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7epu

Crystal structure of HsALC1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like

Homo sapiens

UniProt Q86WJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–880 未记录 non-immunized human scFv × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；MPD, sodium chloride, magnesium chloride, acetate 分辨率 3.50 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7EPU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZHX Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. 提交 2020-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 604–639（36 aa）
链 L 604–639（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 2.50 Å
6ZHY Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class. 提交 2020-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 K 604–639（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 3.00 Å
7ENN The structure of ALC1 bound to the nucleosome 提交 2021-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–897（897 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7OTQ Cryo-EM structure of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome 提交 2021-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 16–879（864 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
分辨率 4.80 Å
8B0A Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 提交 2022-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 16–879（864 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9T4V ALC1/CHD1L in an intermediate conformation, bound to a PARylated nucleosome 提交 2025-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 K 16–879（864 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
分辨率 6.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHD1L_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–880； UniProt 1–880

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7epu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7epu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7epu
沉积日期 deposition_date2021-04-27
结构标题 titleCrystal structure of HsALC1
关键词 keywordsmacrodomain, autoinhibition, DNA damage, PARP1, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.72 Å
零角强度 I(0) i0193093000.00
分子量 molecular_weight110570.0 kDa
排除体积 excluded_volume138330 ų
包络体积 envelope_volume197010 ų
水化壳体积 shell_volume47772 ų
包络直径 envelope_diameter141.6 Å
壳层 Rg shell_rg40.22 Å
包络 Rg envelope_rg35.71 Å
形状 Rg shape_rg34.71 Å
总 Rg total_rg35.19 Å
总原子数 total_atoms7789
残基数 n_residues978
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.5 Å
Rg (实空间) rg_real35.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal193100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8244
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.6 Å
偏度 Skewness skewness0.560
峰度 Kurtosis kurtosis0.282
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha61210000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.935
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7epuB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10810 — Tandem AAA-ATPase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)