SAXSdb — 7ei0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine proteinase falcipain 2a

Plasmodium falciparum (isolate 3D7)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 244–484 链 B； UniProt 244–484	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；ethylene glycol, ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EI0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6JW9 Crystal structure of E-64 inhibited falcipain 2 from Plasmodium falciparum, strain 3D7 提交 2019-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 244–484（241 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Citrate, 25% Ethylene Glycol, 5 mM MgSO4	分辨率 3.50 Å R-free 0.328
6JW9 Crystal structure of E-64 inhibited falcipain 2 from Plasmodium falciparum, strain 3D7 提交 2019-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 244–484（241 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Citrate, 25% Ethylene Glycol, 5 mM MgSO4	分辨率 3.50 Å R-free 0.328
8GT0 Structure of falcipain and human Stefin A complex 提交 2022-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 244–484（241 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 38 NA SODIUM ION × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 16 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate and 5 mM MgSO4	分辨率 3.28 Å R-free 0.299
8GT0 Structure of falcipain and human Stefin A complex 提交 2022-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 244–484（241 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 23 NA SODIUM ION × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 14 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate and 5 mM MgSO4	分辨率 3.28 Å R-free 0.299
8GT0 Structure of falcipain and human Stefin A complex 提交 2022-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 244–484（241 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate and 5 mM MgSO4	分辨率 3.28 Å R-free 0.299
8GT7 Structure of falcipain and human Stefin A mutant complex 提交 2022-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 244–484（241 aa）链 C 244–484（241 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 65 NA SODIUM ION × 44 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 48 SO4 SULFATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 54 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5 and 1.5 M sodium acetate	分辨率 3.28 Å R-free 0.300

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8I6U4_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 244–484 作者链 B； PDB构建体 1–241； UniProt 244–484

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ei0
沉积日期 deposition_date	2021-03-30
结构标题 title	Crystal structure of falcipain 2 from 3D7 strain
关键词 keywords	malaria, plasmodium, protease, falcipain 2, drug target, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.55 Å
零角强度 I(0) i0	52160700.00
分子量 molecular_weight	55510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69063 Å³
包络体积 envelope_volume	85629 Å³
水化壳体积 shell_volume	27607 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.09 Å
包络 Rg envelope_rg	26.88 Å
形状 Rg shape_rg	26.52 Å
总 Rg total_rg	27.33 Å
总原子数 total_atoms	3965
残基数 n_residues	480
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7890
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	90.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.438
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.854; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine proteinase falcipain 2a
分子量 formula_weight	27262.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4037

QMNYEEVIKKYKGNENFDHAAYDWRLHSGVTPVKDQKNCGSCWAFSSIGSVESQYAIRKNKLITLSEQELVDCSFKNYGCNGGLINNAFEDMIELGGICTDDDYPYVSDAPNLCNIDRCTEKYGIKNYLSVPDNKLKEALRFLGPISISVAVSDDFAFYKEGIFDGECGDQLNHAVMLVGFGMKEIVNPLTKKGEKHYYYIIKNSWGQQWGERGFINIETDESGLMRKCGLGTDAFIPLIE

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum (isolate 3D7)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7ei0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.550 Å
晶胞边长 b length_b	115.550 Å
晶胞边长 c length_c	240.891 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	38.688 Å
R 因子 r_factor	0.2633
R_work r_work	0.2622
R_free r_free	0.2855

fit	/app/data/saxs_computation/ei/7ei0/7ei0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ei/7ei0/7ei0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ei/7ei0/7ei0.dat

Crystal structure of falcipain 2 from 3D7 strain