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7eot

Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the CGP-78608/glutamate bound state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 183.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

Homo sapiens

UniProt Q12879

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–842 链 C； UniProt 1–842 突变：L794C Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 （Q05586） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 J86 [(1S)-1-[[7-bromanyl-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydroquinoxalin-5-yl]methylamino]ethyl]phosphonic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 7EOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
链 H 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
链 G 1449–1464（16 aa） 片段：UNP residues 1449-1464
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.91 Å R-free 0.246
5H8F Structure of the apo human GluN1/GluN2A LBD 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
未记录 GOL GLYCEROL × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 1.81 Å R-free 0.207
5H8H Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE3419 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 5YC 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.23 Å R-free 0.227
5H8N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with NAM 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 5YD 4-[[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]methyl]-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
5H8Q Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE8324 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 5YE 6-[[ethyl-(4-fluorophenyl)amino]methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[3,4][1,3]thiazolo[1,4-~{a}]pyrimidin-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
5I2K Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 19) 提交 2016-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 67H 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.86 Å R-free 0.256
5I2N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 29) 提交 2016-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
链 A 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802
未记录 CA CALCIUM ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67J N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.12 Å R-free 0.223
5KCJ Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE6901 提交 2016-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A 661–802（142 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.09 Å R-free 0.225
5KDT Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE0723 提交 2016-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A 661–802（142 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 6RV (1~{R},2~{R})-2-[7-[[5-chloranyl-3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]methyl]-5-oxidanylidene-2-(trifluoromethyl)-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-3-yl]cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.44 Å R-free 0.240
5TP9 Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 2 (GNE9178) 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A 661–802（142 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H0 7-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-N-ethyl-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
5TPA Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500) 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
链 A 661–802（142 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H2 (1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.48 Å R-free 0.241
6IRA Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 7.8 提交 2018-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–842（842 aa）
链 D 1–842（842 aa）
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane.
分辨率 4.50 Å
6IRF Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class I 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–841（841 aa）
链 D 1–841（841 aa）
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 5.10 Å
6IRG Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class II 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–841（841 aa）
链 D 1–841（841 aa）
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 5.50 Å
6IRH Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class III 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–841（841 aa）
链 D 1–841（841 aa）
突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 7.80 Å
7EOQ Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/CPP bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–842（842 aa）
链 C 1–842（842 aa）
突变：L794C 突变：L794C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7EOR Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–842（842 aa）
链 C 1–842（842 aa）
突变：L794C 突变：L794C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7EOS Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–842（842 aa）
链 C 1–842（842 aa）
突变：L794C 突变：L794C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7EOU Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901/9-AA bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–842（842 aa）
链 C 1–842（842 aa）
突变：L794C 突变：L794C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 AA 9-AMINOACRIDINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7EU7 Structure of the human GluN1-GluN2A NMDA receptor in complex with S-ketamine, glycine and glutamate 提交 2021-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–841（841 aa）
链 D 1–841（841 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8E99 Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4 提交 2022-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 30–851（822 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.24 Å
8JIZ Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in two fab bind conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8JJ0 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in one fab bind conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8JJ1 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
8JJ2 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in one fab conformation 提交 2023-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8VUH Human GluN1-2A IgG 003-102 splayed conformation 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 34–841（808 aa）
链 D 34–841（808 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.42 Å
8VUJ Human GluN1-2A with Fab 003-102 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 34–841（808 aa）
链 D 34–841（808 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
8VUL Human GluN1-2A with Fab 003-102 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 34–399（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
8VUN Human GluN1-2A With Fab 008-218 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 34–841（808 aa）
链 D 34–841（808 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.01 Å
8VUQ Human GluN1-2A with Fab 008-218 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 34–396（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
8VUR Human GluN1-2A with IgG 003-102 WT conformation 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 34–841（808 aa）
链 D 34–841（808 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
8VUT Human GluN1-2A with IgG 008-218 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 34–841（808 aa）
链 D 34–841（808 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9MUL Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 1, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 401–539（139 aa）
链 B 661–802（142 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRA 5-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)methoxy]-6-methyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9MUM Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 11, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 401–539（139 aa）
链 B 661–802（142 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRB 5-[2-(3-chlorophenyl)-2,2-difluoroethoxy]-N-[1-(pyrazin-2-yl)cyclopropyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
分辨率 1.97 Å R-free 0.241
9PQI NMR Structure of Ca2+/Calmodulin bound to the GluN2A C0 domain of the NMDA receptor 提交 2025-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1464（1464 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1 mM GluN2, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 93 % H2O, 7 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1 mM GluN2, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 35 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDE1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842 作者链 C； PDB构建体 1–842； UniProt 1–842

