SAXSdb — 7jgd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Erythrocyte membrane protein 1

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–2649	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7JGD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Y8D STRUCTURE OF DBL6 EPSILON DOMAIN FROM VAR2CSA STRAIN FCR3 提交 2011-02-04	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2326–2631（306 aa）片段：DBL6 EPSILON, RESIDUES 2326-2631	未记录	DHL 2-AMINO-ETHANETHIOL × 2 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；30% PEG 4000, 0.1M NA ACETATE, PH 4.8, 0.1M MGCL2, 2.6% BENZAMIDINE, 10MG/ML PROTEIN IN 0.02M TRIS PH 8, 0.14M NACL, 0.045M CYSTAMINE; VAPOUR DIFFUSION	分辨率 1.84 Å R-free 0.235
3BQI Structure of a chondroitin sulphate binding DBL3X from a var2csa encoded PfEMP1 protein 提交 2007-12-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1218–1577（360 aa）片段：DBL3X domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
3BQK Structure of a chondroitin sulphate binding DBL3X from a var2csa encoded PfEMP1 protein in complex with sulphate 提交 2007-12-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1218–1577（360 aa）片段：DBL3X domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 4K, 20mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.286
3BQL Structure of a chondroitin sulphate binding DBL3X domain from a var2csa encoded PfEMP1 protein 提交 2007-12-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1218–1577（360 aa）片段：DBL3X domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% PEG 4K, 20mM HEPES pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
3CML Crystal Structure of the DBL3x domain of the Plasmodium falcipurum VAR2CSA protein 提交 2008-03-23	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1220–1580（361 aa）片段：DBL3x domain (UNP residues 1220-1580)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
3CPZ Crystal structure of VAR2CSA DBL3x domain in the presence of dodecasaccharide of CSA 提交 2008-04-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1220–1580（361 aa）片段：DBL3x domain (UNP residues 1220-1580)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.1M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.353
4P1T Crystal structure of the DBL3X-DBL4epsilon double domain from the extracellular part of VAR2CSA PfEMP1 from Plasmodium falciparum 提交 2014-02-27	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1215–1950（736 aa）片段：DBL3X-DBL4epsilon double domain (UNP residues 1215-1950)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；18% PEG 3000, 100 mM Bis-Tris buffer, 300 mM sodium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.276
7B52 VAR2CSA full ectodomain 提交 2020-12-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2649（2649 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris pH 7.5, 125mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Added 1mM FF8 as additive just before freezing	分辨率 3.80 Å
7B54 VAR2CSA full ectodomain in present of plCS, DBL1-DBL4 提交 2020-12-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 500–1985（1486 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris pH 7.5 and 75mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7JGE Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 4 A 提交 2020-07-19	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2649（2649 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7JGF Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 domains DBL5 and DBL6 at 4.69 A 提交 2020-07-19	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2649（2649 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.69 Å
7NNH Cryo-EM structure of VAR2CSA FCR3 domain DBL5/6 提交 2021-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–2649（2649 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris pH 7.5 and 75mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 M 1–2628（2628 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6UDW7_PLAFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–2651； UniProt 1–2649

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7jgd
沉积日期 deposition_date	2020-07-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 3.4 A
关键词 keywords	Placental malaria, VAR2CSA, Duffy binding domain, CSA, PfEMP1, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.26 Å
零角强度 I(0) i0	442249000.00
分子量 molecular_weight	167900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208450 Å³
包络体积 envelope_volume	304440 Å³
水化壳体积 shell_volume	62043 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.96 Å
包络 Rg envelope_rg	41.12 Å
形状 Rg shape_rg	41.22 Å
总 Rg total_rg	41.64 Å
总原子数 total_atoms	20292
残基数 n_residues	1435
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	442200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6515
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.205
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.842

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Erythrocyte membrane protein 1
分子量 formula_weight	308823.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	20292

