7fsj

SDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z57744712

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntenin-1

Homo sapiens

UniProt O00560

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 106–298 未记录 YEB N,N-dimethylmorpholine-4-sulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;100 mM Morpheus amino acids, 100 mM Morpheus buffer system 1, 43% Morpheus precipitant mix 3 分辨率 1.97 Å R-free 0.260
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 106–298 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DGL D-GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;100 mM Morpheus amino acids, 100 mM Morpheus buffer system 1, 43% Morpheus precipitant mix 3 分辨率 1.97 Å R-free 0.260
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 106–298 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;100 mM Morpheus amino acids, 100 mM Morpheus buffer system 1, 43% Morpheus precipitant mix 3 分辨率 1.97 Å R-free 0.260
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 106–298 未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DGL D-GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 ALA ALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;100 mM Morpheus amino acids, 100 mM Morpheus buffer system 1, 43% Morpheus precipitant mix 3 分辨率 1.97 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、183 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDCB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–195; UniProt 106–298 作者链 B; PDB构建体 3–195; UniProt 106–298 作者链 C; PDB构建体 3–195; UniProt 106–298 作者链 D; PDB构建体 3–195; UniProt 106–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7fsj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7fsj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7fsj
沉积日期 deposition_date2023-01-24
结构标题 titleSDCBP PanDDA analysis group deposition -- The PDZ domans of SDCBP in complex with Z57744712
关键词 keywordsDiamond I04-1 fragment screening, PanDDA, XChemExplorer, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.34
零角强度 I(0) i0114832000.00
分子量 molecular_weight85861.0 kDa
排除体积 excluded_volume107800 ų
包络体积 envelope_volume149380 ų
水化壳体积 shell_volume35662 ų
包络直径 envelope_diameter122.4
壳层 Rg shell_rg41.48
包络 Rg envelope_rg34.44
形状 Rg shape_rg35.34
总 Rg total_rg35.78
总原子数 total_atoms6003
残基数 n_residues768
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.2
Rg (实空间) rg_real35.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01
I(0) (实空间) i0_real1.1480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8867
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.3
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.801
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18770000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.897

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7fsjA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id7fsjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)