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Homo sapiens

UniProt Q05586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–847 链 D； UniProt 1–847 突变：E698C Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A × 2 （Q12879） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 J86 [(1S)-1-[[7-bromanyl-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydroquinoxalin-5-yl]methylamino]ethyl]phosphonic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7EOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10EY SK5B-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–838（838 aa）
链 C 1–838（838 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
10EZ SK3D-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
10FD SK5G-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
10FE OX1-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
10FF SK5A-Matured glycine/glutamate in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.06 Å
10FL SK5G-Germline 提交 2026-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
10FN SK5A-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.52 Å
10FO SK5B-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–841（841 aa）
链 C 1–841（841 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.46 Å
2HQW Crystal Structure of Ca2+/Calmodulin bound to NMDA Receptor NR1C1 peptide 提交 2006-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 875–898（24 aa） 片段：C-TERMINAL TAIL, C1 REGION
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277.15 K；7% PEG 6000, 5mM CaCl2, 100 mM sodium acetate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2NR1 TRANSMEMBRANE SEGMENT 2 OF NMDA RECEPTOR NR1, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1997-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 599–621（23 aa） 片段：TRANSMEMBRANE SEGMENT 2
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；303 K
分辨率未提供
3BYA Structure of a Calmodulin Complex 提交 2008-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 875–898（24 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；17-19% PEG 3350, 0.120mM Ammonium Phosphate, 15% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.232
5H8F Structure of the apo human GluN1/GluN2A LBD 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 GOL GLYCEROL × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 1.81 Å R-free 0.207
5H8H Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE3419 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 5YC 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.23 Å R-free 0.227
5H8N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with NAM 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 5YD 4-[[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]methyl]-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
5H8Q Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE8324 提交 2015-12-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 5YE 6-[[ethyl-(4-fluorophenyl)amino]methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[3,4][1,3]thiazolo[1,4-~{a}]pyrimidin-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
5I2K Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 19) 提交 2016-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 67H 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.86 Å R-free 0.256
5I2N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 29) 提交 2016-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821
未记录 CA CALCIUM ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67J N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)
分辨率 2.12 Å R-free 0.223
5KCJ Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE6901 提交 2016-06-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
链 B 684–821（138 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.09 Å R-free 0.225
5KDT Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE0723 提交 2016-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
链 B 684–821（138 aa） 片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 6RV (1~{R},2~{R})-2-[7-[[5-chloranyl-3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]methyl]-5-oxidanylidene-2-(trifluoromethyl)-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-3-yl]cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.44 Å R-free 0.240
5TP9 Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 2 (GNE9178) 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H0 7-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-N-ethyl-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
5TPA Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500) 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
链 B 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H2 (1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate
分辨率 2.48 Å R-free 0.241
6IRA Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 7.8 提交 2018-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane.
分辨率 4.50 Å
6IRF Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class I 提交 2018-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 5.10 Å
6IRG Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class II 提交 2018-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 5.50 Å
6IRH Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class III 提交 2018-11-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：G612R 突变：G612R 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane
分辨率 7.80 Å
7EOQ Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/CPP bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7EOR Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7EOS Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7EOU Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901/9-AA bound state 提交 2021-04-22 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 AA 9-AMINOACRIDINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7EU7 Structure of the human GluN1-GluN2A NMDA receptor in complex with S-ketamine, glycine and glutamate 提交 2021-05-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7EU8 Structure of the human GluN1-GluN2B NMDA receptor in complex with S-ketamine,glycine and glutamate 提交 2021-05-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
7YFF Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonist glycine and competitive antagonist CPP. 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–840（840 aa）
链 C 1–840（840 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 GLY GLYCINE × 2 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
7YFL Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate. 提交 2022-07-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
7YFM Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate. 提交 2022-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–868（868 aa）
链 C 1–868（868 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.10 Å
7YFO Structure of GluN1a E698C-GluN2D NMDA receptor in cystines crosslinked state. 提交 2022-07-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 6.40 Å
7YFR Structure of GluN1a E698C-GluN2D NMDA receptor in cystines non-crosslinked state. 提交 2022-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：E698C 突变：E698C GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.10 Å
8E92 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation 提交 2022-08-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8E93 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation 提交 2022-08-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E94 PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation 提交 2022-08-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 IWB methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8E96 Glycine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2D NMDA receptor 提交 2022-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–847（829 aa）
链 C 19–847（829 aa）
突变：C22S, R844N, R845G, K846A 突变：C22S, R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
8E97 PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation 提交 2022-08-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.19 Å
8E98 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in nanodisc - intact conformation 提交 2022-08-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
8E99 Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4 提交 2022-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–843（843 aa）
链 C 1–843（843 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.24 Å
8JIZ Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in two fab bind conformation 提交 2023-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8JJ0 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in one fab bind conformation 提交 2023-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8JJ1 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation 提交 2023-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
