SAXSdb — 7elh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor core protein mu2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 17 RNA 9 PDB 声明：26-meric（26）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–736	未记录	RNA-directed RNA polymerase × 1 （A0A0B5CSU4） transcript RNA × 1 Lambda 1 × 10 （F1ARN3） Lambda 1 × 5 （F1ARN3） RNA (60-MER) × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ELH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9CYY Cryo-EM structure of MRV virion 提交 2024-08-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 V 1–736（736 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6EDZ8_9REOV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736

RNA-directed RNA polymerase

物种未注明

UniProt A0A0B5CSU4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 17 RNA 9 PDB 声明：26-meric（26）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–1267	未记录	Minor core protein mu2 × 1 （Q6EDZ8） transcript RNA × 1 Lambda 1 × 10 （F1ARN3） Lambda 1 × 5 （F1ARN3） RNA (60-MER) × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ELH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9CYY Cryo-EM structure of MRV virion 提交 2024-08-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 W 1–1267（1267 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B5CSU4_9REOV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1267； UniProt 1–1267

Lambda 1

物种未注明

UniProt F1ARN3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 17 RNA 9 PDB 声明：26-meric（26）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 181–1275 链 E； UniProt 181–1275 链 F； UniProt 181–1275 链 G； UniProt 181–1275 链 H； UniProt 181–1275 链 I； UniProt 181–1275 链 J； UniProt 181–1275 链 K； UniProt 181–1275 链 L； UniProt 181–1275 链 M； UniProt 181–1275 链 e； UniProt 1–180 链 g； UniProt 1–180 链 i； UniProt 1–180 链 k； UniProt 1–180 链 m； UniProt 1–180	未记录	Minor core protein mu2 × 1 （Q6EDZ8） RNA-directed RNA polymerase × 1 （A0A0B5CSU4） transcript RNA × 1 RNA (60-MER) × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ELH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9CYX Cryo-EM structure of MRV full core 提交 2024-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–1275（1275 aa）链 H 1–1275（1275 aa）链 I 1–1275（1275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9CYY Cryo-EM structure of MRV virion 提交 2024-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 K 1–1275（1275 aa）链 M 1–1275（1275 aa）链 Y 1–1275（1275 aa）链 Z 1–1275（1275 aa）链 a 1–1275（1275 aa）链 b 1–1275（1275 aa）链 c 1–1275（1275 aa）链 d 1–1275（1275 aa）链 e 1–1275（1275 aa）链 f 1–1275（1275 aa）链 g 1–1275（1275 aa）链 h 1–1275（1275 aa）链 i 1–1275（1275 aa）链 k 1–1275（1275 aa）链 m 1–1275（1275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F1ARN3_9REOV
Isoform	—
PDB实体	4, 5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 E； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 F； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 G； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 H； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 I； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 J； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 K； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 L； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 M； PDB构建体 1–1095； UniProt 181–1275 作者链 e； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 g； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 i； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 k； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 m； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7elh
沉积日期 deposition_date	2021-04-11
结构标题 title	In situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid shell protein of mammalian reovirus at initiation state
关键词 keywords	asymmetric, mu2, lambda3, lambda1, VIRUS, VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE-RNA complex; VIRAL PROTEIN/TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	97.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	98.73 Å
零角强度 I(0) i0	37670700000.00
分子量 molecular_weight	1596600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1971400 Å³
包络体积 envelope_volume	3145400 Å³
水化壳体积 shell_volume	269160 Å³
包络直径 envelope_diameter	327.9 Å
壳层 Rg shell_rg	88.15 Å
包络 Rg envelope_rg	97.09 Å
形状 Rg shape_rg	98.84 Å
总 Rg total_rg	98.27 Å
总原子数 total_atoms	114995
残基数 n_residues	13688
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	261.8 Å
Rg (实空间) rg_real	94.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6030e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7120e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	96.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37470000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9134
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	114.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.671
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0600
最高正则化参数 α highest_alpha	1550000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.999; Stabil: 0.962; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Minor core protein mu2
分子量 formula_weight	83331.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	114995

