7k3d

The structure of NTMT1 in complex with compound DC1-13

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–223	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 VWP N~2~-{(2S)-1-[(naphthalen-1-yl)acetyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbonyl}-L-lysyl-L-argininamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.5 M Ammonium sulfate; 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.259
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–223	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 VWP N~2~-{(2S)-1-[(naphthalen-1-yl)acetyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbonyl}-L-lysyl-L-argininamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.5 M Ammonium sulfate; 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 2.34 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7K3D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EX4 Crystal Structure of Human methyltransferase AD-003 in complex with S-adenosyl-L-homocysteine 提交 2005-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–224（223 aa）链 B 2–224（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；300 K；Purified AD-003 was was complexed with S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) (Sigma) at 1:5 molar ratio of protein:SAH and crystallized using the hanging drop vapor diffusion method at 20 C by mixing 1.5 l of the protein solution with 1.5 l of the reservoir solution containing 18% PEG 3350, 0.2 M KCl, 0.1 M glycine, pH 9.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.75 Å R-free 0.258
5CVD Crystal structure of human NRMT1 in complex with alpha-N-dimethylated human CENP-A peptide 提交 2015-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 28%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.30 Å R-free 0.160
5CVD Crystal structure of human NRMT1 in complex with alpha-N-dimethylated human CENP-A peptide 提交 2015-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 28%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.30 Å R-free 0.160
5CVE Crystal Structure of human NRMT1 in complex with dimethylated fly H2B peptide and SAH 提交 2015-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 24%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
5CVE Crystal Structure of human NRMT1 in complex with dimethylated fly H2B peptide and SAH 提交 2015-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291 K；0.2 M (NH4)Ac, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 24%(w/v) PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
5E1B Crystal structure of NRMT1 in complex with SPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 25	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.65 Å R-free 0.176
5E1B Crystal structure of NRMT1 in complex with SPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 29	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.65 Å R-free 0.176
5E1D NTMT1 in complex with YPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 37	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.45 Å R-free 0.169
5E1D NTMT1 in complex with YPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.45 Å R-free 0.169
5E1M Crystal structure of NTMT1 in complex with PPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 23	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
5E1M Crystal structure of NTMT1 in complex with PPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
5E1O Crystal structure of NTMT1 in complex with RPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 2.00 Å R-free 0.189
5E1O Crystal structure of NTMT1 in complex with RPKRIA peptide 提交 2015-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 2.00 Å R-free 0.189
5E2A Crystal structure of NTMT1 in complex with N-terminally methylated SPKRIA peptide 提交 2015-09-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.75 Å R-free 0.184
5E2A Crystal structure of NTMT1 in complex with N-terminally methylated SPKRIA peptide 提交 2015-09-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.75 Å R-free 0.184
5E2B Crystal structure of NTMT1 in complex with N-terminally methylated PPKRIA peptide 提交 2015-09-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 27	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.95 Å R-free 0.188
5E2B Crystal structure of NTMT1 in complex with N-terminally methylated PPKRIA peptide 提交 2015-09-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 23	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；26% PEG3350, 16% tacsimate	分辨率 1.95 Å R-free 0.188
6DTN The structure of NTMT1 in complex with compound DC100-1 提交 2018-06-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M lithium sulfate; 0.1 M sodium HEPES 7.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.189
6KDQ Crystal structure of human NRMT1 in complex with alpha-N-monomethylated human CENP-A peptide 提交 2019-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.7；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate dehydrate pH 5.7, 31% w/v PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.180
6KDQ Crystal structure of human NRMT1 in complex with alpha-N-monomethylated human CENP-A peptide 提交 2019-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.7；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate dehydrate pH 5.7, 31% w/v PEG 4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.180
6PVA The structure of NTMT1 in complex with compound 11 提交 2019-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M lithium sulfate; 0.1 M sodium HEPES 7.5	分辨率 1.84 Å R-free 0.232
6PVB The structure of NTMT1 in complex with compound 6 提交 2019-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M lithium sulfate, 0.1 M sodium HEPES 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.224
6WH8 The structure of NTMT1 in complex with compound BM-30 提交 2020-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–223（222 aa）链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, and 2% PEG 1000	分辨率 1.73 Å R-free 0.200
6WJ7 The structure of NTMT1 in complex with compound C2A 提交 2020-04-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	AN6 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.8 M Lithium Chloride 0.1 M Tris: HCl, pH 8.5 32 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.42 Å R-free 0.188
7SS1 The structure of NTMT1 in complex with compound GD433 提交 2021-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 AKF (1R,3S,4R)-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl {2-[2-(4-fluoro-3-hydroxyphenyl)-1,3-thiazol-4-yl]propan-2-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CHES: NaOH (pH 9.5), 10% (w/v) PEG 3000	分辨率 2.40 Å R-free 0.299
7SS1 The structure of NTMT1 in complex with compound GD433 提交 2021-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 AKF (1R,3S,4R)-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl {2-[2-(4-fluoro-3-hydroxyphenyl)-1,3-thiazol-4-yl]propan-2-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CHES: NaOH (pH 9.5), 10% (w/v) PEG 3000	分辨率 2.40 Å R-free 0.299
7U1M Crystal structure of NTMT1 in complex with compound YD206 提交 2022-02-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 KYF (1R,3S,4R)-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl {2-[2-(4-fluorophenyl)-1,3-thiazol-4-yl]propan-2-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES:NaOH, pH 9.5 10% (w/v) PEG 3000	分辨率 3.17 Å R-free 0.283
7U1M Crystal structure of NTMT1 in complex with compound YD206 提交 2022-02-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–223（222 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 KYF (1R,3S,4R)-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl {2-[2-(4-fluorophenyl)-1,3-thiazol-4-yl]propan-2-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES:NaOH, pH 9.5 10% (w/v) PEG 3000	分辨率 3.17 Å R-free 0.283

共 17 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTM1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–241； UniProt 2–223 作者链 B； PDB构建体 20–241； UniProt 2–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7k3d
沉积日期 deposition_date	2020-09-11
结构标题 title	The structure of NTMT1 in complex with compound DC1-13
关键词 keywords	methyltransferase, enzyme, inhibitor complex, TRANSFERASE, transferase-transferase inhibitor complex; transferase/transferase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.68 Å
零角强度 I(0) i0	44943500.00
分子量 molecular_weight	51833.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64799 Å³
包络体积 envelope_volume	75879 Å³
水化壳体积 shell_volume	27012 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.92 Å
包络 Rg envelope_rg	23.78 Å
形状 Rg shape_rg	23.68 Å
总 Rg total_rg	24.50 Å
总原子数 total_atoms	3646
残基数 n_residues	442
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8875
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
分子量 formula_weight	27320.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.244
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	3876

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSTSEVIEDEKQFYSKAKTYWKQIPPTVDGMLGGYGHISSIDINSSRKFLQRFLREGPNKTGTSCALDCGAGIGRITKRLLLPLFREVDMVDITEDFLVQAKTYLGEEGKRVRNYFCCGLQDFTPEPDSYDVIWIQWVIGHLTDQHLAEFLRRCKGSLRPNGIIVIKDNMAQEGVILDDVDSSVCRDLDVVRRIICSAGLSLLAEERQENLPDEIYHVYSFALR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N~2~-{(2S)-1-[(naphthalen-1-yl)acetyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carbonyl}-L-lysyl-L-argininamide
分子量 formula_weight	564.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	206

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.860 Å
晶胞边长 b length_b	81.662 Å
晶胞边长 c length_c	84.346 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.340 Å
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