7jz2

Succinate: quinone oxidoreductase SQR from E.coli K12

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 3 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit × 3 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit × 3 （I2WBK2） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 SODIUM ION × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 UBIQUINONE-2 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–588； UniProt 1–588 作者链 E； PDB构建体 1–588； UniProt 1–588 作者链 I； PDB构建体 1–588； UniProt 1–588

Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit

物种未注明

UniProt P07014

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 3 （P0AC41） Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit × 3 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit × 3 （I2WBK2） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 SODIUM ION × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 UBIQUINONE-2 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDHB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 F； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 J； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit

物种未注明

UniProt P69054

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 3 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 3 （P07014） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit × 3 （I2WBK2） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 SODIUM ION × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 UBIQUINONE-2 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129 作者链 K； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit

物种未注明

UniProt I2WBK2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 3 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit × 3 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit × 3 （P69054） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 SODIUM ION × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 UBIQUINONE-2 × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I2WBK2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115 作者链 H； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115 作者链 L； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7jz2
沉积日期 deposition_date	2020-09-01
结构标题 title	Succinate: quinone oxidoreductase SQR from E.coli K12
关键词 keywords	Complex, Succinate: quinone oxidoreductase, SdhA, sdhB, SdhC, SdhD, ELECTRON TRANSPORT, ELECTRON TRANSPORT-OXIDOREDUCTASE complex; ELECTRON TRANSPORT/OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7jz2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7jz2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7jz2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.54 Å
Rg（电子密度）	45.17 Å
总 Rg	45.24 Å
原子数	22866
残基数	2871
排除体积	409000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7jz2__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
分子量 formula_weight	64502.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	22866

MKLPVREFDAVVIGAGGAGMRAALQISQSGQTCALLSKVFPTRSHTVSAQGGITVALGNTHEDNWEWHMYDTVKGSDYIGDQDAIEYMCKTGPEAILELEHMGLPFSRLDDGRIYQRPFGGQSKNFGGEQAARTAAAADRTGHALLHTLYQQNLKNHTTIFSEWYALDLVKNQDGAVVGCTALCIETGEVVYFKARATVLATGGAGRIYQSTTNAHINTGDGVGMAIRAGVPVQDMEMWQFHPTGIAGAGVLVTEGCRGEGGYLLNKHGERFMERYAPNAKDLAGRDVVARSIMIEIREGRGCDGPWGPHAKLKLDHLGKEVLESRLPGILELSRTFAHVDPVKEPIPVIPTCHYMMGGIPTKVTGQALTVNEKGEDVVVPGLFAVGEIACVSVHGANRLGGNSLLDLVVFGRAAGLHLQESIAEQGALRDASESDVEASLDRLNRWNNNRNGEDPVAIRKALQECMQHNFSVFREGDAMAKGLEQLKVIRERLKNARLDDTSSEFNTQRVECLELDNLMETAYATAVSANFRTESRGAHSRFDFPDRDDENWLCHSLYLPESESMTRRSVNMEPKLRPAFPPKIRTY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	26800.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

MRLEFSIYRYNPDVDDAPRMQDYTLEADEGRDMMLLDALIQLKEKDPSLSFRRSCREGVCGSDGLNMNGKNGLACITPISALNQPGKKIVIRPLPGLPVIRDLVVDMGQFYAQYEKIKPYLLNNGQNPPAREHLQMPEQREKLDGLYECILCACCSTSCPSFWWNPDKFIGPAGLLAAYRFLIDSRDTETDSRLDGLSDAFSVFRCHSIMNCVSVCPKGLNPTRAIGHIKSMLLQRNA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit
分子量 formula_weight	14313.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

MIRNVKKQRPVNLDLQTIRFPITAIASILHRVSGVITFVAVGILLWLLGTSLSSPEGFEQASAIMGSFFVKFIMWGILTALAYHVVVGIRHMMMDFGYLEETFEAGKRSAKISFVITVVLSLLAGVLVW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit
分子量 formula_weight	12874.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L

MVSNASALGRNGVHDFILVRATAIVLTLYIIYMVGFFATSGELTYEVWIGFFASAFTKVFTLLALFSILIHAWIGMWQVLTDYVKPLALRLMLQLVIVVALVVYVIYGFVVVWGV

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-2
分子量 formula_weight	318.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d7jz2a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d7jz2b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d7jz2d_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d7jz2e1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2e2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d7jz2f2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2g_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d7jz2h_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d7jz2i1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2i2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2j1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d7jz2j2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d7jz2k_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d7jz2l_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

▶

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	38471

Succinate: quinone oxidoreductase SQR from E.coli K12

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7jz2__assembly_1__model_1

7jz2__assembly_1__model_1 | I(q)

7jz2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

7. 引用文献 (1)