← 返回搜索
7lek

Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT bound to ERK5-IN-1

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bromodomain testis-specific protein

Homo sapiens

UniProt Q58F21

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one ; × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one ; × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 ;11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one ; × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2rfj 2rfj 2rfj 4flp 4flp 5vbq 5vbq 5vbr 5vbr 7bjy 7bjy 7l73

共 39 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
4kcx 5vbr 7mrg 7mrh 8cza 8cza 8cza

共 7 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRDT_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–117； UniProt 266–378 作者链 B； PDB构建体 5–117； UniProt 266–378 作者链 C； PDB构建体 5–117； UniProt 266–378 作者链 D； PDB构建体 5–117； UniProt 266–378

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7lek
沉积日期 deposition_date2021-01-14
结构标题 titleCrystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT bound to ERK5-IN-1
关键词 keywordsBRDT, BET, PLK1, testis specific, Bromodomain, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7lek__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7lek__assembly_3__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7lek__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）15.59 Å
Rg（电子密度）14.63 Å
总 Rg15.75 Å
原子数976
残基数112
排除体积17500 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7lek__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 7lek__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 7lek__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 7lek__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd7leka_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7lekb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7lekb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd7lekc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7lekd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7lekd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
▶

7. 引用文献 (1)