7fix

Cryo-EM structure of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAA_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A1； PDB构建体 1–755； UniProt 1–755 作者链 A2； PDB构建体 1–755； UniProt 1–755 作者链 A3； PDB构建体 1–755； UniProt 1–755

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

物种未注明

UniProt P0A407

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAB_THEEB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B1； PDB构建体 1–741； UniProt 1–741 作者链 B2； PDB构建体 1–741； UniProt 1–741 作者链 B3； PDB构建体 1–741； UniProt 1–741

Photosystem I iron-sulfur center

物种未注明

UniProt P0A415

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAC_THEEB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C1； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81 作者链 C2； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81 作者链 C3； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Photosystem I reaction center subunit II

物种未注明

UniProt P0A420

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAD_THEEB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D1； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 D2； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 D3； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

Photosystem I reaction center subunit IV

物种未注明

UniProt P0A423

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAE_THEEB
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E1； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E2； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E3； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Photosystem I reaction center subunit III

Thermosynechococcus vestitus BP-1

UniProt P0A401

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAF_THEEB
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F1； PDB构建体 11–174； UniProt 1–164 作者链 F2； PDB构建体 11–174； UniProt 1–164 作者链 F3； PDB构建体 11–174； UniProt 1–164

Photosystem I reaction center subunit VIII

物种未注明

UniProt P0A427

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAI_THEEB
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I1； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 I2； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38 作者链 I3； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38

Photosystem I reaction center subunit IX

物种未注明

UniProt P0A429

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAJ_THEEB
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 J1； PDB构建体 1–41； UniProt 1–41 作者链 J2； PDB构建体 1–41； UniProt 1–41 作者链 J3； PDB构建体 1–41； UniProt 1–41

Photosystem I reaction center subunit PsaK

物种未注明

UniProt P0A425

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAK_THEEB
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K1； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83 作者链 K2； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83 作者链 K3； PDB构建体 1–83； UniProt 1–83

Photosystem I reaction center subunit XI

物种未注明

UniProt Q8DGB4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSAL_THEEB
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L1； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 L2； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 L3； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

Photosystem I reaction center subunit XII

物种未注明

UniProt P0A403

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAM_THEEB
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M1； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 M2； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31 作者链 M3； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

Ferredoxin-1

Thermosynechococcus vestitus BP-1

UniProt P0A3C9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Photosystem I 4.8K protein × 3 （Q8DKP6） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	FER_THEEB
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 R1； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 R2； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 R3； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

Photosystem I 4.8K protein

Thermosynechococcus vestitus BP-1

UniProt Q8DKP6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 39	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 3 （P0A405） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 3 （P0A407） Photosystem I iron-sulfur center × 3 （P0A415） Photosystem I reaction center subunit II × 3 （P0A420） Photosystem I reaction center subunit IV × 3 （P0A423） Photosystem I reaction center subunit III × 3 （P0A401） Photosystem I reaction center subunit VIII × 3 （P0A427） Photosystem I reaction center subunit IX × 3 （P0A429） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 3 （P0A425） Photosystem I reaction center subunit XI × 3 （Q8DGB4） Photosystem I reaction center subunit XII × 3 （P0A403） Ferredoxin-1 × 3 （P0A3C9） CHLOROPHYLL A ISOMER × 3 CHLOROPHYLL A × 285 PHYLLOQUINONE × 6 IRON/SULFUR CLUSTER × 9 BETA-CAROTENE × 72 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 UNKNOWN LIGAND × 51 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 CALCIUM ION × 3 [2Ga-2S] cluster × 3 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8DKP6_THEEB
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 X1； PDB构建体 1–39； UniProt 1–39 作者链 X2； PDB构建体 1–39； UniProt 1–39 作者链 X3； PDB构建体 1–39； UniProt 1–39

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7fix
沉积日期 deposition_date	2021-08-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6
关键词 keywords	Photosystem I, Ferredoxin, Cytochrome c6, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7fix__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7fix__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7fix__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.40 Å
Rg（电子密度）	68.31 Å
总 Rg	68.44 Å
原子数	73581
残基数	7137
排除体积	1358700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7fix__assembly_1__model_1`	39-meric （39）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (24)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83267.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A1,A2,A3
原子数 atom_count	73929

