SAXSdb — 7juu

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinase suppressor of Ras 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 634–950	未记录	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 × 1 （P29678） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 4BM N-{[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}-3,4-difluoro-2-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.19 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7JUU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Y4I KSR2-MEK1 heterodimer 提交 2011-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 634-950	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；293 K；12% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NA CITRATE, 10 MM PR ACETATE, BIS-TRIS PROPANE PH 6.25.	分辨率 3.46 Å R-free 0.293
5KKR KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79 提交 2016-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	6U7 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；12% PEG-3350 100mM Bis-Tris 200mM Sodium Citrate 10mM Magnesium Acetate	分辨率 3.51 Å R-free 0.287
5KKR KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79 提交 2016-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	6U7 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；12% PEG-3350 100mM Bis-Tris 200mM Sodium Citrate 10mM Magnesium Acetate	分辨率 3.51 Å R-free 0.287
7JUQ Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with ADP 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.22 Å R-free 0.288
7JUR Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Trametinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 QOM Trametinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG-3350, 100 mM MES pH 6.25, 200 mM Magnesium Acetate	分辨率 2.82 Å R-free 0.277
7JUS Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Cobimetinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VKD Cobimetinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 2.99 Å R-free 0.265
7JUT Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with ANP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Selumetinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 3EW 5-[(4-bromo-2-chlorophenyl)amino]-4-fluoro-N-(2-hydroxyethoxy)-1-methyl-1H-benzimidazole-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.09 Å R-free 0.300
7JUV Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor APS-9-95-1 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VKG N-(3-{3-cyclopropyl-5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-6,8-dimethyl-2,4,7-trioxo-3,4,6,7-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-1(2H)-yl}phenyl)-N'-methylsulfuric diamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.36 Å R-free 0.255
7UMB NanoBRET tracer Tram-bo bound to a KSR2-MEK1 complex 提交 2022-04-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 634–950（317 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 U9F {3-[(1M,2M)-2-{[(1S,2P)-1H,1'H-[2,2'-bipyrrol]-5-yl-kappaN~1~]methylidene}-2H-pyrrol-5-yl-kappaN]-N-(2-{2-[3-({(3M)-3-[(4aM)-3-cyclopropyl-5-(2-fluoro-4-iodoanilino)-6,8-dimethyl-2,4,7-trioxo-3,4,6,7-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-1(2H)-yl]phenyl}amino)-3-oxopropoxy]ethoxy}ethyl)propanamidato}(difluorido)boron × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.23 Å R-free 0.268

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KSR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 26–342； UniProt 634–950

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

Oryctolagus cuniculus

UniProt P29678

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 35–393	未记录	Kinase suppressor of Ras 2 × 1 （Q6VAB6） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 4BM N-{[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}-3,4-difluoro-2-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.19 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7JUU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Y4I KSR2-MEK1 heterodimer 提交 2011-01-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–393（393 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.25；293 K；12% (W/V) PEG 3350, 0.2 M NA CITRATE, 10 MM PR ACETATE, BIS-TRIS PROPANE PH 6.25.	分辨率 3.46 Å R-free 0.293
5KKR KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79 提交 2016-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–393（393 aa）	未记录	6U7 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；12% PEG-3350 100mM Bis-Tris 200mM Sodium Citrate 10mM Magnesium Acetate	分辨率 3.51 Å R-free 0.287
5KKR KSR2:MEK1 Complex Bound to the Small Molecule APS-2-79 提交 2016-06-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–393（393 aa）	未记录	6U7 6,7-dimethoxy-~{N}-(2-methyl-4-phenoxy-phenyl)quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；12% PEG-3350 100mM Bis-Tris 200mM Sodium Citrate 10mM Magnesium Acetate	分辨率 3.51 Å R-free 0.287
7JUQ Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with ADP 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.22 Å R-free 0.288
7JUR Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Trametinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 QOM Trametinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG-3350, 100 mM MES pH 6.25, 200 mM Magnesium Acetate	分辨率 2.82 Å R-free 0.277
7JUS Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Cobimetinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VKD Cobimetinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 2.99 Å R-free 0.265
7JUT Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with ANP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Selumetinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 3EW 5-[(4-bromo-2-chlorophenyl)amino]-4-fluoro-N-(2-hydroxyethoxy)-1-methyl-1H-benzimidazole-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.09 Å R-free 0.300
7JUV Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor APS-9-95-1 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VKG N-(3-{3-cyclopropyl-5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-6,8-dimethyl-2,4,7-trioxo-3,4,6,7-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-1(2H)-yl}phenyl)-N'-methylsulfuric diamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.36 Å R-free 0.255
7JUW Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP 提交 2020-08-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES pH 6.5, Magnesium Acetate	分辨率 2.88 Å R-free 0.286
7JUX Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Trametinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 QOM Trametinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.34 Å R-free 0.283
7JUY Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Cobimetinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 EUI [3,4-BIS(FLUORANYL)-2-[(2-FLUORANYL-4-IODANYL-PHENYL)AMINO]PHENYL]-[3-OXIDANYL-3-[(2S)-PIPERIDIN-2-YL]AZETIDIN-1-YL]METHANONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.10 Å R-free 0.257
7JUZ Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor Selumetinib 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 3EW 5-[(4-bromo-2-chlorophenyl)amino]-4-fluoro-N-(2-hydroxyethoxy)-1-methyl-1H-benzimidazole-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.21 Å R-free 0.272
7JV0 Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor PD0325901 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 4BM N-{[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}-3,4-difluoro-2-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.63 Å R-free 0.260
7JV1 Crystal Structure of KSR1:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor APS-9-95-1 提交 2020-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 35–393（359 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 VKG N-(3-{3-cyclopropyl-5-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-6,8-dimethyl-2,4,7-trioxo-3,4,6,7-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-1(2H)-yl}phenyl)-N'-methylsulfuric diamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 2000, MES, pH 6.5, Magnesium acetate	分辨率 3.62 Å R-free 0.303

