SAXSdb — 7l9p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pachytene checkpoint protein 2 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 4 （Q9UI95） Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera × 2 （Q6ZNX1,Q86V20） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCH2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 B； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 C； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 D； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 E； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432 作者链 F； PDB构建体 2–432； UniProt 2–432

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

Homo sapiens

UniProt Q9UI95

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Pachytene checkpoint protein 2 homolog × 6 （Q15645） Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera × 2 （Q6ZNX1,Q86V20） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–211； UniProt 2–211 作者链 I； PDB构建体 2–211； UniProt 2–211 作者链 J； PDB构建体 2–211； UniProt 2–211 作者链 K； PDB构建体 2–211； UniProt 2–211

Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

Homo sapiens

UniProt Q6ZNX1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Pachytene checkpoint protein 2 homolog × 6 （Q15645） Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 4 （Q9UI95） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHLD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 33–89； UniProt 2–58 作者链 Y； PDB构建体 33–89； UniProt 2–58

Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

Homo sapiens

UniProt Q86V20

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 12	Pachytene checkpoint protein 2 homolog × 6 （Q15645） Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 4 （Q9UI95） PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHLD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 2–16； UniProt 5–19 作者链 Y； PDB构建体 2–16； UniProt 5–19

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7l9p
沉积日期 deposition_date	2021-01-04
结构标题 title	Structure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex
关键词 keywords	REV7, SHLD2, SHLD3, TRIP13, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7l9p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7l9p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7l9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.04 Å
Rg（电子密度）	52.24 Å
总 Rg	52.34 Å
原子数	21908
残基数	2919
排除体积	391320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7l9p__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pachytene checkpoint protein 2 homolog
分子量 formula_weight	48562.5 kDa
突变 mutation	E253Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	21908

SDEAVGDLKQALPCVAESPTVHVEVHQRGSSTAKKEDINLSVRKLLNRHNIVFGDYTWTEFDEPFLTRNVQSVSIIDTELKVKDSQPIDLSACTVALHIFQLNEDGPSSENLEEETENIIAANHWVLPAAEFHGLWDSLVYDVEVKSHLLDYVMTTLLFSDKNVNSNLITWNRVVLLHGPPGTGKTSLCKALAQKLTIRLSSRYRYGQLIEINSHSLFSKWFSESGKLVTKMFQKIQDLIDDKDALVFVLIDQVESLTAARNACRAGTEPSDAIRVVNAVLTQIDQIKRHSNVVILTTSNITEKIDVAFVDRADIKQYIGPPSAAAIFKIYLSCLEELMKCQIIYPRQQLLTLRELEMIGFIENNVSKLSLLLNDISRKSEGLSGRVLRKLPFLAHALYVQAPTVTIEGFLQALSLAVDKQFEERKKLAAYI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
分子量 formula_weight	24323.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,J,K

STTLTRQDLNFGQVVADVLCEFLEVAVHLILYVREVYPVGIFQKRKKYNVPVQMSCHPELNQYIQDTLHCVKPLLEKNDVEKVVVVILDKEHRPVEKFVFEITQPPLLSISSDSLLSHVEQLLRAFILKISVCDAVLDHNPPGCTFTVLVHTREAATRNMEKIQVIKDFPWILADEQDVHMHDPRLIPLKTMTSDILKMQLYVEERAHKGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera
分子量 formula_weight	10678.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,X

MSQVHIFWGAPIAPLKGSGSGSGSGSGSGSGSTTEVILHYRPCESDPTQLPKIAEKAIQDFPTRPLSRFIPWFPYDGSKLPLRPKRSPPASREEIMATL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	7l9pB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7l9pC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7l9pD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7l9pE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7l9pG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	7l9pI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

结构域编号 domain_id	7l9pK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HORMA domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	104023

Structure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pachytene checkpoint protein 2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7l9p__assembly_1__model_1

7l9p__assembly_1__model_1 | I(q)

7l9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human SHLD2-SHLD3-REV7-TRIP13(E253Q) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pachytene checkpoint protein 2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Shieldin complex subunit 2, Shieldin complex subunit 3 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7l9p__assembly_1__model_1

7l9p__assembly_1__model_1 | I(q)

7l9p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)