7kmt

Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trafficking protein particle complex subunit 23

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRS23_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

Trafficking protein particle complex subunit 31

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03337

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRS31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

Trafficking protein particle complex subunit BET5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BET5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

Trafficking protein particle complex subunit BET3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P36149

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BET3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193 作者链 I； PDB构建体 1–193； UniProt 1–193

Trafficking protein particle complex subunit 33

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q99394

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TRS33_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

Trafficking protein particle complex subunit 20

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38334

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TRS20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

GTP-binding protein YPT1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P01123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 × 1 （P46944） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YPT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46944

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Trafficking protein particle complex subunit 23 × 1 （Q03784） Trafficking protein particle complex subunit 31 × 1 （Q03337） Trafficking protein particle complex subunit BET5 × 1 （Q03630） Trafficking protein particle complex subunit BET3 × 2 （P36149） Trafficking protein particle complex subunit 33 × 1 （Q99394） Trafficking protein particle complex subunit 20 × 1 （P38334） GTP-binding protein YPT1 × 1 （P01123） PALMITIC ACID × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TRS85_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 20–717； UniProt 1–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kmt
沉积日期 deposition_date	2020-11-03
结构标题 title	Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex
关键词 keywords	GTPase, GEF, ER, Golgi, Autophagy, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7kmt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7kmt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7kmt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.09 Å
Rg（电子密度）	62.26 Å
总 Rg	61.85 Å
原子数	14945
残基数	1838
排除体积	269140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7kmt__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex subunit 23
分子量 formula_weight	24889.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	14945

MAIETILVINKSGGLIYQRNFTNDEQKLNSNEYLILASTLHGVFAIASQLTPKALQLTQQTNIENTIPYIPYVGMSSNRSDTRNGGGNNNKHTNNEKLGSFKGDDFFKEPFTNWNKSGLRQLCTDQFTMFIYQTLTGLKFVAISSSVMPQRQPTIATTDKPDRPKSTSNLAIQIADNFLRKVYCLYSDYVMKDPSYSMEMPIRSNLFDEKVKKMVENLQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex subunit 31
分子量 formula_weight	31755.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MSQRIIQPSASDQQFPGKSDGYEYTVGPKQAITSEASTTYIPSRIYSESLLFKRQEASLSAMAFLFQEMISQLHRTCKTAGDFETKLSDYGHNIGIRLLELLNFRASVSPSSLPRASAFLSQNESSSKLSNASNSPGMLANSSTATSASANERLQEKQTESLSNYITKMRRRDLKILDILQFIHGTLWSYLFNHVSDDLVKSSERDNEYMIVDNFPTLTQFIPGENVSCEYFVCGIIKGFLFNAGFPCGVTAHRMPQGGHSQRTVYLIQFDRQVLDREGLRFG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex subunit BET5
分子量 formula_weight	18453.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGIYSFWIFDRHCNCIFDREWTLASNSASGTINSKQNEEDAKLLYGMIFSLRSITQKLSKGSVKNDIRSISTGKYRVHTYCTASGLWFVLLSDFKQQSYTQVLQYIYSHIYVKYVSNNLLSPYDFAENENEMRGQGTRKITNRNFISVLESFLAPMVNQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex subunit BET3
分子量 formula_weight	22152.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,F

MVSTTQSRSLKAMGEEIWKNKTEKINTELFTLTYGSIVAQLCQDYERDFNKVNDHLYSMGYNIGCRLIEDFLARTALPRCENLVKTSEVLSKCAFKIFLNITPNITNWSHNKDTFSLILDENPLADFVELPMDAMKSLWYSNILCGVLKGSLEMVQLDCDVWFVSDILRGDSQTEIKVKLNRILKDEIPIGED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex subunit 33
分子量 formula_weight	30786.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSSTHSNNVGHPQSSPQGPLTEQQRAQQQYQIFENSLPKVSQSVYQMLLNEMVPLAMGIERQISGDVISSDSNVTSENGNINNMIKRLKIEEHHTVDIIRSHNLIHELYKADEEEKEKVLARLRNIGFQIGLKLSELLIFSNNPNLKFKEMDLLLIMKFICRDVWKQIFGKQIDNLKTNHRGTFYLLDYDYRPIQSFSLEEDAKNEELKMIEPFLEIPVGIIRGVLSSLGYSSEEVICLASFIDRPTDRPKTAFPKGVSFHVQVTMPQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex subunit 20
分子量 formula_weight	19721.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MPQYFAIIGKKDNPVYEIEFTNAENPQGFPQDLKELNPFILHASLDIVEDLQWQINPTSQLNGNGGNGSNGGGGFLRSRAVNNTDNCYLGKVDHFYGLAITAYISYSGMKFVMIHGNSANSSVVIDDNNMRSFYQEVHELYVKTLMNPFYKITDPIRSPAFDSRVRTLARKHLSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	GTP-binding protein YPT1
分子量 formula_weight	23240.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MNSEYDYLFKLLLIGNSGVGKSCLLLRFSDDTYTNDYISTIGVDFKIKTVELDGKTVKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGSHGIIIVYDVTDQESFNGVKMWLQEIDRYATSTVLKLLVGNKCDLKDKRVVEYDVAKEFADANKMPFLETSALDSTNVEDAFLTMARQIKESMSQQNLNETTQKKEDKGNVNLKGQSLTNTGGGCC

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85
分子量 formula_weight	82850.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSQENLYFQGMVFSYEHYMNLLFHLDNSKETVPPEIAKRIISNAIAPVITVTSTPLFDKHIQETYKVDSLYMLLRFFGGCVSDRDQANEAKVGQHEHEVCDASDSTDSIPKNKNLEVPNLSKKGSRSRSNSLFQRDSTQSQYIRFTRPLGDLIETRDANDMLFNYHSLEVFLDNYLKLVAANTDEMVPHNLLKKSIYHSFFSLAISSTNNLSPYETFNHPILSLIALDISNGEVYEDARDLLVNFKNLNHNTENFPIFMNTNEMLPVFLLCYNDDSQEEFEKCQALAKKLKKQLFVESILLALWKDSFIYDENSVIQLHQPVMSSLEEILFFLQAPTQTTLSLALINSIYDMLDYLVYDLMIPFMKRKVSFWEETILQPRKSLFNGAKFFKKFMNKNPVNGNHQHNSLTRDSQGNEYFASSSSEFLMRKLADWSMMLSDFKTAYSTYESLMDDLDAFPKYLASCIEWCAVSLLMGAQSIVTVKMIKNDINPLIERALATYENCSRIQRGKGKESNSLDVTEPVRSYETRCMILASELFLSLSNTWTSTPYAIQYLETILDECKLGPCSQIMVWERLSDCYNLRVDPRIKHRVGAMKKDAKDTEDLRGEHKYSTDHFTDEDILSEGLTRRRKAAFFRLIAAKKWAEQKQWRQVSWCLKDIESTYSEIKFLHGNGLILSKLKNQLNLKDVDSAPRPSEKNLTRTSVSFIG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7kmtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	69315

Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trafficking protein particle complex subunit 23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trafficking protein particle complex subunit 31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trafficking protein particle complex subunit BET5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trafficking protein particle complex subunit BET3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trafficking protein particle complex subunit 33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trafficking protein particle complex subunit 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GTP-binding protein YPT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7kmt__assembly_1__model_1

7kmt__assembly_1__model_1 | I(q)

7kmt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer