7ea9

Crystal Structure of human lysyl-tRNA synthetase Y145H mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine--tRNA ligase

Homo sapiens

UniProt Q15046

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 5'-O-[(L-LYSYLAMINO)SULFONYL]ADENOSINE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 5'-O-[(L-LYSYLAMINO)SULFONYL]ADENOSINE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYK_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–513; UniProt 70–581 作者链 B; PDB构建体 2–513; UniProt 70–581 作者链 C; PDB构建体 2–513; UniProt 70–581 作者链 D; PDB构建体 2–513; UniProt 70–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ea9
沉积日期 deposition_date2021-03-06
结构标题 titleCrystal Structure of human lysyl-tRNA synthetase Y145H mutant
关键词 keywordslysyl-tRNA synthetase, LysRS, disease related mutant, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ea9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ea9__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ea9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)32.18 Å
Rg(电子密度)31.51 Å
总 Rg32.05 Å
原子数8017
残基数1002
排除体积143280 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7ea9__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 7ea9__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd7ea9a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9c2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9d1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7ea9d2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamilyd.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family familyd.104.1.0 — automated matches

7. 引用文献 (1)