7f03

Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli in complex with ANP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA

Escherichia coli BL21(DE3)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heme exporter protein B × 2 （P0ABL8） Heme exporter protein C × 1 （P0ABM1） Heme exporter protein D × 1 （P0ABM5） MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207 作者链 E； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207

Heme exporter protein B

Escherichia coli BL21(DE3)

UniProt P0ABL8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA × 2 （P33931） Heme exporter protein C × 1 （P0ABM1） Heme exporter protein D × 1 （P0ABM5） MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–220； UniProt 1–220 作者链 F； PDB构建体 1–220； UniProt 1–220

Heme exporter protein C

Escherichia coli BL21(DE3)

UniProt P0ABM1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA × 2 （P33931） Heme exporter protein B × 2 （P0ABL8） Heme exporter protein D × 1 （P0ABM5） MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

Heme exporter protein D

Escherichia coli BL21(DE3)

UniProt P0ABM5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA × 2 （P33931） Heme exporter protein B × 2 （P0ABL8） Heme exporter protein C × 1 （P0ABM1） MAGNESIUM ION × 2 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCMD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7f03
沉积日期 deposition_date	2021-06-03
结构标题 title	Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli in complex with ANP
关键词 keywords	ATP-binding exporter, Heme transmembrane transporter, Cytochrome c biogenesis protein., MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7f03__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7f03__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7f03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.90 Å
Rg（电子密度）	31.98 Å
总 Rg	32.59 Å
原子数	8887
残基数	1130
排除体积	161540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7f03__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
分子量 formula_weight	23080.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.6.2.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	8891

MGMLEARELLCERDERTLFSGLSFTLNAGEWVQITGSNGAGKTTLLRLLTGLSRPDAGEVLWQGQPLHQVRDSYHQNLLWIGHQPGIKTRLTALENLHFYHRDGDTAQCLEALAQAGLAGFEDIPVNQLSAGQQRRVALARLWLTRATLWILDEPFTAIDVNGVDRLTQRMAQHTEQGGIVILTTHQPLNVAESKIRRISLTQTRAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heme exporter protein B
分子量 formula_weight	23632.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MMFWRIFRLELRVAFRHSAEIANPLWFFLIVITLFPLSIGPEPQLLARIAPGIIWVAALLSSLLALERLFRDDLQDGSLEQLMLLPLPLPAVVLAKVMAHWMVTGLPLLILSPLVAMLLGMDVYGWQVMALTLLLGTPTLGFLGAPGVALTVGLKRGGVLLSILVLPLTIPLLIFATAAMDAASMHLPVDGYLAILGALLAGTATLSPFATAAALRISIQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Heme exporter protein C
分子量 formula_weight	27911.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MWKTLHQLAIPPRLYQICGWFIPWLAIASVVVLTVGWIWGFGFAPADYQQGNSYRIIYLHVPAAIWSMGIYASMAVAAFIGLVWQMKMANLAVAAMAPIGAVFTFIALVTGSAWGKPMWGTWWVWDARLTSELVLLFLYVGVIALWHAFDDRRLAGRAAGILVLIGVVNLPIIHYSVEWWNTLHQGSTRMQQSIDPAMRSPLRWSIFGFLLLSATLTLMRMRNLILLMEKRRPWVSELILKRGRK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Heme exporter protein D
分子量 formula_weight	7753.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTPAFASWNEFFAMGGYAFFVWLAVVMTVIPLVVLVVHSVMQHRAILRGVAQQRAREARLRAAQQQEAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142289

Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli in complex with ANP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heme exporter protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heme exporter protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heme exporter protein D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7f03__assembly_1__model_1

7f03__assembly_1__model_1 | I(q)

7f03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)