7jpn

Cryo-EM structure of Arpin-bound Arp2/3 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 135.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 3

物种未注明

UniProt P61157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–415 未记录 Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP3_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–413; UniProt 3–415

Actin-related protein 2

物种未注明

UniProt A7MB62

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 4–380 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARP2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–377; UniProt 4–380

Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B

物种未注明

UniProt Q58CQ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–372 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARC1B_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–372; UniProt 1–372

Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

物种未注明

UniProt Q3MHR7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–300 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–300; UniProt 1–300

Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

物种未注明

UniProt Q3T035

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–178 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC3_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–178; UniProt 1–178

Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

物种未注明

UniProt Q148J6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–168 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ARPC4_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–168; UniProt 1–168

Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

物种未注明

UniProt G3MXC8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 9–151 未记录 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Arpin × 1 (Q7Z6K5) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 G3MXC8_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–143; UniProt 9–151

Arpin

Homo sapiens

UniProt Q7Z6K5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 193–226 片段:UNP residues 193-226 Actin-related protein 3 × 1 (P61157) Actin-related protein 2 × 1 (A7MB62) Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B × 1 (Q58CQ2) Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 (Q3MHR7) Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 (Q3T035) Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 (Q148J6) Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 (G3MXC8) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Grids were manually blotted for 3 seconds with Whatman 41 filter paper and manually plunged using a Leica EM CPC manual plunger. 分辨率 3.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 ARPIN_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–34; UniProt 193–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7jpn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7jpn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7jpn
沉积日期 deposition_date2020-08-09
结构标题 titleCryo-EM structure of Arpin-bound Arp2/3 complex
关键词 keywords;actin, ATPase, actin related protein, arp, cytoskeleton, Arp2-3 complex, actin nucleation, actin branching, CONTRACTILE PROTEIN, Arpin ;; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.31
零角强度 I(0) i0663203000.00
分子量 molecular_weight213730.0 kDa
排除体积 excluded_volume267850 ų
包络体积 envelope_volume355890 ų
水化壳体积 shell_volume66965 ų
包络直径 envelope_diameter144.4
壳层 Rg shell_rg49.54
包络 Rg envelope_rg42.99
形状 Rg shape_rg43.31
总 Rg total_rg43.57
总原子数 total_atoms15040
残基数 n_residues1885
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.2
Rg (实空间) rg_real44.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real6.5210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal663300000.0000
解质量估计 total_estimate0.7109
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.3
偏度 Skewness skewness0.208
峰度 Kurtosis kurtosis-0.597
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha2.2730
最高正则化参数 α highest_alpha104600000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 0.911; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.584

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7jpnA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id7jpnC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)