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7fvt

Crystal Structure of S. aureus gyrase in complex with 6-[5-[2-[(4-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)methylamino]ethyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl]-4H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3-one

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A Chimera

Staphylococcus aureus subsp. aureus N315

UniProt P66937

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 ;DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 3 CHLORIDE ION × 3 ;6-{(5R)-5-[2-({[(2R)-4-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl]methyl}amino)ethyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl}-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one ; × 1 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2xco 2xcq 2xcr 2xcr 2xcs 2xct 2xct 4bul 5cdm 5cdn 5cdn 5cdo

共 38 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GYRB_STAAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–202； UniProt 410–644 作者链 B； PDB构建体 2–202； UniProt 410–644

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A Chimera

Staphylococcus aureus subsp. aureus N315

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 ;DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 3 CHLORIDE ION × 3 ;6-{(5R)-5-[2-({[(2R)-4-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl]methyl}amino)ethyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl}-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3(4H)-one ; × 1 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2xco 2xcq 2xcr 2xcr 2xcs 2xct 2xct 4bul 5cdm 5cdn 5cdn 5cdo

共 41 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GYRA_STAAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491 作者链 B； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7fvt
沉积日期 deposition_date2023-04-18
结构标题 titleCrystal Structure of S. aureus gyrase in complex with 6-[5-[2-[(4-chloro-2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)methylamino]ethyl]-2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl]-4H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazin-3-one
关键词 keywordsDNA GYRASE, TOPOISOMERASE;, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7fvt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7fvt__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7fvt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）36.95 Å
Rg（电子密度）36.75 Å
总 Rg37.12 Å
原子数11465
残基数1381
排除体积201040 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7fvt__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7fvtA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id7fvtB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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7. 引用文献 (1)