7ias

Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS102659 from ECBL-96

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NS2B co-factor

Zika virus

UniProt A0A142IX72

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1411–1462 链 B; UniProt 1498–1673 突变:C143S 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 分辨率 1.54 Å R-free 0.210
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1411–1462 链 D; UniProt 1498–1673 突变:C143S A1CD0 5-methylfuran-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, 24 % (w/v) PEG 2000 分辨率 1.54 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A142IX72_ZIKV
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–53; UniProt 1411–1462 作者链 C; PDB构建体 2–53; UniProt 1411–1462 作者链 B; PDB构建体 1–176; UniProt 1498–1673 作者链 D; PDB构建体 1–176; UniProt 1498–1673

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ias

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ias
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ias
沉积日期 deposition_date2025-05-21
结构标题 titleCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease in complex with fragment EOS102659 from ECBL-96
关键词 keywordscrystallographic fragment screening, NS2B-NS3 Zika protease, ECBL-96 fragment library, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.65
零角强度 I(0) i029943900.00
分子量 molecular_weight41736.0 kDa
排除体积 excluded_volume52120 ų
包络体积 envelope_volume64009 ų
水化壳体积 shell_volume23558 ų
包络直径 envelope_diameter80.2
壳层 Rg shell_rg29.36
包络 Rg envelope_rg22.90
形状 Rg shape_rg22.65
总 Rg total_rg23.49
总原子数 total_atoms5819
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.3
Rg (实空间) rg_real23.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real2.9940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29940000.0000
解质量估计 total_estimate0.7602
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3
偏度 Skewness skewness0.292
峰度 Kurtosis kurtosis-0.436
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10250000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)