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7f3v

Crystal structure of YfiH with C107A mutation in complex with endogenous UDP-MurNAc

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Purine nucleoside phosphorylase YfiH

Escherichia coli

UniProt P33644

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;(2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid ; × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;(2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid ; × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;(2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid ; × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;(2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid ; × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1z9t 7f3v 7f3v 7f3v 7f3v 7w1g 7w1g 7w1g 7w1g

共 9 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PURNU_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 B； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 C； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 D； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7f3v
沉积日期 deposition_date2021-06-17
结构标题 titleCrystal structure of YfiH with C107A mutation in complex with endogenous UDP-MurNAc
关键词 keywordshydrolase, DUF152, amidase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7f3v__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7f3v__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7f3v__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）18.07 Å
Rg（电子密度）16.98 Å
总 Rg17.90 Å
原子数1885
残基数241
排除体积33183 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7f3v__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 7f3v__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 7f3v__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 7f3v__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 引用文献 (2)