← 返回搜索
7kip

A 3.4 Angstrom cryo-EM structure of the human coronavirus spike trimer computationally derived from vitrified NL63 virus particles

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 172.1 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

物种未注明

UniProt Q6Q1S2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 3 其他聚合物 63 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1356 链 B； UniProt 1–1356 链 C； UniProt 1–1356 未记录 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.39 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7KIP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2IEQ Core Structure of S2 from the Human Coronavirus NL63 Spike Glycoprotein 提交 2006-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 981–1037（57 aa） 片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link
链 A 1242–1283（42 aa） 片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link
链 B 981–1037（57 aa） 片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link
链 B 1242–1283（42 aa） 片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link
链 C 981–1037（57 aa） 片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link
链 C 1242–1283（42 aa） 片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link
未记录 NA SODIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；PEG 400, sodium acetate, Imidazole, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.240
3KBH Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 481–616（136 aa） 片段：residues 481-616
链 G 481–616（136 aa） 片段：residues 481-616
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；285 K；20% PEG 6000, 100 mM Na citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 3.31 Å R-free 0.300
3KBH Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 481–616（136 aa） 片段：residues 481-616
链 H 481–616（136 aa） 片段：residues 481-616
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；285 K；20% PEG 6000, 100 mM Na citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
分辨率 3.31 Å R-free 0.300
5SZS Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy 提交 2016-08-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 16–1291（1276 aa）
链 B 16–1291（1276 aa）
链 C 16–1291（1276 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7FC3 structure of NL63 receptor-binding domain complexed with horse ACE2 提交 2021-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 481–611（131 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；1.8M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 2% v/v polyethylene glycol monomethylether 550
分辨率 3.19 Å R-free 0.283
8FR7 A hinge glycan regulates spike bending and impacts coronavirus infectivity 提交 2023-01-06 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1356（1356 aa）
链 B 1–1356（1356 aa）
链 C 1–1356（1356 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9OPQ TMPRSS2 (S441A) bound to the HCoV-NL63 S2'region genetically fused to the HCoV-HKU1 RBD 提交 2025-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 867–877（11 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9Z3J HCoV-NL63 S2' peptide bound to TMPRSS2 S441A (complexed with the H1H7 Fab and an anti-kappa-nanobody) 提交 2025-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 866–880（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPIKE_CVHNL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1356； UniProt 1–1356 作者链 B； PDB构建体 1–1356； UniProt 1–1356 作者链 C； PDB构建体 1–1356； UniProt 1–1356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7kip

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7kip
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7kip
沉积日期 deposition_date2020-10-24
结构标题 titleA 3.4 Angstrom cryo-EM structure of the human coronavirus spike trimer computationally derived from vitrified NL63 virus particles
关键词 keywordsNL63, in situ, Spike trimer, glycosylation sites, single particle cryo-EM, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.50 Å
零角强度 I(0) i02697800000.00
分子量 molecular_weight435690.0 kDa
排除体积 excluded_volume545110 ų
包络体积 envelope_volume851060 ų
水化壳体积 shell_volume129470 ų
包络直径 envelope_diameter176.2 Å
壳层 Rg shell_rg60.07 Å
包络 Rg envelope_rg51.53 Å
形状 Rg shape_rg52.50 Å
总 Rg total_rg52.75 Å
总原子数 total_atoms30612
残基数 n_residues3576
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.1 Å
Rg (实空间) rg_real52.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2699000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.1 Å
偏度 Skewness skewness0.180
峰度 Kurtosis kurtosis-0.453
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha856900000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.848
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)