SAXSdb — 7kc4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Wnt-8a

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–351	未记录	Protein wntless homolog × 1 （Q5T9L3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 DR9 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WNT8A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–351； UniProt 1–351

Protein wntless homolog

Homo sapiens

UniProt Q5T9L3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–541	未记录	Protein Wnt-8a × 1 （Q9H1J5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 DR9 1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KC4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7DRT Human Wntless in complex with Wnt3a 提交 2020-12-29	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–541（541 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 LPE 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
8TZO Structure of human Wnt7a bound to WLS and CALR 提交 2023-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–541（541 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8TZP Structure of human Wnt7a bound to WLS and RECK 提交 2023-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–541（541 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
8TZR Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR 提交 2023-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–541（541 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8TZS Structure of human WLS 提交 2023-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–541（541 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
9Z4H Cryo-EM structure of human Wntless in complex with Wnt5a at 1:1 stoichiometry 提交 2025-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–541（541 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.64 Å
9Z4O Cryo-EM structure of human Wntless in its apo state 提交 2025-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–541（541 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.63 Å
9Z67 Cryo-EM structure of human Wntless-Wnt5a 2:2 complex - Composite map 提交 2025-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–541（541 aa）链 D 1–541（541 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.32 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WLS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–541； UniProt 1–541

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kc4
沉积日期 deposition_date	2020-10-05
结构标题 title	Human WLS in complex with WNT8A
关键词 keywords	G-protein coupled receptor, palmitoleation, secretion, embryonic development, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.70 Å
零角强度 I(0) i0	120211000.00
分子量 molecular_weight	92389.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117510 Å³
包络体积 envelope_volume	151760 Å³
水化壳体积 shell_volume	38613 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.5 Å
壳层 Rg shell_rg	38.92 Å
包络 Rg envelope_rg	34.05 Å
形状 Rg shape_rg	33.66 Å
总 Rg total_rg	34.25 Å
总原子数 total_atoms	6477
残基数 n_residues	771
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8504
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.590

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein Wnt-8a
分子量 formula_weight	40052.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	6477

MGNLFMLWAALGICCAAFSASAWSVNNFLITGPKAYLTYTTSVALGAQSGIEECKFQFAWERWNCPENALQLSTHNRLRSATRETSFIHAISSAGVMYIITKNCSMGDFENCGCDGSNNGKTGGHGWIWGGCSDNVEFGERISKLFVDSLEKGKDARALMNLHNNRAGRLAVRATMKRTCKCHGISGSCSIQTCWLQLAEFREMGDYLKAKYDQALKIEMDKRQLRAGNSAEGHWVPAEAFLPSAEAELIFLEESPDYCTCNSSLGIYGTEGRECLQNSHNTSRWERRSCGRLCTECGLQVEERKTEVISSCNCKFQWCCTVKCDQCRHVVSKYYCARSPGSAQSLGKGSAGGWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein wntless homolog
分子量 formula_weight	65649.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAGAIIENMSTKKLCIVGGILLVFQIIAFLVGGLIAPGPTTAVSYMSVKCVDARKNHHKTKWFVPWGPNHCDKIRDIEEAIPREIEANDIVFSVHIPLPHMEMSPWFQFMLFILQLDIAFKLNNQIRENAEVSMDVSLAYRDDAFAEWTEMAHERVPRKLKCTFTSPKTPEHEGRYYECDVLPFMEIGSVAHKFYLLNIRLPVNEKKKINVGIGEIKDIRLVGIHQNGGFTKVWFAMKTFLTPSIFIIMVWYWRRITMMSRPPVLLEKVIFALGISMTFINIPVEWFSIGFDWTWMLLFGDIRQGIFYAMLLSFWIIFCGEHMMDQHERNHIAGYWKQVGPIAVGSFCLFIFDMCERGVQLTNPFYSIWTTDIGTELAMAFIIVAGICLCLYFLFLCFMVFQVFRNISGKQSSLPAMSKVRRLHYEGLIFRFKFLMLITLACAAMTVIFFIVSQVTEGHWKWGGVTVQVNSAFFTGIYGMWNLYVFALMFLYAPSHKNYGEDQSNGDLGVHSGEELQLTTTITHVDGPTEIYKLTRKEAQEAENLYFQSHHHHHHHHHHDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	747.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	27288

fit	/app/data/saxs_computation/kc/7kc4/7kc4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kc/7kc4/7kc4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kc/7kc4/7kc4.dat

Human WLS in complex with WNT8A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Wnt-8a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein wntless homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)