8JJ2 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in one fab conformation 提交 2023-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–847（847 aa）
链 D 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8USX Glycine-bound GluN1a-3A NMDA receptor 提交 2023-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–843（821 aa）
链 C 23–843（821 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UUE Glycine-bound GluN1a-3A LBD heterotetramer (local refinement) 提交 2023-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 395–798（404 aa）
链 C 395–798（404 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8VUH Human GluN1-2A IgG 003-102 splayed conformation 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 27–841（815 aa）
链 C 26–841（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.42 Å
8VUJ Human GluN1-2A with Fab 003-102 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 27–841（815 aa）
链 C 26–841（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
8VUL Human GluN1-2A with Fab 003-102 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–393（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
8VUN Human GluN1-2A With Fab 008-218 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 25–841（817 aa）
链 C 25–841（817 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.01 Å
8VUQ Human GluN1-2A with Fab 008-218 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–393（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
8VUR Human GluN1-2A with IgG 003-102 WT conformation 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–841（815 aa）
链 C 27–841（815 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å
8VUS Human GluN1-2A with IgG 007-168 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 23–798（776 aa）
链 C 23–798（776 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
8VUT Human GluN1-2A with IgG 008-218 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 25–841（817 aa）
链 C 25–841（817 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8VUU Human GluN1-2B with Fab 007-168 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 23–838（816 aa）
链 C 23–838（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8VUV Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–393（371 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
8Y1V Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with competitive antagonist R-CPP and allosteric inhibitor YY-23 提交 2024-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–868（868 aa）
链 C 1–868（868 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 A1LW8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{S})-2-methyl-4-[(1~{R},2~{R},4~{S},6~{S},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S},18~{R})-7,9,13,18-tetramethyl-16-oxidanyl-5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosan-6-yl]butoxy]oxane-3,4,5-triol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 21–393（373 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000
分辨率 3.50 Å R-free 0.227
9D37 Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9D38 Open state of Gly-,Glu-,EU1622-240 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
9D39 Gly-,PPDA- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
9D3A Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR (Low-res) 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9D3B Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1A15 4-{(3R,5S)-5-(4-chlorophenyl)-3-[4-(4-chlorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl]pyrazolidin-1-yl}-3,3-difluoro-4-oxobutanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
9D3C Gly-,Glu-,(S)-(+)-ketamine bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa）
链 C 23–847（825 aa）
突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
9GIB NMDA bound to compound 380 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–800（138 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1ILP (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone
分辨率 1.95 Å R-free 0.256
9GIC NMDA bound to compound 345 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
未记录 A1ILQ (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(phenylmethyl)-2~{H}-thiophen-5-yl]carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.82 Å R-free 0.221
9GID NMDA bound to compound 338 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
未记录 A1ILT (2~{R})-2-azanyl-3-[(7-bromanyl-4-fluoranyl-3~{H}-1-benzothiophen-2-yl)carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.260
9GIE NMDA bound to compound 315 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–801（139 aa）
未记录 A1ILS (2~{R})-2-azanyl-3-[[4-(2-ethylphenyl)-2,3-dihydro-1~{H}-indol-2-yl]carbonylamino]propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；282.15 K；24% PEG 3350 and 0.1 M hepes pH 7.5
分辨率 2.36 Å R-free 0.260
9GIF NMDA bound to compound 288 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–801（139 aa）
未记录 A1ILR (2~{R})-2-azanyl-3-(2~{H}-thiophen-5-ylcarbonylamino)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
9GIG NMDA bound to compound 387 提交 2024-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–800（138 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1ILO (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-3-methyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone
分辨率 2.09 Å R-free 0.257
9GJ1 NMDA bound to compound 339 提交 2024-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 394–544（151 aa）
链 B 663–800（138 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 A1IME (2~{R})-2-azanyl-3-[(7-methylthieno[3,2-b]pyridin-2-yl)carbonylamino]propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone
分辨率 1.62 Å R-free 0.230
9IYP Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ bound state 提交 2024-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–840（814 aa）
链 C 27–840（814 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
9IYQ Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ free state 提交 2024-07-31 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9MUL Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 1, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–800（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRA 5-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)methoxy]-6-methyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9MUM Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 11, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa）
链 A 663–800（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRB 5-[2-(3-chlorophenyl)-2,2-difluoroethoxy]-N-[1-(pyrazin-2-yl)cyclopropyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350
分辨率 1.97 Å R-free 0.241
9OOQ Closed state of Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9OOR Open state Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9OOS Non-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9OOT Pre-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 18–847（830 aa）
链 C 18–847（830 aa）
突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9PQH NMR Structure of Ca2+/Calmodulin bound to the GluN1 C0 domain of the NMDA receptor 提交 2025-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–938（938 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.0 mM GluN1 C0, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 93 % H2O, 7 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.0 mM GluN1 C0, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDZ1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–847； UniProt 1–847 作者链 D； PDB构建体 1–847； UniProt 1–847

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7eot

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7eot
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7eot
沉积日期 deposition_date2021-04-22
结构标题 titleStructure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the CGP-78608/glutamate bound state
关键词 keywordsNMDA receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.39 Å
零角强度 I(0) i01688730000.00
分子量 molecular_weight349700.0 kDa
排除体积 excluded_volume440330 ų
包络体积 envelope_volume664340 ų
水化壳体积 shell_volume104430 ų
包络直径 envelope_diameter186.0 Å
壳层 Rg shell_rg55.37 Å
包络 Rg envelope_rg53.10 Å
形状 Rg shape_rg53.39 Å
总 Rg total_rg53.44 Å
总原子数 total_atoms24620
残基数 n_residues3088
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax183.9 Å
Rg (实空间) rg_real52.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.76 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1689000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8625
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.3 Å
偏度 Skewness skewness0.360
峰度 Kurtosis kurtosis-0.231
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha233300000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.808
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)