TGMDSTSTIANKIEEYLGAKSDDSKIDELLKADPSEVEYYRSGGDGDYLKNNICKITVNHSDSGKYDPCEKKLPPYDDNDQWKCQQNSSDGSGKPENICVPPRRERLCTYNLENLKFDKIRDNNAFLADVLLTARNEGEKIVQNHPDTNSSNVCNALERSFADLADIIRGTDQWKGTNSNLEKNLKQMFAKIRENDKVLQDKYPKDQKYTKLREAWWNANRQKVWEVITCGARSNDLLIKRGWRTSGKSDRKKNFELCRKCGHYEKEVPTKLDYVPQFLRWLTEWIEDFYREKQNLIDDMERHREECTREDHKSKEGTSYCSTCKDKCKKYCECVKKWKTEWENQENKYKDLYEQNKNKTSQKNTSRYDDYVKDFFEKLEANYSSLENYIKGDPYFAEYATKLSFILNPSDANNPSGETANHNDEACNCNESGISSVGQAQTSGPSSNKTCITHSSIKTNKKKECKDVKLGVRENDKDLKICVIEDTSLSGVDNCCCQDLLGILQENCSDNKRGSSSNDSCDNKNQDECQKKLEKVFASLTNGYKCDKCKSGTSRSKKKWIWKKSSGNEEGLQEEYANTIGLPPRTQSLYLGNLPKLENVCEDVKDINFDTKEKFLAGCLIVSFHEGKNLKKRYPQNKNSGNKENLCKALEYSFADYGDLIKGTSIWDNEYTKDLELNLQNNFGKLFGKYIKKNNTAEQDTSYSSLDELRESWWNTNKKYIWTAMKHGAEMNITTCNADGSVTGSGSSCDDIPTIDLIPQYLRFLQEWVENFCEQRQAKVKDVITNCKSCKESGNKCKTECKTKCKDECEKYKKFIEACGTAGGGIGTAGSPWSKRWDQIYKRYSKHIEDAKRNRKAGTKNCGTSSTTNAAASTDENKCVQSDIDSFFKHLIDIGLTTPSSYLSNVLDDNICGADKAPWTTYTTYTTTEKCNKERDKSKSQSSDTLVVVNVPSPLGNTPYRYKYACQCKIPTNEETCDDRKEYMNQWSCGSARTMKRGYKNDNYELCKYNGVDVKPTTVRSNSSKLDGNDVTFFNLFEQWNKEIQYQIEQYMTNANISCIDEKEVLDSVSDEGTPKVRGGYEDGRNNNTDQGTNCKEKCKCYKLWIEKINDQWGKQKDNYNKFRSKQIYDANKGSQNKKVVSLSNFLFFSCWEEYIQKYFNGDWSKIKNIGSDTFEFLIKKCGNNSAHGEEIFNEKLKNAEKKCKENESTDTNINKSETSCDLNATNYIRGCQSKTYDGKIFPGKGGEKQWICKDTIIHGDTNGACIPPRTQNLCVGELWDKSYGGRSNIKNDTKELLKEKIKNAIHKETELLYEYHDTGTAIISKNDKKGQKGKNDPNGLPKGFCHAVQRSFIDYKNMILGTSVNIYEHIGKLQEDIKKIIEKGTPQQKDKIGGVGSSTENVNAWWKGIEREMWDAVRCAITKINKKNNNSIFNGDECGVSPPTGNDEDQSVSWFKEWGEQFCIERLRYEQNIREACTINGKNEKKCINSKSGQGDKIQGACKRKCEKYKKYISEKKQEWDKQKTKYENKYVGKSASDLLKENYPECISANFDFIFNDNIEYKTYYPYGDYSSICSCEQVKYYKYNNAEKKNNKSLCYEKDNDMTWSKKYIKKLENGRSLEGVYVPPRRQQLCLYELFPIIIKNEEGMEKAKEELLETLQIVAEREAYYLWKQYNPTGKGIDDANKKACCAIRGSFYDLEDIIKGNDLVHDEYTKYIDSKLNEIFGSSDTNDIDTKRARTDWWENETITNGTDRKTIRQLVWDAMQSGVRYAVEEKNENFPLCMGVEHIGIAKPQFIRWLEEWTNEFCEKYTKYFEDMKSKCDPPKRADTCGDNSNIECKKACANYTNWLNPKRIEWNGMSNYYNKIYRKSNKESEGGKDYSMIMAPTVIDYLNKRCHGEINGNYICCSCKNIGAYNTTSGTVNKKLQKKETECEEEKGPLDLMNEVLNKMDKKYSAHKMKCTEVYLEHVEEQLNEIDNAIKDYKLYPLDRCFDDQTKMKVCDLIADAIGCKDKTKLDELDEWNDMDLRGTYNKHKGVLIPPRRRQLCFSRIVRGPANLRSLNEFKEEILKGAQSEGKFLGNYYKEHKDKEKALEAMKNSFYDYEDIIKGTDMLTNIEFKDIKIKLDRLLEKETNNTKKAEDWWKTNKKSIWNAMLCGYKKSGNKIIDPSWCTIPTTETPPQFLRWIKEWGTNVCIQKQEHKEYVKSKCSNVTNLGAQASESNNCTSEIKKYQEWSRKRSIRWETISKRYKKYKRMDILKDVKEPDANTYLREHCSKCPCGFNDMEEMNNNEDNEKEAFKQIKEQVKIPAELEDVIYRIKHHEYDKGNDYICNKYKNIHDRMKKNNGNFVTDNFVKKSWEISNGVLIPPRRKNLFLYIDPSKICEYKKDPKLFKDFIYWSAFTEVERLKKAYGGARAKVVHAMKYSFTDIGSIIKGDDMMEKNSSDKIGKILGDTDGQNEKRKKWWDMNKYHIWESMLCGYREAEGDTETNENCRFPDIESVPQFLRWFQEWSENFCDRRQKLYDKLNSECISAECTNGSVDNSKCTHACVNYKNYILTKKTEYEIQTNKYDNEFKNKNSNDKDAPDYLKEKCNDNKCECLNKHIDDKNKTWKNPYETLEDTFKSKCDCPKPLPSPIKPDDLPPQADEPFGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7jgdA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Duffy-antigen binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.38 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	319520

fit	/app/data/saxs_computation/jg/7jgd/7jgd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jg/7jgd/7jgd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jg/7jgd/7jgd.dat

Cryo-EM structure of P. falciparum VAR2CSA FCR3 core at 3.4 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Erythrocyte membrane protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D