7khv

CpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 217.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-GlcNAcase NagJ

Clostridium perfringens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–624 链 B； UniProt 31–624	突变：D298N, V331C, N388D	X1A N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 11 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 31–624 链 D； UniProt 31–624	突变：D298N, V331C, N388D	X1A N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 15 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 31–624 链 F； UniProt 31–624	突变：D298N, V331C, N388D	X1A N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.6；293 K；2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes	分辨率 2.30 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KHV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J62 Structure of a bacterial O-glcnacase in complex with glcnacstatin 提交 2006-09-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–624（594 aa）片段：RESIDUES 31-624 链 B 31–624（594 aa）片段：RESIDUES 31-624	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 GSZ N-[(5R,6R,7R,8S)-6,7-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-(2-PHENYLETHYL)-1,5,6,7,8,8A-HEXAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-8-YL]-2-METHYLPROPANAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.26 Å R-free 0.219
2JH2 X-ray crystal structure of a cohesin-like module from Clostridium perfringens 提交 2007-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 768–909（142 aa）片段：RESIDUES 768-909	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
2JH2 X-ray crystal structure of a cohesin-like module from Clostridium perfringens 提交 2007-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 768–909（142 aa）片段：RESIDUES 768-909	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
2JH2 X-ray crystal structure of a cohesin-like module from Clostridium perfringens 提交 2007-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 768–909（142 aa）片段：RESIDUES 768-909	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.295
2O4E The solution structure of a protein-protein interaction module from a family 84 glycoside hydrolase of Clostridium perfringens 提交 2006-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 768–909（142 aa）片段：Putative protein-protein interaction module	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 1 NMR样品组成 1mM U-15N,13C x82, 25mM hepes, 50mM nacl, 5mM cacl2, pH 7.0	分辨率未提供
2OZN The Cohesin-Dockerin Complex of NagJ and NagH from Clostridium perfringens 提交 2007-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 768–909（142 aa）片段：Cohesin module (residues 768-909)	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；21% (w/v) polyethylene glycol 2000, 0.2M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.246
2V5C Family 84 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens, 2.1 Angstrom structure 提交 2008-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–624（594 aa）片段：CATALYTIC MODULE, RESIDUES 31-624	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
2V5C Family 84 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens, 2.1 Angstrom structure 提交 2008-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–624（594 aa）片段：CATALYTIC MODULE, RESIDUES 31-624	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
2V5D Structure of a Family 84 Glycoside Hydrolase and a Family 32 Carbohydrate-Binding Module in Tandem from Clostridium perfringens. 提交 2008-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–767（737 aa）片段：RESIDUES 31-767	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å R-free 0.370
2VUR Chemical dissection of the link between Streptozotocin, O-GlcNAc and pancreatic cell death 提交 2008-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–624（594 aa）片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624	未记录	YX1 2-deoxy-2-{[(2-hydroxy-1-methylhydrazino)carbonyl]amino}-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
2VUR Chemical dissection of the link between Streptozotocin, O-GlcNAc and pancreatic cell death 提交 2008-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–624（594 aa）片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624	未记录	YX1 2-deoxy-2-{[(2-hydroxy-1-methylhydrazino)carbonyl]amino}-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
2WB5 GlcNAcstatins are nanomolar inhibitors of human O-GlcNAcase inducing cellular hyper-O-GlcNAcylation 提交 2009-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–624（594 aa）片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 VGB (5R,6R,7R,8S)-6,7-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-(2-phenylethyl)-8-(propanoylamino)-5,6,7,8-tetrahydro-1H-imidazo[1,2-a]pyridin-4-ium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM COCADYLATE, pH 6.5	分辨率 2.31 Å R-free 0.237
2WB5 GlcNAcstatins are nanomolar inhibitors of human O-GlcNAcase inducing cellular hyper-O-GlcNAcylation 提交 2009-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–624（594 aa）片段：O-GLCNACASE DOMAIN, RESIDUES 31-624	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 VGB (5R,6R,7R,8S)-6,7-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-(2-phenylethyl)-8-(propanoylamino)-5,6,7,8-tetrahydro-1H-imidazo[1,2-a]pyridin-4-ium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM COCADYLATE, pH 6.5	分辨率 2.31 Å R-free 0.237
2X0Y Screening-based discovery of drug-like O-GlcNAcase inhibitor scaffolds 提交 2009-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–624（594 aa）片段：RESIDUES 31-624 链 B 31–624（594 aa）片段：RESIDUES 31-624	未记录	X0T 7-[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]-1,3-DIMETHYL-3,7-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 30 % PEG 8000 AND GAMMA-BUTYROLACTONE	分辨率 2.25 Å R-free 0.246
2XPK Cell-penetrant, nanomolar O-GlcNAcase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–624（594 aa）片段：RESIDUES 31-624 链 B 31–624（594 aa）片段：RESIDUES 31-624	突变：YES 突变：YES	Z0M N-[(5R,6R,7R,8S)-6,7-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-(2-PHENYLETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-8-YL]-3-SULFANYLPROPANAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
2YDQ CpOGA D298N in complex with hOGA-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–618（588 aa）片段：RESIDUES 31-618	突变：YES	CD CADMIUM ION × 19 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.6M NAAC, 0.175M CDSO4, 0.1M HEPES PH 7.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.231
2YDR CpOGA D298N in complex with p53-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–618（588 aa）片段：RESIDUES 31-618	突变：YES	CD CADMIUM ION × 18 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.6 M NAAC, 0.175 M CDSO4, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.75 Å R-free 0.219
2YDS CpOGA D298N in complex with TAB1-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–618（588 aa）片段：RESIDUES 31-618	突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.55 Å R-free 0.238
4ZXL CpOGA D298N in complex with Drosophila HCF -derived Thr-O-GlcNAc peptide 提交 2015-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 39–617（579 aa）片段：UNP residues 39-617	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；CpOGA D298N was concentrated to 35 mg/ml in 25 mM Tris/HCl (pH 8.0) and crystallized from 0.175 M CdSO4 and 0.6 M sodium acetate pH 7.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.220
5OXD Complex of a C. perfringens O-GlcNAcase with a fragment hit 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–618（588 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 22 B2W 5-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-1,4-diazepine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Apo crystals were grown in 0.6 M NaAcetate pH 7.5, 0.175 M cadmium sulphate (ML). Crystals were then transferred into a drop supplemented with 10 mM ligand and incubated for 4 h. Crystals were cryo-protected by short immersion in ML supplemented with 20% glycerol and saturated with ligand.	分辨率 2.60 Å R-free 0.221
6RHE CpOGA D298N in complex with hOGA-derived S-GlcNAc peptide 提交 2019-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–619（589 aa）	突变：D298N	CD CADMIUM ION × 25 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1:1 drops of proytein mixed with crystallisation buffer: 0.175 M CdSO4 and 0.6 M NaAc	分辨率 3.10 Å R-free 0.233

