SAXSdb — 7fbi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein B

Epstein-Barr virus (strain GD1)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–674	未记录	3A3 heavy chain × 1 3A3 light chain × 1 3A5 light chain × 1 3A5 heavy chain × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7FBI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8YY6 Structure of a murine monoclonal antibody Fab5 targeting Epstein-Barr virus gB 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 23–683（661 aa）链 B 23–683（661 aa）链 C 23–683（661 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9YKA Cryo-EM structure of post-fusion EBV gB in complex with AMMO2 fab 提交 2025-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–688（688 aa）链 B 1–688（688 aa）链 C 1–688（688 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R4R670_EBVG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–653； UniProt 22–674

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7fbi
沉积日期 deposition_date	2021-07-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5
关键词 keywords	EBV, Glycoprotein B, Neutralizing antibody, Cryo-EM, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.75 Å
零角强度 I(0) i0	182600000.00
分子量 molecular_weight	110580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137780 Å³
包络体积 envelope_volume	259790 Å³
水化壳体积 shell_volume	39360 Å³
包络直径 envelope_diameter	196.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.73 Å
包络 Rg envelope_rg	58.51 Å
形状 Rg shape_rg	61.71 Å
总 Rg total_rg	61.54 Å
总原子数 total_atoms	7777
残基数 n_residues	1005
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.4 Å
Rg (实空间) rg_real	61.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6722
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.331
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.063
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7143000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.477; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.304; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3A3 heavy chain
分子量 formula_weight	11744.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7777

QSVKESGGRLVTPGTPLTLTCTVSGFSLSSYAMSWVRQAPGKGLEYIGVIYASGSTYYASWAKGRFTISRTATTVDLKITSPTTEDTATYFCGRGVSTNMWGPGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	3A3 light chain
分子量 formula_weight	11572.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DLVMTQTPSSVSAAVGGTVTIKCQASQSLGGGLAWYQQKPGQRPKLLIYSASTLESGVPSRFRGSGSGTEFTLTISDLECADAATYYCQSAYGPTSNGLFNAFGGGTKVVIK

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein B
分子量 formula_weight	73456.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

AQTPEQPAPPATTVQPTATRQQTSFPFRVCELSSHGDLFRFSSDIQCPSFGTRENHTEGLLMVFKDNIIPYSFKVRSYTKIVTNILIYNGHRADSVTNRHEEKFSVESYETDQMDTIYQCYNAVKMTKDGLTRVYVDRDGVNITVNLKPTGGLANGVRRYASQTELYDAPGRVEATYRTRTTVNCLITDMMAKSNSPFDFFVTTTGQTVEMSPFYDGKNTETFHERADSFHVRTNYKIVDYDNRGTNPQGERRAFLDKGTYTLSWKLENRTAYCPLQHWQTFDSTIATETGKSIHFVTDEGTSSFVTNTTVGIELPDAFKCIEEQVNKTMHEKYEAVQDRYTKGQEAITYFITSGGLLLAWLPLTPRSLATVKNLTELTTPTSSPPSSPSPPAPPAARGSTSAAVLRRRRRNAGNATTPVPPAAPGKSLGTLNNPATVQIQFAYDSLRRQINRMLGDLARAWCLEQKRQNMVLRELTKINPTTVMSSIYGKAVAAKRLGDVISVSQCVPVNQATVTLRKSMRVPGSETMCYSRPLVSFSFINDTKTYEGQLGTDNEIFLTKKMTEVCQATSQYYFQSGNEIHVYNDYHHFKTIELDGIATLQTFISLNTSLIENIDFASLELYSRDEQRASNVFDLEGIFREYNFQAQNIAGL

来源 Source

来源生物 organism	Epstein-Barr virus (strain GD1)
通用名 common_name	HHV-4, Human herpesvirus 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10376
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	3A5 light chain
分子量 formula_weight	11673.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

ALVMTQTPSSVSEPVGGTVTIKCQASQSISSYLAWYQRKPGQRPKLLIYGTSTLASGVPSRFIGSGSGTDYTLTISDLECDDAATYYCQQGFSTSNVYNSFGGGTKVDIK

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	3A5 heavy chain
分子量 formula_weight	12513.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QSVKESGGRLVTPGTPLTLTCTVSGFSLSSYEMGWVRQAPGEGLEWIGTISTGGSSYYASWAKGRFTISRTSTTVDLKMTSLTTADTATYFCARGYGGYGIGAGYFNIWGPGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7fbiH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7fbiL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	367966

fit	/app/data/saxs_computation/fb/7fbi/7fbi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fb/7fbi/7fbi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fb/7fbi/7fbi.dat

Cryo-EM structure of EBV gB in complex with nAbs 3A3 and 3A5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)