Histone-lysine N-methyltransferase NSD2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 211–350 链 B； UniProt 211–350 链 C； UniProt 211–350 链 D； UniProt 211–350 链 E； UniProt 211–350 链 F； UniProt 211–350 链 G； UniProt 211–350 链 H； UniProt 211–350 | 片段：UNP residues 211-350 | Y6V ~{N}-cyclopropyl-3-oxidanylidene-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5 | 分辨率 2.27 Å R-free 0.260 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7LMT | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 29HG Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10088 提交 2026-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1365（1365 aa）
|
未记录 | A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 B
1–1365（1365 aa）
|
未记录 | A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 29HI Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667 提交 2026-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1365（1365 aa）
|
未记录 | A1J21 4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 5LSU Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
973–1203（231 aa）
|
突变：Q975L,A978L,D1071L,G1072Q,K1073R | ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.0%w/v PEG 3350, 0.1M NH4Cl
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.238 |
| 5LSU Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
973–1203（231 aa）
|
突变：Q975L,A978L,D1071L,G1072Q,K1073R | ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.0%w/v PEG 3350, 0.1M NH4Cl
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.238 |
| 5VC8 Crystal structure of the WHSC1 PWWP1 domain 提交 2017-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric |
链 A
211–350（140 aa）
链 B
211–350（140 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 39 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1M sodium iodide,0.1M magnesium nitrate, 25%PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.229 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 G
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 H
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6XCG Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound UNC6934 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.222 |
| 6XCG Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound UNC6934 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.222 |
| 6XCG Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound UNC6934 提交 2020-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.222 |
| 7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 I
661–1365（705 aa）
|
突变：E1099K, T1150A | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.75 Å |
| 7E8D NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
973–1226（254 aa）
|
突变：E1099K | ZN ZINC ION × 3 SFG SINEFUNGIN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7MDN Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound MRT10241866a 提交 2021-04-05 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 B
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 C
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 D
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 E
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 F
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 G
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 H
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Y6V ~{N}-cyclopropyl-3-oxidanylidene-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.251 |
| 7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
217–348（132 aa）
片段：PWWP1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.345 |
| 7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
217–348（132 aa）
片段：PWWP1 domain
|
未记录 | 7QC 4-[5-[4-(aminomethyl)-2,6-dimethoxy-phenyl]-3-methyl-imidazol-4-yl]benzenecarbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.345 |
| 7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
217–348（132 aa）
片段：PWWP1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.345 |
| 9CVD SET Domain of Histone-Lysine N-Methyltransferase NSD2 in Complex with Selective Inhibitor 提交 2024-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
984–1203（220 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 A1A0M 9-{[(2M)-5-[(3R)-3-amino-3-(pyridin-2-yl)piperidin-1-yl]-2-(3,4-difluorophenyl)pyridin-4-yl]methyl}-9H-purin-6-amine × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
200 uM [U-2H; U-13C; U-15N; CH3 ILV] NSD2 SET domain, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM 17596, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
200 uM [U-13C; U-15N] NSD2 SET domain, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM 17596, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9EXW Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 17. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1H7X 7-[3-methyl-5-[2-methyl-5-[(pyridin-3-ylamino)methyl]phenyl]imidazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % ethanol.
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.284 |
| 9EXW Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 17. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
未记录 | A1H7X 7-[3-methyl-5-[2-methyl-5-[(pyridin-3-ylamino)methyl]phenyl]imidazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % ethanol.
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.284 |
| 9EXX Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 18. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 EOH ETHANOL × 1 A1H7Y 4-methyl-3-[1-methyl-5-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-7-yl)imidazol-4-yl]-~{N}-phenyl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % ethanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.265 |
| 9EXX Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 18. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 EOH ETHANOL × 2 A1H7Y 4-methyl-3-[1-methyl-5-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-7-yl)imidazol-4-yl]-~{N}-phenyl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % ethanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.265 |
| 9EXY Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 34. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
突变：K256A, K257A, K304A, K312A | A1H7Z 7-[5-methyl-3-[2-methyl-5-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-1,2-oxazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition G9
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.248 |
| 9EXY Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 34. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
突变：K256A, K257A, K304A, K312A | A1H7Z 7-[5-methyl-3-[2-methyl-5-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-1,2-oxazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition G9
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.248 |
| 9FOC Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 11. 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
未记录 | A1IFS (2S)-1-[4-[[(3R)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 A1IEG (2S)-1-[4-[[(3S)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus, G1. Molecular Dimensions catalogue no.: MD1-47.
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.255 |
| 9FOC Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 11. 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
未记录 | A1IFS (2S)-1-[4-[[(3R)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 A1IEG (2S)-1-[4-[[(3S)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus, G1. Molecular Dimensions catalogue no.: MD1-47.
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.255 |
| 9FOE Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 7. 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
突变：K256A, K257A, K304A, K312A, D351A, E285A, E291A | A1IEF 1-[[(2~{S})-1-[4-[ethyl(pyridin-4-ylmethyl)amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]pyrrolidin-2-yl]methyl]urea × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.5 M sodium formate
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.235 |
| 9GBF X-RAY structure of PHDvC5HCH tandem domain of NSD2 提交 2024-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1229–1331（103 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；28% PEG Smear Medium, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.05M magnesium sulfate
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.228 |
| 9GBF X-RAY structure of PHDvC5HCH tandem domain of NSD2 提交 2024-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1229–1331（103 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；28% PEG Smear Medium, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.05M magnesium sulfate
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.228 |
| 9KN9 NSD2-PWWP1 domain bound with compound 1. 提交 2024-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
217–349（133 aa）
链 B
217–349（133 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 A1EF6 (Z)-N-methyl-3-sulfanyl-prop-2-enamide × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7.0), and 40% (v/v) tert-butanol
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分辨率 2.00 Å R-free 0.275 |
| 9KNA NSD2-PWWP1 domain bound with compound 6 提交 2024-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
217–348（132 aa）
链 B
217–348（132 aa）
|
未记录 | 6Y3 ~{N}-(4-aminophenyl)-2-selanyl-benzamide × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5), and 20% (m/v) PEG3350
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分辨率 2.92 Å R-free 0.289 |
| 9KNB NSD2-PWWP1 domain bound with compound 9 提交 2024-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
217–349（133 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 A1EF7 N-(2-methoxyphenyl)-2-selanyl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M sodium formate and 20% (m/v) PEG3350
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分辨率 1.84 Å R-free 0.275 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | NSD2_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 B； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 C； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 D； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 E； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 F； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 G； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 作者链 H； PDB构建体 1–140； UniProt 211–350 |