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OGA_CLOP1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–594； UniProt 31–624 作者链 B； PDB构建体 1–594； UniProt 31–624 作者链 C； PDB构建体 1–594； UniProt 31–624 作者链 D； PDB构建体 1–594； UniProt 31–624 作者链 E； PDB构建体 1–594； UniProt 31–624 作者链 F； PDB构建体 1–594； UniProt 31–624

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7khv
沉积日期 deposition_date	2020-10-22
结构标题 title	CpOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 54
关键词 keywords	GLYCOSIDE HYDROLASE, INHIBITOR, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.06 Å
零角强度 I(0) i0	2357150000.00
分子量 molecular_weight	395440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	488280 Å³
包络体积 envelope_volume	732060 Å³
水化壳体积 shell_volume	100490 Å³
包络直径 envelope_diameter	216.0 Å
壳层 Rg shell_rg	62.29 Å
包络 Rg envelope_rg	59.67 Å
形状 Rg shape_rg	61.07 Å
总 Rg total_rg	61.06 Å
总原子数 total_atoms	54143
残基数 n_residues	3466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.0 Å
Rg (实空间) rg_real	61.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2356000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8675
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	101500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.760

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	O-GlcNAcase NagJ
分子量 formula_weight	66692.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.169
突变 mutation	D298N, V331C, N388D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	55791

VGPKTGEENQVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITCPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(5-{[6-(5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide
分子量 formula_weight	398.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1565

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_id	d7khva1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khva2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7khva3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7khvb3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7khvc3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7khvd3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khve1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khve2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7khve3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7khvf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.10 — alpha-D-glucuronidase/Hyaluronidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d7khvf2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.246 — Hyaluronidase domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.246.1 — Hyaluronidase post-catalytic domain-like
家族 Family family	a.246.1.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	149.489 Å
晶胞边长 b length_b	178.104 Å
晶胞边长 c length_c	407.054 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	203.530 Å
R 因子 r_factor	0.2067
R_work r_work	0.2065
R_free r_free	0.2471

fit	/app/data/saxs_computation/kh/7khv/7khv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/7khv/7khv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/7khv/7khv.dat