SAXSdb — 7eqx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase B

Aedes aegypti

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–113 链 C； UniProt 114–412	片段：Pro-region 片段：Mature region	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulphate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v PEG 8000	分辨率 2.08 Å R-free 0.198
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 19–113 链 D； UniProt 114–412	片段：Pro-region 片段：Mature region	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulphate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% w/v PEG 8000	分辨率 2.08 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EQX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7EQZ Crystal structure of Carboxypeptidase B complexed with Potato Carboxypeptidase Inhibitor 提交 2021-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 114–412（299 aa）片段：Mature region	未记录	ZN ZINC ION × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；1.6M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 0.1M Sodium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.196

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6J661_AEDAE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–98； UniProt 19–113 作者链 B； PDB构建体 4–98； UniProt 19–113 作者链 C； PDB构建体 1–299； UniProt 114–412 作者链 D； PDB构建体 1–299； UniProt 114–412

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7eqx
沉积日期 deposition_date	2021-05-05
结构标题 title	Crystal structure of an Aedes aegypti procarboxypeptidase B1
关键词 keywords	Procarboxypeptidase B1, ANTIVIRAL PROTEIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.46 Å
零角强度 I(0) i0	111944000.00
分子量 molecular_weight	83618.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104230 Å³
包络体积 envelope_volume	124190 Å³
水化壳体积 shell_volume	35191 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.26 Å
包络 Rg envelope_rg	30.37 Å
形状 Rg shape_rg	30.44 Å
总 Rg total_rg	31.03 Å
总原子数 total_atoms	5904
残基数 n_residues	757
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8402
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.525
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.297
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.874; Smooth: 0.853

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carboxypeptidase B
分子量 formula_weight	11371.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6563

GPMRRSYEGYKVYGIVPESPDEAEILYQIRQSNPDLDFWHLTKQPGDEARVLVAPKDQRSFLIKLIRHGLHYQEVISDVEGTLAPYNEPRTRGMSLDR

来源 Source

来源生物 organism	Aedes aegypti
通用名 common_name	Yellowfever mosquito, Culex aegypti
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7159
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Carboxypeptidase B
分子量 formula_weight	32930.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

DVSTSYLRHNEINEYLQTLSQKYPSLVSVEEAGTSYEGRSIKTITINKKPGNAVVFLDAGIHAREWIAPATALYAIEQLVEHSSENQEVLSNLTWVIMPVVNPDGYEFSHETDRFWRKTRKPTGKSCKGTDGNRNFDYHWGEVGASTQACADTFRGETAFSEPETRAVRDAVMKLKGSCKFYLSLHSYGNYILYPWGWTSKLPETWEAIDEVAQAGAEAIKQSTGSRYTVGSSTNVLYAAAGGSDDWAFAVAEVPISITMELPGGGNGGFNPPPSSIEKIVNESWVGIKAMALKVAQMF

来源 Source

来源生物 organism	Aedes aegypti
通用名 common_name	Yellowfever mosquito, Culex aegypti
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7159
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	659

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	139.797 Å
晶胞边长 b length_b	74.436 Å
晶胞边长 c length_c	83.108 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	33.630 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1680
R_free r_free	0.1980

fit	/app/data/saxs_computation/eq/7eqx/7eqx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/7eqx/7eqx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/7eqx/7eqx.dat

Crystal structure of an Aedes aegypti procarboxypeptidase B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)