50 mg/mL EDC overnight, and then looped into a solution of 50mM potassium chloride, 4mM calcium chloride, 10% glycerol, and 10mM Tris hydrochloride for 1 hour. The drop was then supplemented with 90 micromolar C-clamp
分辨率 7.20 Å R-free 0.345

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S2A4R_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–33； UniProt 355–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7dta

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7dta
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7dta
沉积日期 deposition_date2021-01-04
结构标题 titleSolution structure of the C-clamp domain from human HDBP1 in complex with DNA
关键词 keywordsC-clamp, zinc finger, unmethylated CpG binding, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.98 Å
零角强度 I(0) i01363730000.00
分子量 molecular_weight215740.0 kDa
排除体积 excluded_volume229430 ų
包络体积 envelope_volume19228 ų
水化壳体积 shell_volume11729 ų
包络直径 envelope_diameter46.4 Å
壳层 Rg shell_rg19.59 Å
包络 Rg envelope_rg14.36 Å
形状 Rg shape_rg12.93 Å
总 Rg total_rg13.17 Å
总原子数 total_atoms25060
残基数 n_residues1100
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.4 Å
Rg (实空间) rg_real12.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1364000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8939
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.0 Å
偏度 Skewness skewness0.164
峰度 Kurtosis kurtosis-0.429
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha241900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)