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MP2K1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 26–384； UniProt 35–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7juu
沉积日期 deposition_date	2020-08-20
结构标题 title	Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor PD0325901
关键词 keywords	Kinase, Pseudokinase, drug target, cell signaling and cancer, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.29 Å
零角强度 I(0) i0	73871500.00
分子量 molecular_weight	67595.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84836 Å³
包络体积 envelope_volume	106980 Å³
水化壳体积 shell_volume	32791 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.64 Å
包络 Rg envelope_rg	27.19 Å
形状 Rg shape_rg	27.31 Å
总 Rg total_rg	28.02 Å
总原子数 total_atoms	4735
残基数 n_residues	579
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9023
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.963

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinase suppressor of Ras 2
分子量 formula_weight	39748.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4738

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAEMNLSLLSARSFPRKASQTSIFLQEWDIPFEQLEIGELIGKGRFGQVYHGRWHGEVAIRLIDIERDNEDQLKAFKREVMAYRQTRHENVVLFMGACMSPPHLAIITSLCKGRTLYSVVRDAKIVLDVNKTRQIAQEIVKGMGYLHAKGILHKDLKSKNVFYDNGKVVITDFGLFSISGVLQAGRREDKLRIQNGWLCHLAPEIIRQLSPDTEEDKLPFSKHSDVFALGTIWYELHAREWPFKTQPAEAIIWQMGTGMKPNLSQIGMGKEISDILLFCWAFEQEERPTFTKLMDMLEKLPKRNRRLSHPGHFWKSAEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
分子量 formula_weight	43119.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.12.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAKKLEELELDEQQRKRLEAFLTQKQKVGELKDDDFEKISELGAGNGGVVFKVSHKPSGLVMARKLIHLEIKPAIRNQIIRELQVLHECNSPYIVGFYGAFYSDGEISICMEHMDGGSLDQVLKKAGRIPEQILGKVSIAVIKGLTYLREKHKIMHRDVKPSNILVNSRGEIKLCDFGVSGQLIDSMANSFVGTRSYMSPERLQGTHYSVQSDIWSMGLSLVEMAVGRYPIPPPDAKELELMFGCQVEGDAAETPPRPRTPGRPLSSYGMDSRPPMAIFELLDYIVNEPPPKLPSAVFSLEFQDFVNKCLIKNPAERADLKQLMVHAFIKRSDAEEVDFAGWLCSTIGLNQPSTPTHAAGV

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	Rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-{[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}-3,4-difluoro-2-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]benzamide
分子量 formula_weight	482.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d7juub_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7juuc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	140.000 Å
晶胞边长 b length_b	140.000 Å
晶胞边长 c length_c	220.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	30.027 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2576

fit	/app/data/saxs_computation/ju/7juu/7juu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ju/7juu/7juu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ju/7juu/7juu.dat

Crystal Structure of KSR2:MEK1 in complex with AMP-PNP, and allosteric MEK inhibitor PD0325901

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinase suppressor of Ras 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)