SAXSdb — 7kpk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–166	片段：MATH domain	Pdx1 peptide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 0.08 M magnesium acetate, 30% (w/v) PEG 4000	分辨率 1.71 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7KPK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7KPI Crystal structure of the SPOP MATH domain 提交 2020-11-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 23% (w/v) PME 550, 5 mM DTT	分辨率 1.70 Å R-free 0.196
9HFU Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9HFU Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–166（139 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9HFW SRC-3 (NCoA-3) peptide bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
9HGH MyD88 peptide_1 bound to SPOP MATH domain 提交 2024-11-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–166（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M diethyleneglycol, 0.03 M triethyleneglycol, 0.03 M tetraethyleneglycol, 0.03 M pentaethyleneglycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.232

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D6RDG8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–142； UniProt 28–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7kpk
沉积日期 deposition_date	2020-11-11
结构标题 title	Crystal structure of the SPOP MATH domain in complex with a fragment of Pdx1
关键词 keywords	ubiquitin, ligase, adaptor, protein, diabetes, transcription factor, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.19 Å
零角强度 I(0) i0	4629850.00
分子量 molecular_weight	16025.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20344 Å³
包络体积 envelope_volume	23074 Å³
水化壳体积 shell_volume	13084 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.91 Å
包络 Rg envelope_rg	15.67 Å
形状 Rg shape_rg	15.15 Å
总 Rg total_rg	16.47 Å
总原子数 total_atoms	1130
残基数 n_residues	141
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.6 Å
Rg (实空间) rg_real	16.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6300e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3460e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7237
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.305
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	969000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Speckle-type POZ protein
分子量 formula_weight	16352.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1238

GPGKVVKFSYMWTINNFSFCREEMGEVIKSSTFSSGANDKLKWCLRVNPKGLDEESKDYLSLYLLLVSCPKSEVRAKFKFSILNAKGEETKAMESQRAYRFVQGKDWGFKKFIRRDFLLDEANGLLPDDKLTLFCEVSVVQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pdx1 peptide
分子量 formula_weight	2063.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LSASPQPSSVAPRRPQEPR

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.796 Å
晶胞边长 b length_b	53.985 Å
晶胞边长 c length_c	41.556 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.710 Å
最低分辨率 resolution_low	30.750 Å
R 因子 r_factor	0.1835
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2271

fit	/app/data/saxs_computation/kp/7kpk/7kpk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kp/7kpk/7kpk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kp/7kpk/7kpk.dat

Crystal structure of the SPOP MATH domain in complex with a fragment of Pdx1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Speckle-type POZ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)