MTISPPEREPKVRVVVDNDPVPTSFEKWAKPGHFDRTLARGPQTTTWIWNLHALAHDFDTHTSDLEDISRKIFSAHFGHLAVVFIWLSGMYFHGAKFSNYEAWLADPTGIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFQLWRASGITNEFQLYCTAIGGLVMAGLMLFAGWFHYHKRAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLAWAGHQIHVSLPINKLLDAGVAAKDIPLPHEFILNPSLMAELYPKVDWGFFSGVIPFFTFNWAAYSDFLTFNGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSLKEILEAHKGPFTGAGHKGLYEVLTTSWHAQLAINLAMMGSLSIIVAQHMYAMPPYPYLATDYPTQLSLFTHHMWIGGFLVVGGAAHGAIFMVRDYDPAMNQNNVLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYVHNDTMRAFGRPQDMFSDTGIQLQPVFAQWVQNLHTLAPGGTAPNAAATASVAFGGDVVAVGGKVAMMPIVLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNCISVVIFHFSWKMQSDVWGTVAPDGTVSHITGGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIGSYGSALSAYGLLFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIATTWAFFLARIISVG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	83123.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B1,B2,B3

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYAIAMAHDFESHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAIIFLWVSGSLFHVAWQGNFEQWVQDPVNTRPIAHAIWDPQFGKAAVDAFTQAGASNPVDIAYSGVYHWWYTIGMRTNGDLYQGAIFLLILASLALFAGWLHLQPKFRPSLSWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLIHVAIPESRGQHVGWDNFLSTMPHPAGLAPFFTGNWGVYAQNPDTASHVFGTAQGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDMAHHHLAIAVLFIVAGHMYRTQFGIGHSIKEMMDAKDFFGTKVEGPFNMPHQGIYETYNNSLHFQLGWHLACLGVITSLVAQHMYSLPPYAFIAQDHTTMAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFLVRDYDPAQNKGNVLDRVLQHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQFIQAAHGKLLYGFDTLLSNPDSIASTAWPNYGNVWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYAFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWVTFYWHWKHLGVWEGNVAQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGTNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYILTYAAFLIASTAAKFG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8809.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C1,C2,C3

MAHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKAGQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15389.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D1,D2,D3

MTTLTGQPPLYGGSTGGLLSAADTEEKYAITWTSPKEQVFEMPTAGAAVMREGENLVYFARKEQCLALAAQQLRPRKINDYKIYRIFPDGETVLIHPKDGVFPEKVNKGREAVNSVPRSIGQNPNPSQLKFTGKKPYDP

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	8399.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E1,E2,E3

MVQRGSKVKILRPESYWYNEVGTVASVDQTPGVKYPVIVRFDKVNYTGYSGSASGVNTNNFALHEVQEVAPPKKGK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	19098.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F1,F2,F3

HHHHHHHHHHMRRFLALLLVLTLWLGFTPLASADVAGLVPCKDSPAFQKRAAAAVNTTADPASGQKRFERYSQALCGEDGLPHLVVDGRLSRAGDFLIPSVLFLYIAGWIGWVGRAYLIAVRNSGEANEKEIIIDVPLAIKCMLTGFAWPLAALKELASGELTAKDNEITVSPR

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus vestitus BP-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Thermosynechococcus vestitus BP-1

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4297.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I1,I2,I3

MMGSYAASFLPWIFIPVVCWLMPTVVMGLLFLYIEGEA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4770.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J1,J2,J3

MKHFLTYLSTAPVLAAIWMTITAGILIEFNRFYPDLLFHPL

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK
分子量 formula_weight	8484.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K1,K2,K3

MVLATLPDTTWTPSVGLVVILCNLFAIALGRYAIQSRGKGPGLPIALPALFEGFGLPELLATTSFGHLLAAGVVSGLQYAGAL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16261.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L1,L2,L3

MAEELVKPYNGDPFVGHLSTPISDSGLVKTFIGNLPAYRQGLSPILRGLEVGMAHGYFLIGPWVKLGPLRDSDVANLGGLISGIALILVATACLAAYGLVSFQKGGSSSDPLKTSEGWSQFTAGFFVGAMGSAFVAFFLLENFSVVDGIMTGLFN

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3426.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M1,M2,M3

MALTDTQVYVALVIALLPAVLAFRLSTELYK

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Ferredoxin-1
分子量 formula_weight	10854.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R1,R2,R3

MATYKVTLVRPDGSETTIDVPEDEYILDVAEEQGLDLPFSCRAGACSTCAGKLLEGEVDQSDQSFLDDDQIEKGFVLTCVAYPRSDCKILTNQEEELY

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus vestitus BP-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem I 4.8K protein
分子量 formula_weight	4424.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X1,X2,X3

MSTMATKSAKPTYAFRTFWAVLLLAINFLVAAYYFGILK

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus vestitus BP-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Thermosynechococcus vestitus BP-1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	285

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	72

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	51

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	[2Ga-2S] cluster
分子量 formula_weight	203.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 24 Entity 24 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	348

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.97 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	207142

Cryo-EM structure of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I iron-sulfur center

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit PsaK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体