MAYIAVPAVVDSRSSEAIGLLESFGVDAGADANDVSYQDHDYVLDQLQYMLDGYEAGDVIDALVHKNWLHHSVYCLLPPKSQLLEYWKSNPSAIPDNVDRRLRKRLMLKKDLRKDDEYNQLARAFKISDVYAPLISSTTSPMTMIQNLNQGEIVYTTTDRVIGARILLYAPRKYYASTLSFTMTKCIIPFGKEVGRVPHSRFNVGTFPSIATPKCFVMSGVDIESIPNEFIKLFYQRVKSVHANILNDISPQIVSDMINRKRLRVHTPSDRRAAQLMHLPYHVKRGASHVDVYKVDVVDMLFEVVDVADGLRNVSRKLTMHTVPVCILEMLGIEIADYCIRQEDGMLTDWFLLLTMLSDGLTDRRTHCQYLINPSSVPPDVILNISITGFINRHTIDVMPDIYDFVKPIGAVLPKGSFKSTIMRVLDSISILGIQIMPRAHVVDSDEVGEQMEPTFEQAVMEIYKGIAGVDSLDDLIKWVLNSDLIPHDDRLGQLFQAFLPLAKDLLAPMARKFYDNSMSEGRLLTFAHADSELLNANYFGHLLRLKIPYITEVNLMIRKNREGGELFQLVLSYLYKMYATSAQPKWFGSLLRLLICPWLHMEKLIGEADPASTSAEIGWHIPREQLMQDGWCGCEDGFIPYVSIRAPRLVIEELMEKNWGQYHAQVIVTDQLVVGEPRRVSAKAVIKGNHLPVKLVSRFACFTLTAKYEMRLSCGHSTGRGAAYSARLAFRSDLA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	142449.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSSMILTQFGPFIESISGITDQSNDVFEDAAKAFSMFTRSDVYKALDEIPFSDDAMLPIPPTIYTKPSHDSYYYIDALNRVRRKTYQGPDDVYVPNCSIVELLEPHETLTSYGRLSEAIENRAKDGDSQARIATTYGRIAESQARQIKAPLEKFVLALLVAEAGGSLYDPVLQKYDEIPDLSHNCPLWCFREICRHISGPLPDRAPYLYLSAGVFWLMSPRMTSAIPPLLSDLVNLAILQQTAGLDPSLVKLGVQICLHAAASSSYAWFILKTKSIFPQNTLHSMYESLEGGYCPNLEWLEPRSDYKFMYMGVMPLSAKYARSAPSNDKKARELGEKYGLSSVVGELRKRTKTYVKHDFASVRYIRDAMACTSGIFLVRTPTETVLQEYTQSPEIKVPIPQKDWTGPIGEIRILKDTTSSIARYLYRTWYLAAARMAAQPRTWDPLFQAIMRSQYVTARGGSGAALRESLYAINVSLPDFKGLPVKAATKIFQAAQLANLPFSHTSVAILADTSMGLRNQVQRRPRSIMPLNVPQQQVSAPHTLTADYINYHMNLSTTSGSAVIEKVIPLGVYASSPPNQSINIDISACDASITWDFFLSVIMAAIHEGVASSSIGKPFMGVPASIVNDESVVGVRAARPISGMQNMIQHLSKLYKRGFSYRVNDSFSPGNDFTHMTTTFPSGSTATSTEHTANNSTMMETFLTVWGPEHTDDPDVLRLMKSLTIQRNYVCQGDDGLMIIDGTTAGKVNSETIQKMLELISKYGEEFGWKYDIAYDGTAEYLKLYFIFGCRIPNLSRHPIVGKERANSSAEEPWPAILDQIMGVFFNGVHDGLQWQRWIRYSWALCCAFSRQRTMIGESVGYLQYPMWSFVYWGLPLVKAFGSDPWIFSWYMPTGDLGMYSWISLIRPLMTRWMVANGYVTDRCSPVFGNADYRRCFNELKLYQGYYMAQLPRNPKKSGRAAPREVREQFTQALSDYLMQNPELKSRVLRGRSEWEKYGAGIIHNPPSLFDVPHKWYQGAQEAAIATREELAEMDETLMRARRHSYSSFSKLLEAYLLVKWRMCEAREPSVDLRLPLCAGIDPLNSDPFLKMVSVGPMLQSTRKYFAQTLFMAKTVSGLDVNAIDSALLRLRTLGADKKALTAQLLMVGLQESEADALAGKIMLQDVNTVQLARVVNLAVPDTWMSLDFDSMFKHHVKLLPKDGRHLNTDIPPRMGWLRAILRFLGAGMVMTATGVAVDIYLEDIHGGGRSLGQRFMTWMRQEGRSA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	transcript RNA
分子量 formula_weight	1263.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Lambda 1
分子量 formula_weight	122842.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I,J,K,L,M

YQCHVCSAVLFSPLDLDAHVASHGLHGNMTLTSSDIQRHITEFISSWQNHPIVQVSADVENKKTAQLLHADTPRLVTWDAGLCTSFKIVPIVPAQVPQDVLAYTFFTSSYAIQSPFPEAAVSRIVVHTRWASNVDFDRDSSVIMAPPTENNIHLFKQLLNTETLSVRGANPLMFRANVLHMLLEFVLDNLYLNRHTGFSQDHTPFTEGANLRSLPGPDAEKWYSIMYPTRMGTPNVSKICNFVASCVRNRVGRFDRAQMMNGAMSEWVDVFETSDALTVSIRGRWMARLARMNINPTEIEWALTECAQGYVTVTSPYAPSVNRLMPYRISNAERQISQIIRIMNIGNNATVIQPVLQDISVLLQRISPLQIDPTIISNTMSTVSESTTQTLSPASSILGKLRPSNSDFSSFRVALAGWLYNGVVTTVIDDSSYPKDGGSVTSLENLWDFFILALALPLTTDPCAPVKAFMTLANMMVGFETIPMDNQIYTQSRRASAFSTPHTWPRCFMNIQLISPIDAPILRQWAEIIHRYWPNPSQIRYGAPNVFGSANLFTPPEVLLLPIDHQPANVTTPTLDFTNELTNWRARVCELMKNLVDNQRYQPGWTQSLVSSMRGTLDKLKLIKSMTPMYLQQLAPVELAVIAPMLPFPPFQVPYVRLDRDRVPTMVGVTRQSRDTITQPALSLSTTNTTVGVPLALDARAITVALLSGKYPPDLVTNVWYADAIYPMYADTEVFSNLQRDMITCEAVQTLVTLVAQISETQYPVDRYLDWIPSLRASAATAATFAEWVNTSMKTAFDLSDMLLEPLLSGDPRMTQLAIQYQQYNGRTFNIIPEMPGSVIADCVQLTAEVFNHEYNLFGIARGDIIIGRVQSTHLWSPLAPPPDLVFDRDTPGVHIFGRDCRISFGMNGAAPMIRDETGLMVPFEGNWIFPLALWQMNTRYFNQQFDAWIKTGELRIRIEMGAYPYMLHYYDPRQYANAWNLTSAWLEEITPTSIPSVPFMVPISSDHDISSAPAVQYIISTEYNDRSLFCTNSSSPQTIAGPDKHIPVERYNILTNPDAPPTQIQLPEVVDLYNVVTRYAYETPPITAVVMGVP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Lambda 1
分子量 formula_weight	19112.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,g,i,k,m

MKRIPRKTKGKSSGKGNDSTERADDGSSQLRDKQNNKAGPATTEPGTSNREQYKARPGIASVQRATESAEMPMKNNDEGTPDKKGNTKGDLVNEHSEAKDEADEATKKQAKDTDKSKAQVTYSDTGINNANELSRSGNVDNEGGSNQKPMSTRIAEATSAIVSKHPARVGLPPTASSGHG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA (60-MER)
分子量 formula_weight	19016.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N,O,P,Q,R,S,T,U

AUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAU

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	102966

fit	/app/data/saxs_computation/el/7elh/7elh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/el/7elh/7elh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/el/7elh/7elh.dat

In situ structure of transcriptional enzyme complex and capsid shell protein of mammalian reovirus at initiation state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor core protein mu2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lambda 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)